More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4297 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_4297  Shikimate kinase  100 
 
 
179 aa  349  1e-95  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.911234  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5254  Shikimate kinase  67.08 
 
 
171 aa  209  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.12338  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  62.42 
 
 
519 aa  180  1e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  56.97 
 
 
180 aa  172  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2020  shikimate kinase  58.18 
 
 
173 aa  166  2e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0278183 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1839  shikimate kinase  60.65 
 
 
167 aa  162  2.0000000000000002e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.230469  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  54.27 
 
 
167 aa  162  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1695  3-dehydroquinate synthase  52.66 
 
 
577 aa  161  4.0000000000000004e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.981168  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1834  Shikimate kinase  53.89 
 
 
187 aa  159  3e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.252132  normal  0.208051 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  50.6 
 
 
171 aa  158  4e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2389  Shikimate kinase  53.66 
 
 
166 aa  158  4e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  52.73 
 
 
172 aa  157  7e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  50.6 
 
 
172 aa  153  1e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  55.49 
 
 
183 aa  152  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  50.94 
 
 
165 aa  151  5.9999999999999996e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1846  shikimate kinase  59.24 
 
 
167 aa  144  8.000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3152  Shikimate kinase  51.2 
 
 
192 aa  143  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  49.1 
 
 
235 aa  143  1e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1700  shikimate kinase  50 
 
 
187 aa  143  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.18068 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  49.1 
 
 
235 aa  143  1e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  49.1 
 
 
235 aa  143  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  50 
 
 
206 aa  142  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  48.8 
 
 
176 aa  139  3e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  47.27 
 
 
220 aa  138  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1335  shikimate kinase  46.96 
 
 
181 aa  137  6e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.89172  normal  0.76234 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17860  shikimate kinase  52.35 
 
 
188 aa  137  1e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.114511  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  46.67 
 
 
220 aa  136  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3208  shikimate kinase  54.14 
 
 
225 aa  131  6e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.181986  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  43.64 
 
 
176 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  40.36 
 
 
190 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  40.48 
 
 
182 aa  115  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  42.07 
 
 
190 aa  114  6.9999999999999995e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  42.42 
 
 
172 aa  111  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  42.42 
 
 
172 aa  111  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15020  shikimate kinase  39.16 
 
 
204 aa  109  2.0000000000000002e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0201152  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  41.92 
 
 
193 aa  108  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  41.92 
 
 
181 aa  108  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  41.32 
 
 
180 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  42.24 
 
 
203 aa  107  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2326  Shikimate kinase  43.04 
 
 
185 aa  105  3e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0927033  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  42.07 
 
 
172 aa  105  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  38.55 
 
 
174 aa  105  4e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  40.96 
 
 
184 aa  104  7e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  41.77 
 
 
163 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0124  shikimate kinase  37.35 
 
 
179 aa  102  3e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.529652  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  41.14 
 
 
163 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  39.63 
 
 
171 aa  102  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  36.59 
 
 
172 aa  101  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  37.35 
 
 
186 aa  100  1e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  40.34 
 
 
229 aa  100  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  38.55 
 
 
180 aa  99.4  2e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  40.24 
 
 
171 aa  99.4  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  36.52 
 
 
196 aa  100  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  39.02 
 
 
171 aa  99.8  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  37.87 
 
 
179 aa  98.6  4e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  42 
 
 
172 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2097  shikimate kinase  36.75 
 
 
179 aa  98.6  4e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  39.02 
 
 
171 aa  98.2  6e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  39.76 
 
 
591 aa  98.2  6e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  36.59 
 
 
181 aa  98.2  6e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  45.06 
 
 
176 aa  98.2  6e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  39.02 
 
 
171 aa  98.2  6e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  39.02 
 
 
171 aa  97.8  7e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  43.03 
 
 
177 aa  97.8  8e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  36.14 
 
 
186 aa  97.8  8e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  40 
 
 
192 aa  97.8  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  39.02 
 
 
171 aa  97.8  8e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  37.95 
 
 
180 aa  97.8  8e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  39.02 
 
 
171 aa  97.8  8e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  37.8 
 
 
172 aa  97.4  9e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  39.02 
 
 
171 aa  97.4  9e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  39.02 
 
 
171 aa  97.4  9e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  39.02 
 
 
171 aa  97.4  9e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  39.02 
 
 
171 aa  97.4  9e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  39.02 
 
 
171 aa  97.4  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  39.02 
 
 
171 aa  97.4  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  39.02 
 
 
171 aa  97.4  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  40.36 
 
 
173 aa  96.7  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  39.02 
 
 
171 aa  96.7  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  40.24 
 
 
173 aa  96.3  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  35.98 
 
 
172 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  37.42 
 
 
172 aa  95.5  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  36.75 
 
 
199 aa  95.5  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  41.22 
 
 
169 aa  95.5  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  36.75 
 
 
177 aa  95.5  4e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  36.75 
 
 
177 aa  95.5  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  36.75 
 
 
184 aa  95.5  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  36.75 
 
 
177 aa  95.5  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  36.75 
 
 
209 aa  95.5  4e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  36.75 
 
 
177 aa  95.5  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  36.75 
 
 
177 aa  95.5  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12670  shikimate kinase  42.68 
 
 
235 aa  95.1  5e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.799504  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  34.94 
 
 
195 aa  94.7  6e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  35.22 
 
 
454 aa  94.4  7e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  37.35 
 
 
182 aa  94  9e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  36.75 
 
 
190 aa  93.6  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  37.8 
 
 
185 aa  93.6  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0207  shikimate kinase  44.24 
 
 
163 aa  92.8  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0163563 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  36.75 
 
 
184 aa  93.2  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  39.88 
 
 
198 aa  92.4  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.989492 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>