More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_17860 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_17860  shikimate kinase  100 
 
 		 188 aa  369  1e-101  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.114511  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1695  3-dehydroquinate synthase  69.88 
 
 		 577 aa  229  2e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.981168  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1335  shikimate kinase  64.24 
 
 		 181 aa  214  7e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.89172  normal  0.76234 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1834  Shikimate kinase  63.79 
 
 		 187 aa  211  7e-54  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.252132  normal  0.208051 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2020  shikimate kinase  61.76 
 
 		 173 aa  187  5e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0278183 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  56.57 
 
 		 171 aa  186  1e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2389  Shikimate kinase  56.73 
 
 		 166 aa  173  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  57.23 
 
 		 167 aa  168  5e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  55.56 
 
 		 183 aa  168  5e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  53.89 
 
 		 165 aa  166  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  54.88 
 
 		 172 aa  164  8e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  56.02 
 
 		 519 aa  160  7e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3152  Shikimate kinase  53.5 
 
 		 192 aa  160  1e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  53.05 
 
 		 172 aa  155  3e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  51.41 
 
 		 176 aa  152  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1839  shikimate kinase  55.62 
 
 		 167 aa  150  8.999999999999999e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.230469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1700  shikimate kinase  49.14 
 
 		 187 aa  147  7e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.18068 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5254  Shikimate kinase  51.18 
 
 		 171 aa  146  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.12338  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  48 
 
 		 235 aa  145  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  48 
 
 		 235 aa  145  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  48 
 
 		 235 aa  145  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  54.36 
 
 		 176 aa  144  9e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  47.62 
 
 		 180 aa  141  5e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4297  Shikimate kinase  52.35 
 
 		 179 aa  140  8e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.911234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1846  shikimate kinase  54.82 
 
 		 167 aa  138  3.9999999999999997e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  47.4 
 
 		 220 aa  137  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  44.51 
 
 		 220 aa  129  3e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3208  shikimate kinase  52.29 
 
 		 225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.181986  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  40 
 
 		 206 aa  113  1.0000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12560  3-dehydroquinate synthase  42.13 
 
 		 593 aa  111  6e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.100875  normal  0.530039 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  38.24 
 
 		 166 aa  108  3e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  42.51 
 
 		 173 aa  107  8.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  40.83 
 
 		 190 aa  107  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15020  shikimate kinase  40 
 
 		 204 aa  104  8e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0201152  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0611  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  34.76 
 
 		 540 aa  104  8e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.488786  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0207  shikimate kinase  48.52 
 
 		 163 aa  103  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0163563 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  37.42 
 
 		 180 aa  100  9e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  37.8 
 
 		 172 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  36.26 
 
 		 169 aa  99.8  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  37.8 
 
 		 172 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0198  Shikimate kinase  46.95 
 
 		 162 aa  99.8  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  37.42 
 
 		 180 aa  100  2e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2010  Shikimate kinase  37.87 
 
 		 189 aa  99  3e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000269674 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0209  Shikimate kinase  46.95 
 
 		 162 aa  99.4  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  40 
 
 		 172 aa  99  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  40.23 
 
 		 591 aa  98.6  5e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  39.76 
 
 		 169 aa  98.6  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  40.57 
 
 		 172 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  35.71 
 
 		 171 aa  97.4  9e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  41.21 
 
 		 172 aa  97.4  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  40.24 
 
 		 172 aa  97.1  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  36.9 
 
 		 171 aa  97.1  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  38.51 
 
 		 172 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  38.51 
 
 		 172 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  36.31 
 
 		 171 aa  95.9  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  42.25 
 
 		 208 aa  95.9  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  38.95 
 
 		 179 aa  95.9  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2326  Shikimate kinase  38.62 
 
 		 185 aa  95.5  4e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0927033  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  39.05 
 
 		 174 aa  95.1  5e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  38.51 
 
 		 172 aa  95.1  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  39.29 
 
 		 207 aa  95.1  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  36.69 
 
 		 174 aa  94.7  7e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  36.31 
 
 		 171 aa  94.7  7e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  36.22 
 
 		 182 aa  94.4  9e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  35.71 
 
 		 171 aa  93.6  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  39.64 
 
 		 171 aa  94  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  40.36 
 
 		 163 aa  94  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  36.9 
 
 		 171 aa  93.6  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  35.71 
 
 		 171 aa  93.6  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  35.98 
 
 		 179 aa  92.8  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  40 
 
 		 203 aa  92.8  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  38.15 
 
 		 183 aa  92.8  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  33.92 
 
 		 171 aa  92.8  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  35.71 
 
 		 171 aa  93.6  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  35.12 
 
 		 171 aa  92.4  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  35.12 
 
 		 171 aa  92.4  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  35.12 
 
 		 171 aa  92.4  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0187  shikimate kinase  46.01 
 
 		 162 aa  92.8  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.521508  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  35.12 
 
 		 171 aa  92.4  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  35.12 
 
 		 171 aa  92.4  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  35.12 
 
 		 171 aa  92.4  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  35.71 
 
 		 171 aa  92.4  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  35.12 
 
 		 171 aa  92.4  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  32.56 
 
 		 195 aa  92  4e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  38.46 
 
 		 163 aa  92  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  35.12 
 
 		 171 aa  91.7  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  35.12 
 
 		 171 aa  91.7  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  35.19 
 
 		 184 aa  91.7  7e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  41.55 
 
 		 198 aa  91.3  8e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  38.78 
 
 		 163 aa  91.3  8e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  38.93 
 
 		 184 aa  91.3  8e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  36.9 
 
 		 200 aa  90.9  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  37.87 
 
 		 172 aa  90.9  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  37.58 
 
 		 175 aa  90.5  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  35.26 
 
 		 169 aa  90.5  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  39.89 
 
 		 180 aa  90.5  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  36.9 
 
 		 217 aa  90.9  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  40.62 
 
 		 190 aa  90.1  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  42.26 
 
 		 177 aa  90.1  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  34.71 
 
 		 181 aa  90.1  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>