More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1091 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  100 
 
 		 172 aa  332  2e-90  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  65.45 
 
 		 176 aa  217  6e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  62.5 
 
 		 172 aa  194  6e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  61.31 
 
 		 171 aa  186  2e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  61.73 
 
 		 165 aa  184  7e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  59.63 
 
 		 183 aa  179  2e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  58.28 
 
 		 167 aa  174  4e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2020  shikimate kinase  58.28 
 
 		 173 aa  174  5e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0278183 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1700  shikimate kinase  56.36 
 
 		 187 aa  172  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.18068 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1839  shikimate kinase  61.69 
 
 		 167 aa  170  7.999999999999999e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.230469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2389  Shikimate kinase  55.97 
 
 		 166 aa  169  1e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  53.66 
 
 		 180 aa  169  3e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  56.25 
 
 		 519 aa  167  4e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1695  3-dehydroquinate synthase  52.98 
 
 		 577 aa  167  6e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.981168  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1834  Shikimate kinase  55.76 
 
 		 187 aa  167  8e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.252132  normal  0.208051 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  50 
 
 		 220 aa  160  6e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3208  shikimate kinase  59.09 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.181986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5254  Shikimate kinase  54.37 
 
 		 171 aa  157  5e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.12338  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1846  shikimate kinase  57.58 
 
 		 167 aa  157  6e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  52.29 
 
 		 176 aa  157  7e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  53.01 
 
 		 206 aa  156  1e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1335  shikimate kinase  48.84 
 
 		 181 aa  155  3e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.89172  normal  0.76234 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  50.98 
 
 		 235 aa  154  7e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  50.98 
 
 		 235 aa  154  7e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  50.98 
 
 		 235 aa  154  7e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  49.02 
 
 		 220 aa  153  1e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4297  Shikimate kinase  52.73 
 
 		 179 aa  152  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.911234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3152  Shikimate kinase  53.16 
 
 		 192 aa  150  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17860  shikimate kinase  53.05 
 
 		 188 aa  145  2.0000000000000003e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.114511  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2326  Shikimate kinase  50.3 
 
 		 185 aa  144  8.000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0927033  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15020  shikimate kinase  45 
 
 		 204 aa  124  6e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0201152  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  43.93 
 
 		 179 aa  124  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0611  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  40.48 
 
 		 540 aa  120  9e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.488786  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  43.03 
 
 		 184 aa  119  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  44.97 
 
 		 208 aa  116  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  38.89 
 
 		 181 aa  113  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  40.99 
 
 		 182 aa  113  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  42.69 
 
 		 199 aa  112  3e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  38.37 
 
 		 173 aa  110  7.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  46.21 
 
 		 173 aa  110  9e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  39.51 
 
 		 195 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  40.7 
 
 		 229 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  42.94 
 
 		 191 aa  108  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  41.46 
 
 		 169 aa  109  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  37.89 
 
 		 181 aa  108  3e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  40.12 
 
 		 190 aa  108  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  41.98 
 
 		 591 aa  107  6e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  49.31 
 
 		 178 aa  107  6e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  44.23 
 
 		 192 aa  107  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  41.82 
 
 		 190 aa  107  8.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  43.87 
 
 		 203 aa  107  8.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  42.38 
 
 		 172 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  39.13 
 
 		 190 aa  106  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  42.38 
 
 		 172 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  39.49 
 
 		 163 aa  106  1e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  37.06 
 
 		 172 aa  105  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  40.61 
 
 		 182 aa  106  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  45.28 
 
 		 552 aa  106  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  45.27 
 
 		 594 aa  106  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  37.2 
 
 		 187 aa  106  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  37.87 
 
 		 171 aa  105  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  37.95 
 
 		 173 aa  105  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  37.21 
 
 		 225 aa  105  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  36.2 
 
 		 187 aa  105  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  37.35 
 
 		 173 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  44.76 
 
 		 593 aa  105  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  37.06 
 
 		 182 aa  105  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  37.21 
 
 		 225 aa  105  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  37.95 
 
 		 173 aa  105  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  37.95 
 
 		 173 aa  105  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  37.95 
 
 		 173 aa  105  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  37.35 
 
 		 173 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  37.35 
 
 		 173 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  37.21 
 
 		 225 aa  105  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  37.35 
 
 		 173 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  38.12 
 
 		 184 aa  105  3e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  37.95 
 
 		 173 aa  105  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  37.35 
 
 		 173 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  37.95 
 
 		 173 aa  105  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  39.76 
 
 		 184 aa  105  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  37.95 
 
 		 180 aa  105  4e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  41.07 
 
 		 180 aa  104  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  40.74 
 
 		 175 aa  104  6e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  40.74 
 
 		 175 aa  104  6e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  37.95 
 
 		 173 aa  104  6e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  39.64 
 
 		 196 aa  104  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0380  3-dehydroquinate synthase  36.47 
 
 		 560 aa  104  7e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  38.89 
 
 		 167 aa  104  7e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  37.28 
 
 		 171 aa  104  8e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 172 aa  103  9e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  37.95 
 
 		 180 aa  103  9e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  38.32 
 
 		 182 aa  103  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0198  Shikimate kinase  47.83 
 
 		 162 aa  103  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  43.87 
 
 		 181 aa  103  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  43.23 
 
 		 180 aa  103  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  45.1 
 
 		 191 aa  103  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>