More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_2273 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008541  Arth_2273  shikimate kinase  100 
 
 		 199 aa  399  9.999999999999999e-111  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.151657  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2010  Shikimate kinase  72.36 
 
 		 189 aa  287  8e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000269674 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15020  shikimate kinase  48.72 
 
 		 204 aa  130  1.0000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0201152  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12670  shikimate kinase  43.42 
 
 		 235 aa  112  4.0000000000000004e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.799504  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  41.9 
 
 		 171 aa  106  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  40.48 
 
 		 183 aa  106  3e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  44.37 
 
 		 172 aa  104  8e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  44.97 
 
 		 180 aa  103  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  48.97 
 
 		 206 aa  103  2e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  41.56 
 
 		 180 aa  102  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  39.08 
 
 		 179 aa  102  5e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  43.06 
 
 		 165 aa  101  6e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1335  shikimate kinase  41.22 
 
 		 181 aa  100  1e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.89172  normal  0.76234 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  37.01 
 
 		 180 aa  99.4  3e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  37.01 
 
 		 180 aa  99.8  3e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  31.58 
 
 		 176 aa  99.4  4e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0611  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  36.36 
 
 		 540 aa  99  4e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.488786  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  44.52 
 
 		 176 aa  98.6  5e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  38.92 
 
 		 177 aa  98.2  7e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  31.4 
 
 		 176 aa  98.2  8e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  41.5 
 
 		 172 aa  97.4  1e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  37.5 
 
 		 174 aa  96.3  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12560  3-dehydroquinate synthase  38.17 
 
 		 593 aa  97.1  2e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.100875  normal  0.530039 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1695  3-dehydroquinate synthase  41.03 
 
 		 577 aa  96.7  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.981168  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  43.15 
 
 		 167 aa  96.3  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  42.95 
 
 		 220 aa  95.9  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  42.66 
 
 		 216 aa  95.9  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  39.38 
 
 		 169 aa  96.3  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  39.79 
 
 		 188 aa  95.9  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  38.89 
 
 		 205 aa  95.9  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  39.51 
 
 		 200 aa  95.5  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  31.84 
 
 		 186 aa  95.1  6e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  33.73 
 
 		 180 aa  95.1  6e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  39.87 
 
 		 182 aa  95.1  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  32.4 
 
 		 186 aa  94.7  7e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0380  3-dehydroquinate synthase  38.04 
 
 		 560 aa  94.7  9e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  37.28 
 
 		 219 aa  94.4  9e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  37.82 
 
 		 181 aa  94.4  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  39.31 
 
 		 181 aa  94  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  42.28 
 
 		 180 aa  94  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  40 
 
 		 190 aa  94.4  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  39.88 
 
 		 206 aa  94  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  35.83 
 
 		 208 aa  94  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  37.01 
 
 		 195 aa  94  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  37.5 
 
 		 519 aa  93.2  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  38.85 
 
 		 175 aa  93.2  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  38.85 
 
 		 175 aa  93.2  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  39.51 
 
 		 204 aa  93.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2020  shikimate kinase  36.78 
 
 		 173 aa  93.2  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0278183 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  30.23 
 
 		 176 aa  93.6  2e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  38.61 
 
 		 179 aa  92.8  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  41.96 
 
 		 235 aa  92.8  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  41.96 
 
 		 235 aa  92.8  3e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  42.28 
 
 		 172 aa  92.8  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  41.96 
 
 		 235 aa  92.8  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  38.96 
 
 		 173 aa  92.4  4e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  35.63 
 
 		 174 aa  92  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  33.73 
 
 		 190 aa  92  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  38.71 
 
 		 182 aa  92  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1103  shikimate kinase  32.89 
 
 		 165 aa  91.7  7e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.396409  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  40.91 
 
 		 594 aa  91.7  7e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  37.57 
 
 		 173 aa  91.7  7e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  39.6 
 
 		 167 aa  91.7  7e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5254  Shikimate kinase  40 
 
 		 171 aa  91.7  7e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.12338  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  41.61 
 
 		 172 aa  91.7  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  38.96 
 
 		 173 aa  91.7  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  38.96 
 
 		 173 aa  91.7  7e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  38.96 
 
 		 173 aa  91.7  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  36.05 
 
 		 166 aa  91.3  8e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  38.12 
 
 		 225 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  35.12 
 
 		 197 aa  90.9  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1596  shikimate kinase  29.59 
 
 		 174 aa  90.9  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0865399  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1629  shikimate kinase  29.59 
 
 		 174 aa  90.9  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.682402  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  41.38 
 
 		 176 aa  90.5  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  38.96 
 
 		 173 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  40.91 
 
 		 191 aa  90.5  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  38.96 
 
 		 173 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  38.96 
 
 		 173 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  38.12 
 
 		 225 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  38.96 
 
 		 173 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  38.96 
 
 		 173 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  38.12 
 
 		 225 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  40 
 
 		 172 aa  89.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  38.31 
 
 		 173 aa  90.1  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  38.31 
 
 		 173 aa  90.1  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  41.1 
 
 		 237 aa  90.5  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1700  shikimate kinase  37.8 
 
 		 187 aa  89.7  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.18068 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  41.61 
 
 		 220 aa  89.7  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  38.31 
 
 		 173 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  38.31 
 
 		 173 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  38.31 
 
 		 173 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  38.31 
 
 		 173 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  36.36 
 
 		 172 aa  89.4  3e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  38.31 
 
 		 173 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  38.31 
 
 		 173 aa  89.7  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  38.99 
 
 		 174 aa  89.4  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  41.55 
 
 		 203 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  37.42 
 
 		 172 aa  89  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  35.5 
 
 		 181 aa  89.4  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  33.14 
 
 		 165 aa  88.6  5e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>