More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3014 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  100 
 
 		 203 aa  387  1e-107  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  50 
 
 		 165 aa  135  4e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  47.68 
 
 		 182 aa  121  7e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  49.67 
 
 		 167 aa  119  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  46.45 
 
 		 172 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  39.64 
 
 		 220 aa  119  3e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  40.83 
 
 		 220 aa  118  7e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5254  Shikimate kinase  44.72 
 
 		 171 aa  117  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.12338  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2020  shikimate kinase  48.45 
 
 		 173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0278183 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  47.02 
 
 		 173 aa  115  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  42.18 
 
 		 186 aa  115  6e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  46.71 
 
 		 171 aa  114  8.999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  42.18 
 
 		 186 aa  113  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  42.36 
 
 		 190 aa  112  4.0000000000000004e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  46 
 
 		 180 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  41.46 
 
 		 170 aa  112  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  34.15 
 
 		 166 aa  111  6e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  43.79 
 
 		 172 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  45.58 
 
 		 174 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  45.33 
 
 		 172 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  43.27 
 
 		 180 aa  110  2.0000000000000002e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  44.67 
 
 		 172 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  40.36 
 
 		 170 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  41.1 
 
 		 184 aa  108  5e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  43.62 
 
 		 179 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  45.33 
 
 		 172 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  43.87 
 
 		 172 aa  107  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  32.52 
 
 		 187 aa  107  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  32.52 
 
 		 187 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  43.33 
 
 		 169 aa  107  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  45.45 
 
 		 183 aa  106  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  44.9 
 
 		 190 aa  105  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  42.86 
 
 		 182 aa  105  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  40.83 
 
 		 176 aa  106  3e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  41.1 
 
 		 176 aa  105  4e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  43.92 
 
 		 190 aa  105  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  44.67 
 
 		 172 aa  105  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1839  shikimate kinase  47.71 
 
 		 167 aa  105  5e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.230469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  39.38 
 
 		 184 aa  105  5e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  44 
 
 		 206 aa  105  6e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2389  Shikimate kinase  41.98 
 
 		 166 aa  104  8e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  42.77 
 
 		 177 aa  104  9e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  40.72 
 
 		 183 aa  103  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  40.26 
 
 		 169 aa  104  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2326  Shikimate kinase  43.64 
 
 		 185 aa  103  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0927033  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  43.87 
 
 		 519 aa  103  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  39.13 
 
 		 173 aa  103  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  37.28 
 
 		 182 aa  103  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  44 
 
 		 172 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  44 
 
 		 172 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1695  3-dehydroquinate synthase  43.67 
 
 		 577 aa  102  3e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.981168  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  41.22 
 
 		 235 aa  102  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0280  Shikimate kinase  42.29 
 
 		 180 aa  102  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.129636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  41.22 
 
 		 235 aa  102  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  41.22 
 
 		 235 aa  102  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4297  Shikimate kinase  42.24 
 
 		 179 aa  102  4e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.911234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  36.71 
 
 		 163 aa  102  4e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  37.8 
 
 		 173 aa  101  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  37.8 
 
 		 173 aa  101  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  37.8 
 
 		 173 aa  101  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  37.8 
 
 		 173 aa  101  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  37.8 
 
 		 173 aa  101  8e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  41.42 
 
 		 196 aa  101  9e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  40.67 
 
 		 167 aa  100  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  42.86 
 
 		 229 aa  100  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1846  shikimate kinase  48.39 
 
 		 167 aa  101  1e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  38.51 
 
 		 173 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  38.51 
 
 		 173 aa  100  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  38.51 
 
 		 173 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  38.51 
 
 		 173 aa  100  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  38.51 
 
 		 173 aa  100  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  38.51 
 
 		 173 aa  100  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  30.25 
 
 		 176 aa  100  2e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  40.99 
 
 		 172 aa  100  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  43.97 
 
 		 179 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  38.51 
 
 		 225 aa  99.4  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  43.97 
 
 		 179 aa  99.4  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  34.68 
 
 		 181 aa  99.4  3e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  37.89 
 
 		 173 aa  99.4  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  37.89 
 
 		 173 aa  99.4  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  38.51 
 
 		 225 aa  99.4  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  37.89 
 
 		 173 aa  99.4  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  37.89 
 
 		 173 aa  99.4  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0225  Shikimate kinase  41.43 
 
 		 170 aa  99.4  3e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.737302  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  37.89 
 
 		 173 aa  99.4  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  38.51 
 
 		 225 aa  99.4  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  40.82 
 
 		 209 aa  99  4e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  37.35 
 
 		 172 aa  99  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  40.82 
 
 		 177 aa  98.6  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  40.82 
 
 		 177 aa  98.6  5e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  36.97 
 
 		 175 aa  99  5e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  36.97 
 
 		 175 aa  99  5e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  41.5 
 
 		 192 aa  99  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  40.82 
 
 		 184 aa  98.6  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  40.82 
 
 		 183 aa  98.6  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  40.82 
 
 		 177 aa  98.6  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  40.82 
 
 		 177 aa  98.6  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  41.56 
 
 		 196 aa  98.6  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0153  shikimate kinase  32.68 
 
 		 166 aa  98.6  5e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  40.82 
 
 		 177 aa  98.6  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>