274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0097 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
163 aa  336  7e-92  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0275  XRE family transcriptional regulator  55.88 
 
 
276 aa  84.3  6e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.12088  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1286  transcriptional regulator, XRE family  51.9 
 
 
197 aa  79  0.00000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0709374  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  50 
 
 
374 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  53.33 
 
 
374 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  53.33 
 
 
374 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  50 
 
 
374 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  53.33 
 
 
374 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  50 
 
 
374 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  50 
 
 
374 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2912  XRE family transcriptional regulator  45.57 
 
 
200 aa  75.1  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  50.82 
 
 
242 aa  75.1  0.0000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  51.67 
 
 
374 aa  74.7  0.0000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1789  transcriptional regulator, XRE family  47.22 
 
 
198 aa  73.2  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000770501  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  33.12 
 
 
262 aa  67  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  34.45 
 
 
262 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  43.18 
 
 
277 aa  66.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2097  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
361 aa  65.1  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.961796  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 
374 aa  64.7  0.0000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  51.79 
 
 
370 aa  64.3  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  47.17 
 
 
368 aa  62.4  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 
235 aa  62  0.000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1053  DNA-binding protein  45.9 
 
 
348 aa  62  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  33.7 
 
 
210 aa  62.4  0.000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  39.68 
 
 
459 aa  61.6  0.000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  39.24 
 
 
334 aa  60.8  0.000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  38.03 
 
 
146 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  30.43 
 
 
262 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 
262 aa  59.3  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  32.14 
 
 
328 aa  58.5  0.00000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  35.14 
 
 
200 aa  58.5  0.00000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2628  transcriptional regulator, XRE family  43.84 
 
 
364 aa  58.5  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0359208  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 
380 aa  58.2  0.00000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  34.04 
 
 
205 aa  57.8  0.00000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  40.91 
 
 
436 aa  57.4  0.00000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  35.21 
 
 
142 aa  57.4  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 
273 aa  56.6  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 
380 aa  57  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  32.31 
 
 
194 aa  55.8  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2086  helix-turn-helix domain protein  41.94 
 
 
327 aa  55.8  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0272363  normal  0.126806 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  27.16 
 
 
196 aa  55.5  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  32.05 
 
 
145 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
185 aa  55.5  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  44.78 
 
 
369 aa  55.1  0.0000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  30.77 
 
 
197 aa  54.7  0.0000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  42.37 
 
 
114 aa  54.7  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  42.37 
 
 
114 aa  54.7  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  33.78 
 
 
322 aa  54.7  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 
107 aa  55.1  0.0000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1978  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 
183 aa  54.7  0.0000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  36.59 
 
 
197 aa  54.3  0.0000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  34.67 
 
 
143 aa  54.7  0.0000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1626  putative phage repressor  40 
 
 
244 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  45.16 
 
 
346 aa  54.3  0.0000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18420  predicted transcriptional regulator  42.62 
 
 
149 aa  54.3  0.0000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.189768  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 
135 aa  53.9  0.0000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  34.85 
 
 
92 aa  53.5  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  28.16 
 
 
149 aa  53.5  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  32.91 
 
 
364 aa  53.9  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  36.36 
 
 
149 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0921  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 
132 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000830973  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 
149 aa  53.1  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1982  Cro/CI family transcriptional regulator  43.33 
 
 
359 aa  52.4  0.000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  34.85 
 
 
149 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  34.85 
 
 
149 aa  52.4  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  42.11 
 
 
272 aa  52  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  35.53 
 
 
358 aa  51.6  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
268 aa  51.2  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  38.24 
 
 
207 aa  50.8  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2840  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 
176 aa  50.8  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2391  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 
247 aa  50.4  0.000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  39.68 
 
 
209 aa  50.4  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  33.33 
 
 
149 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  27.78 
 
 
338 aa  50.1  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2728  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 
189 aa  50.1  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 
69 aa  50.1  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2785  helix-turn-helix domain-containing protein  32.81 
 
 
189 aa  50.1  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1931  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  39.73 
 
 
352 aa  49.3  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.584244  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
134 aa  49.7  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2451  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 
139 aa  49.7  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000925763  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 
212 aa  49.7  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 
142 aa  50.1  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1172  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 
372 aa  49.3  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.38155 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2371  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 
165 aa  49.3  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.111191  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 
118 aa  49.7  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3112  transcriptional regulator, XRE family  22.96 
 
 
208 aa  48.9  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000156006  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 
192 aa  49.3  0.00003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 
122 aa  48.9  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  35.21 
 
 
117 aa  48.5  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  42.62 
 
 
115 aa  48.1  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000416248  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  38.18 
 
 
296 aa  48.1  0.00005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  37.5 
 
 
362 aa  47.8  0.00006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
120 aa  47.8  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0730  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 
85 aa  47.8  0.00007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000239544  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
120 aa  47.8  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  42.86 
 
 
131 aa  47.8  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000218001  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
120 aa  47.8  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1998  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 
131 aa  47.4  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0064  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 
266 aa  47.4  0.00008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0308  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 
144 aa  47.4  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>