More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5254 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_5254  Shikimate kinase  100 
 
 		 171 aa  336  9e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.12338  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  67.3 
 
 		 180 aa  215  2.9999999999999998e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4297  Shikimate kinase  67.08 
 
 		 179 aa  199  9.999999999999999e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.911234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  61.39 
 
 		 519 aa  184  8e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  57.67 
 
 		 167 aa  182  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  56.44 
 
 		 171 aa  174  4e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  55.15 
 
 		 165 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1695  3-dehydroquinate synthase  52.73 
 
 		 577 aa  169  1e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.981168  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2020  shikimate kinase  56.44 
 
 		 173 aa  166  2e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0278183 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  54.94 
 
 		 172 aa  165  2e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  54.6 
 
 		 183 aa  162  2.0000000000000002e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1839  shikimate kinase  59.24 
 
 		 167 aa  162  2.0000000000000002e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.230469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  51.53 
 
 		 220 aa  161  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  51.53 
 
 		 235 aa  160  8.000000000000001e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  51.53 
 
 		 235 aa  160  8.000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  51.53 
 
 		 235 aa  160  8.000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2389  Shikimate kinase  52.76 
 
 		 166 aa  158  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  51.83 
 
 		 176 aa  158  4e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  54.37 
 
 		 172 aa  157  5e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1335  shikimate kinase  49.71 
 
 		 181 aa  155  3e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.89172  normal  0.76234 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  49.08 
 
 		 220 aa  155  4e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  51.23 
 
 		 206 aa  154  5.0000000000000005e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3152  Shikimate kinase  53.16 
 
 		 192 aa  149  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1834  Shikimate kinase  50 
 
 		 187 aa  150  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.252132  normal  0.208051 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1846  shikimate kinase  60.13 
 
 		 167 aa  148  3e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1700  shikimate kinase  50.93 
 
 		 187 aa  144  7.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.18068 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  46.99 
 
 		 176 aa  143  9e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3208  shikimate kinase  51.27 
 
 		 225 aa  135  2e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.181986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17860  shikimate kinase  50.59 
 
 		 188 aa  134  5e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.114511  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15020  shikimate kinase  42.24 
 
 		 204 aa  117  6e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0201152  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  44.72 
 
 		 203 aa  117  9e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  39.52 
 
 		 182 aa  115  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  41.88 
 
 		 172 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  41.88 
 
 		 172 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2326  Shikimate kinase  44.72 
 
 		 185 aa  113  1.0000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0927033  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  39.63 
 
 		 180 aa  111  6e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  41.61 
 
 		 172 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  43.14 
 
 		 163 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  41.72 
 
 		 169 aa  108  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  39.51 
 
 		 186 aa  108  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  40.25 
 
 		 190 aa  108  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  42.48 
 
 		 163 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  40.61 
 
 		 184 aa  106  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  38.27 
 
 		 186 aa  106  2e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  37.5 
 
 		 172 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  40.99 
 
 		 172 aa  105  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  40.61 
 
 		 539 aa  105  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  33.74 
 
 		 180 aa  105  3e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12670  shikimate kinase  44.17 
 
 		 235 aa  105  3e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.799504  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0611  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  37.95 
 
 		 540 aa  105  3e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.488786  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  33.74 
 
 		 180 aa  104  5e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  40.74 
 
 		 184 aa  104  8e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  40 
 
 		 172 aa  103  9e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  37.58 
 
 		 181 aa  103  9e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  41.56 
 
 		 163 aa  103  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  37.5 
 
 		 172 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0198  Shikimate kinase  48.37 
 
 		 162 aa  103  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  40.51 
 
 		 174 aa  103  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  38.36 
 
 		 172 aa  102  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  40.96 
 
 		 179 aa  101  4e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  38.89 
 
 		 180 aa  101  5e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  37.58 
 
 		 172 aa  100  8e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0209  Shikimate kinase  47.06 
 
 		 162 aa  100  9e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  37.35 
 
 		 179 aa  100  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  36.02 
 
 		 181 aa  100  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  38.89 
 
 		 579 aa  99  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  40.24 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  41.18 
 
 		 180 aa  98.6  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  39.26 
 
 		 174 aa  97.8  7e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  41.91 
 
 		 181 aa  97.4  9e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  41.91 
 
 		 193 aa  97.1  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  45.59 
 
 		 190 aa  96.7  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  39.02 
 
 		 170 aa  96.3  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  38.04 
 
 		 196 aa  96.3  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  41.43 
 
 		 182 aa  95.9  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  38.99 
 
 		 171 aa  95.9  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  37.65 
 
 		 579 aa  95.5  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  38.99 
 
 		 171 aa  95.9  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  36.71 
 
 		 181 aa  95.5  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  37.65 
 
 		 604 aa  95.5  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  38.99 
 
 		 171 aa  95.5  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  38.36 
 
 		 171 aa  95.1  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  38.99 
 
 		 171 aa  94.7  5e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  38.99 
 
 		 171 aa  94.7  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  38.99 
 
 		 171 aa  94.7  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  38.99 
 
 		 171 aa  94.7  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  37.65 
 
 		 172 aa  94.7  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  38.36 
 
 		 171 aa  94.7  6e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  38.99 
 
 		 171 aa  94.7  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  38.99 
 
 		 171 aa  94.7  6e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  38.99 
 
 		 171 aa  94.7  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  40.65 
 
 		 163 aa  94.4  7e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0187  shikimate kinase  47.71 
 
 		 162 aa  94  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.521508  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  38.99 
 
 		 171 aa  94  8e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  38.31 
 
 		 180 aa  94  8e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  38.99 
 
 		 171 aa  93.6  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  35.22 
 
 		 454 aa  93.2  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  37.65 
 
 		 192 aa  94  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  37.27 
 
 		 185 aa  94  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  38.75 
 
 		 171 aa  93.2  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>