More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0877 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  100 
 
 		 176 aa  349  1e-95  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  65.45 
 
 		 172 aa  217  6e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  61.45 
 
 		 171 aa  196  1.0000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  54.6 
 
 		 165 aa  175  3e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  56.33 
 
 		 172 aa  173  9.999999999999999e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  58.13 
 
 		 167 aa  171  5.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  48.84 
 
 		 180 aa  159  1e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2020  shikimate kinase  50 
 
 		 173 aa  155  3e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0278183 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1695  3-dehydroquinate synthase  52.12 
 
 		 577 aa  154  7e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.981168  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1700  shikimate kinase  51.52 
 
 		 187 aa  153  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.18068 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1839  shikimate kinase  54.9 
 
 		 167 aa  151  4e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.230469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  51.28 
 
 		 519 aa  151  5e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  49.7 
 
 		 183 aa  149  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1834  Shikimate kinase  50.93 
 
 		 187 aa  145  3e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.252132  normal  0.208051 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5254  Shikimate kinase  46.99 
 
 		 171 aa  143  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.12338  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2389  Shikimate kinase  48.77 
 
 		 166 aa  143  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1846  shikimate kinase  51.22 
 
 		 167 aa  140  9e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  46.3 
 
 		 176 aa  137  7e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  43.71 
 
 		 220 aa  136  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1335  shikimate kinase  46.91 
 
 		 181 aa  135  3.0000000000000003e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.89172  normal  0.76234 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  43.83 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  43.83 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  43.83 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17860  shikimate kinase  54.36 
 
 		 188 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.114511  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3208  shikimate kinase  48.08 
 
 		 225 aa  131  5e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.181986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3152  Shikimate kinase  46.84 
 
 		 192 aa  130  9e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  42.59 
 
 		 220 aa  130  9e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2326  Shikimate kinase  45.78 
 
 		 185 aa  124  6e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0927033  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4297  Shikimate kinase  43.64 
 
 		 179 aa  122  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.911234  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  41.38 
 
 		 206 aa  120  9.999999999999999e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  44.1 
 
 		 184 aa  110  8.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0198  Shikimate kinase  47.83 
 
 		 162 aa  106  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  47.62 
 
 		 173 aa  106  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  40.61 
 
 		 203 aa  105  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  43.04 
 
 		 172 aa  103  1e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0209  Shikimate kinase  47.2 
 
 		 162 aa  103  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2010  Shikimate kinase  43.15 
 
 		 189 aa  101  7e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000269674 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0207  shikimate kinase  48.15 
 
 		 163 aa  99.4  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0163563 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  36.84 
 
 		 174 aa  99.8  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0187  shikimate kinase  48.12 
 
 		 162 aa  99.4  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.521508  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0611  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  36.88 
 
 		 540 aa  99.4  2e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.488786  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  39.88 
 
 		 208 aa  99  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  40.72 
 
 		 177 aa  97.8  7e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  37.43 
 
 		 190 aa  97.4  8e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  42.07 
 
 		 182 aa  97.4  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  42.76 
 
 		 182 aa  97.4  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  37.27 
 
 		 166 aa  97.1  1e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  39.24 
 
 		 169 aa  97.4  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  39.62 
 
 		 179 aa  95.9  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15020  shikimate kinase  36.53 
 
 		 204 aa  96.7  2e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0201152  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  40.25 
 
 		 539 aa  96.3  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  37.58 
 
 		 175 aa  95.9  3e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  37.58 
 
 		 175 aa  95.9  3e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  40.12 
 
 		 172 aa  95.1  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  37.34 
 
 		 167 aa  95.1  4e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  37.65 
 
 		 173 aa  95.1  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  37.04 
 
 		 173 aa  94.7  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  37.65 
 
 		 173 aa  95.1  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  37.04 
 
 		 173 aa  94.7  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  40.54 
 
 		 179 aa  95.1  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  37.65 
 
 		 173 aa  95.1  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  37.04 
 
 		 173 aa  94.7  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  37.65 
 
 		 173 aa  95.1  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  37.04 
 
 		 173 aa  94.7  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  37.04 
 
 		 173 aa  94.7  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  37.65 
 
 		 173 aa  95.1  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  37.65 
 
 		 173 aa  95.1  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  37.65 
 
 		 225 aa  94.4  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  37.65 
 
 		 225 aa  94.4  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  37.65 
 
 		 225 aa  94.4  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  40.85 
 
 		 175 aa  94  9e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  39.26 
 
 		 207 aa  93.6  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  36.42 
 
 		 173 aa  93.6  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  39.49 
 
 		 182 aa  93.6  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  37.14 
 
 		 181 aa  92.8  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  40.85 
 
 		 172 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12560  3-dehydroquinate synthase  43.6 
 
 		 593 aa  93.2  2e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.100875  normal  0.530039 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  40.8 
 
 		 189 aa  92.8  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  36.42 
 
 		 173 aa  93.2  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  36.42 
 
 		 173 aa  93.2  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  36.59 
 
 		 195 aa  93.2  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  36.42 
 
 		 173 aa  93.2  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  44.38 
 
 		 458 aa  92.4  3e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  39.38 
 
 		 174 aa  92.4  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  39.52 
 
 		 179 aa  92  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  36.42 
 
 		 173 aa  92  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  35.37 
 
 		 195 aa  91.7  5e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  40.49 
 
 		 172 aa  91.3  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  40.49 
 
 		 172 aa  91.3  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  37.04 
 
 		 173 aa  91.7  6e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12670  shikimate kinase  43.62 
 
 		 235 aa  91.7  6e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.799504  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  37.04 
 
 		 187 aa  91.3  6e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  32.08 
 
 		 174 aa  91.3  7e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  38.04 
 
 		 172 aa  90.9  8e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  40.74 
 
 		 201 aa  90.9  8e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  37.89 
 
 		 171 aa  90.9  8e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  35.4 
 
 		 174 aa  90.9  9e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  38.27 
 
 		 206 aa  90.9  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  44.12 
 
 		 200 aa  90.5  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  36.02 
 
 		 171 aa  90.1  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>