More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1460 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1460  shikimate kinase  100 
 
 
168 aa  320  6e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00429425  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  40.12 
 
 
182 aa  121  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  47.93 
 
 
172 aa  120  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  37.72 
 
 
172 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  42.6 
 
 
539 aa  117  9e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  42.69 
 
 
169 aa  115  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  44.71 
 
 
519 aa  109  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  36.9 
 
 
176 aa  108  3e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  39.05 
 
 
174 aa  108  3e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  37.65 
 
 
176 aa  108  5e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  36.53 
 
 
176 aa  108  5e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  46.39 
 
 
176 aa  107  7.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  44.79 
 
 
180 aa  106  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0768  Shikimate kinase  45.03 
 
 
177 aa  105  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.694283 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  41.32 
 
 
190 aa  105  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  40 
 
 
170 aa  103  9e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  38.32 
 
 
169 aa  103  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  38.79 
 
 
170 aa  102  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  44.64 
 
 
173 aa  102  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2488  shikimate kinase  43.4 
 
 
168 aa  102  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.995704 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  40.61 
 
 
190 aa  101  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  38.1 
 
 
174 aa  101  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0696  shikimate kinase  40.88 
 
 
163 aa  101  5e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  42.24 
 
 
172 aa  100  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2389  Shikimate kinase  46.15 
 
 
166 aa  100  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  38.69 
 
 
189 aa  99.4  2e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  38.24 
 
 
195 aa  99  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  42.24 
 
 
172 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  42.77 
 
 
172 aa  97.8  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  35.5 
 
 
170 aa  97.4  9e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  35.88 
 
 
167 aa  97.4  9e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  39.29 
 
 
206 aa  97.1  1e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  42.24 
 
 
172 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  42.24 
 
 
172 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  40.38 
 
 
196 aa  96.7  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  38.6 
 
 
172 aa  97.1  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  43.53 
 
 
165 aa  96.7  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  42.67 
 
 
192 aa  95.5  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  42.67 
 
 
199 aa  95.5  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0086  Shikimate kinase  39.86 
 
 
161 aa  95.5  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.744352  hitchhiker  0.00173966 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  43.71 
 
 
177 aa  95.5  3e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  37.74 
 
 
163 aa  95.9  3e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  40.56 
 
 
161 aa  95.5  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  38.69 
 
 
180 aa  95.1  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  42.76 
 
 
190 aa  94.7  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  42.67 
 
 
184 aa  94.7  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  42.67 
 
 
209 aa  94.7  5e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  34.57 
 
 
454 aa  94.7  5e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  33.54 
 
 
166 aa  94.7  5e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  42.24 
 
 
172 aa  94.4  6e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  42.38 
 
 
177 aa  94.7  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  42.38 
 
 
177 aa  94.7  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  39.73 
 
 
180 aa  94.7  6e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  42.38 
 
 
177 aa  94.7  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  43.95 
 
 
203 aa  94.4  6e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  42.38 
 
 
177 aa  94.7  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  42.38 
 
 
177 aa  94.7  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  42.77 
 
 
192 aa  94.4  7e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  41.67 
 
 
163 aa  94.4  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  38.46 
 
 
171 aa  94.4  7e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  41.33 
 
 
183 aa  94  8e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  38.46 
 
 
171 aa  94  8e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  38.46 
 
 
171 aa  94  8e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  38.46 
 
 
171 aa  94  8e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  38.46 
 
 
171 aa  94  8e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  38.46 
 
 
171 aa  94  9e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  38.46 
 
 
171 aa  94  9e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  38.46 
 
 
171 aa  93.6  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  36.84 
 
 
173 aa  93.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  36.84 
 
 
173 aa  93.6  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  43.71 
 
 
181 aa  93.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  38.92 
 
 
195 aa  93.6  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  36.05 
 
 
173 aa  93.6  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  36.84 
 
 
173 aa  93.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  37.87 
 
 
171 aa  93.6  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  39.29 
 
 
172 aa  93.6  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  36.69 
 
 
171 aa  92.8  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  39.62 
 
 
172 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  39.18 
 
 
172 aa  93.2  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  41.32 
 
 
180 aa  92.8  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  43.71 
 
 
193 aa  93.2  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  41.94 
 
 
163 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  40.37 
 
 
457 aa  92.8  2e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  38.46 
 
 
171 aa  93.2  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  36.05 
 
 
173 aa  92.8  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0631  shikimate kinase  36.14 
 
 
170 aa  92.4  3e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0688988  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  36.9 
 
 
175 aa  92.4  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  36.9 
 
 
175 aa  92.4  3e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  38.99 
 
 
172 aa  92  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  37.64 
 
 
199 aa  92  3e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  40 
 
 
204 aa  92.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  34.73 
 
 
171 aa  92  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  42.38 
 
 
180 aa  92.4  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  41.07 
 
 
175 aa  91.7  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  40 
 
 
200 aa  92  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  39.26 
 
 
180 aa  91.7  4e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  36.09 
 
 
173 aa  91.7  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  36.09 
 
 
173 aa  91.7  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  40.7 
 
 
172 aa  91.7  5e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  37.79 
 
 
171 aa  91.3  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>