More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2413 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  100 
 
 		 183 aa  347  6e-95  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  64.02 
 
 		 171 aa  202  2e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2020  shikimate kinase  67.68 
 
 		 173 aa  192  3e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0278183 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  60.87 
 
 		 165 aa  185  3e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1695  3-dehydroquinate synthase  60.59 
 
 		 577 aa  184  9e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.981168  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  61.64 
 
 		 167 aa  183  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2389  Shikimate kinase  61.35 
 
 		 166 aa  181  6e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  59.63 
 
 		 172 aa  179  2e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1335  shikimate kinase  57.65 
 
 		 181 aa  177  5.999999999999999e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.89172  normal  0.76234 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1834  Shikimate kinase  56.89 
 
 		 187 aa  167  7e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.252132  normal  0.208051 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  56.63 
 
 		 519 aa  166  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3208  shikimate kinase  61.59 
 
 		 225 aa  165  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.181986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5254  Shikimate kinase  54.6 
 
 		 171 aa  162  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.12338  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  53.99 
 
 		 172 aa  162  2.0000000000000002e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17860  shikimate kinase  55.56 
 
 		 188 aa  159  2e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.114511  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  53.7 
 
 		 180 aa  157  6e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1839  shikimate kinase  59.74 
 
 		 167 aa  156  2e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.230469  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  49.7 
 
 		 176 aa  149  2e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  48.81 
 
 		 235 aa  149  2e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  48.81 
 
 		 235 aa  149  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  48.81 
 
 		 235 aa  149  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3152  Shikimate kinase  53.99 
 
 		 192 aa  149  3e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  46.71 
 
 		 220 aa  147  8e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1846  shikimate kinase  57.67 
 
 		 167 aa  145  3e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  48.21 
 
 		 176 aa  144  6e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1700  shikimate kinase  53.89 
 
 		 187 aa  144  9e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.18068 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4297  Shikimate kinase  55.49 
 
 		 179 aa  143  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.911234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  46.11 
 
 		 220 aa  141  4e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  42.94 
 
 		 206 aa  122  3e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2326  Shikimate kinase  48.48 
 
 		 185 aa  120  9.999999999999999e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0927033  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15020  shikimate kinase  42.77 
 
 		 204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0201152  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  40.12 
 
 		 182 aa  111  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0611  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  37.95 
 
 		 540 aa  111  6e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.488786  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  40.83 
 
 		 179 aa  111  7.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  45.68 
 
 		 173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12670  shikimate kinase  47.27 
 
 		 235 aa  108  3e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.799504  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  35.76 
 
 		 180 aa  108  3e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  42.77 
 
 		 172 aa  108  6e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  35.76 
 
 		 180 aa  107  8.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  43.12 
 
 		 172 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  45.45 
 
 		 203 aa  106  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  37.2 
 
 		 167 aa  106  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  40 
 
 		 180 aa  105  3e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2273  shikimate kinase  40.48 
 
 		 199 aa  105  3e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.151657  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2010  Shikimate kinase  38.92 
 
 		 189 aa  105  4e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000269674 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  40.88 
 
 		 190 aa  105  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  43.9 
 
 		 200 aa  102  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  40.12 
 
 		 174 aa  103  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  43.9 
 
 		 201 aa  101  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  42.5 
 
 		 172 aa  101  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  42.5 
 
 		 172 aa  101  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  36.97 
 
 		 175 aa  101  7e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  36.97 
 
 		 175 aa  101  7e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  42.5 
 
 		 172 aa  101  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  38.51 
 
 		 180 aa  100  9e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  43.29 
 
 		 172 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  44.97 
 
 		 208 aa  100  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  39.62 
 
 		 190 aa  100  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  41.71 
 
 		 179 aa  100  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  39.52 
 
 		 179 aa  100  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  43.12 
 
 		 172 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  40 
 
 		 169 aa  99.4  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  35.84 
 
 		 186 aa  99.8  2e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  42.77 
 
 		 163 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  43.29 
 
 		 172 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  37.13 
 
 		 186 aa  98.2  5e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  41.88 
 
 		 172 aa  98.6  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  36.2 
 
 		 170 aa  98.2  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  41.21 
 
 		 180 aa  98.6  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  40.12 
 
 		 175 aa  98.2  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  40.24 
 
 		 207 aa  97.8  7e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  43.71 
 
 		 177 aa  97.4  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.97 
 
 		 539 aa  97.1  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  45.64 
 
 		 198 aa  97.4  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  38.27 
 
 		 171 aa  96.7  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  41.07 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0198  Shikimate kinase  44.94 
 
 		 162 aa  96.7  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  36.02 
 
 		 180 aa  95.9  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  31.33 
 
 		 176 aa  95.9  3e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  34.18 
 
 		 166 aa  95.9  3e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  40.82 
 
 		 184 aa  95.5  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  41.42 
 
 		 591 aa  95.5  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  43.54 
 
 		 182 aa  95.1  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  43.98 
 
 		 173 aa  94.7  6e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  41.21 
 
 		 168 aa  94.7  6e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  36.81 
 
 		 195 aa  94.7  6e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0209  Shikimate kinase  44.3 
 
 		 162 aa  94.7  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  35.54 
 
 		 173 aa  94.7  7e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  40.24 
 
 		 579 aa  94.4  9e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0124  shikimate kinase  34.78 
 
 		 179 aa  94.4  9e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.529652  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  30.12 
 
 		 176 aa  94  1e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  34.94 
 
 		 225 aa  92.8  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  33.96 
 
 		 181 aa  93.6  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  34.94 
 
 		 173 aa  93.2  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  34.94 
 
 		 173 aa  93.2  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  34.94 
 
 		 173 aa  93.2  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  34.32 
 
 		 225 aa  93.2  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  34.94 
 
 		 173 aa  93.2  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  34.94 
 
 		 225 aa  92.8  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06600  shikimate kinase  37.74 
 
 		 188 aa  92.8  2e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>