More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_2389 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_2389  Shikimate kinase  100 
 
 		 166 aa  323  1e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2020  shikimate kinase  64.24 
 
 		 173 aa  190  9e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0278183 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  62.11 
 
 		 172 aa  188  2.9999999999999997e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  56.97 
 
 		 165 aa  183  1.0000000000000001e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  60.24 
 
 		 519 aa  181  3e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  61.35 
 
 		 183 aa  181  5.0000000000000004e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  59.39 
 
 		 167 aa  179  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1695  3-dehydroquinate synthase  57.32 
 
 		 577 aa  177  8e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.981168  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  56.44 
 
 		 171 aa  174  5e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1700  shikimate kinase  60.54 
 
 		 187 aa  171  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.18068 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1335  shikimate kinase  56.63 
 
 		 181 aa  171  3.9999999999999995e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.89172  normal  0.76234 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  55.97 
 
 		 172 aa  169  1e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1834  Shikimate kinase  56.89 
 
 		 187 aa  169  2e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.252132  normal  0.208051 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3208  shikimate kinase  59.35 
 
 		 225 aa  162  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.181986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17860  shikimate kinase  56.4 
 
 		 188 aa  162  2.0000000000000002e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.114511  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1839  shikimate kinase  60.26 
 
 		 167 aa  162  3e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.230469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5254  Shikimate kinase  52.76 
 
 		 171 aa  158  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.12338  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3152  Shikimate kinase  56.58 
 
 		 192 aa  156  1e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1846  shikimate kinase  59.63 
 
 		 167 aa  153  1e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4297  Shikimate kinase  53.66 
 
 		 179 aa  152  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.911234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  52.47 
 
 		 180 aa  148  3e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  48.77 
 
 		 176 aa  143  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  47.59 
 
 		 220 aa  137  4.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  48.19 
 
 		 176 aa  135  2e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  47.59 
 
 		 220 aa  134  5e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  47.02 
 
 		 235 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  47.02 
 
 		 235 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  47.02 
 
 		 235 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  42.77 
 
 		 206 aa  122  3e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  43.03 
 
 		 172 aa  115  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  42.42 
 
 		 172 aa  114  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  42.42 
 
 		 172 aa  114  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  43.21 
 
 		 208 aa  112  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  44.79 
 
 		 172 aa  113  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  42.42 
 
 		 172 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  40.36 
 
 		 200 aa  109  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  42.41 
 
 		 163 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  41.82 
 
 		 172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  40.61 
 
 		 217 aa  109  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  45.4 
 
 		 180 aa  108  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  39.41 
 
 		 182 aa  108  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  41.98 
 
 		 200 aa  106  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  39.39 
 
 		 172 aa  105  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  41.14 
 
 		 163 aa  104  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  41.98 
 
 		 203 aa  104  5e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  39.39 
 
 		 172 aa  104  6e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  42.95 
 
 		 190 aa  104  6e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  40.74 
 
 		 206 aa  104  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  36.42 
 
 		 181 aa  104  6e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  44.3 
 
 		 184 aa  104  6e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  40.36 
 
 		 206 aa  104  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  40.61 
 
 		 174 aa  104  7e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  40.49 
 
 		 174 aa  103  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  41.36 
 
 		 204 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  39.63 
 
 		 225 aa  102  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 173 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 173 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 173 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 173 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 225 aa  102  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  40.36 
 
 		 186 aa  102  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 173 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  36.65 
 
 		 171 aa  102  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 171 aa  102  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 225 aa  102  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 173 aa  102  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 173 aa  102  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 173 aa  102  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  34.94 
 
 		 180 aa  102  3e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 173 aa  102  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  39.63 
 
 		 173 aa  102  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 173 aa  102  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  40.13 
 
 		 173 aa  101  5e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 173 aa  101  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  42.33 
 
 		 172 aa  100  7e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  39.26 
 
 		 195 aa  100  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 173 aa  100  8e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 173 aa  100  8e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 173 aa  100  8e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  38.89 
 
 		 591 aa  100  8e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  34.34 
 
 		 180 aa  100  9e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1460  shikimate kinase  46.15 
 
 		 168 aa  100  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00429425  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 173 aa  100  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  39.02 
 
 		 172 aa  99.4  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  39.16 
 
 		 186 aa  99.4  2e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  42.36 
 
 		 188 aa  99.8  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  39.51 
 
 		 205 aa  99.4  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 171 aa  99.8  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  42.48 
 
 		 191 aa  99.4  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  35.98 
 
 		 169 aa  99  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  35.19 
 
 		 187 aa  99  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  39.51 
 
 		 168 aa  98.6  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  40.49 
 
 		 216 aa  99  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  35.19 
 
 		 187 aa  99  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2326  Shikimate kinase  38.79 
 
 		 185 aa  99  3e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0927033  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  39.02 
 
 		 171 aa  98.6  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  40.96 
 
 		 173 aa  98.6  4e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2010  Shikimate kinase  39.73 
 
 		 189 aa  98.2  4e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000269674 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  37.58 
 
 		 173 aa  98.6  4e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  39.63 
 
 		 171 aa  98.2  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>