137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0275 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0275  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 276 aa  550  1e-155  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.12088  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  55.88 
 
 		 163 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0650  hypothetical protein  27.95 
 
 		 182 aa  78.6  0.0000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.95199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1286  transcriptional regulator, XRE family  53.52 
 
 		 197 aa  72  0.000000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0709374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2912  XRE family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 200 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1789  transcriptional regulator, XRE family  45.59 
 
 		 198 aa  65.1  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000770501  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 334 aa  64.7  0.000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  32.52 
 
 		 328 aa  60.8  0.00000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  49.12 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  49.12 
 
 		 374 aa  60.5  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  49.12 
 
 		 374 aa  60.5  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  49.12 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0064  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 266 aa  60.5  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  49.12 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  49.12 
 
 		 374 aa  60.5  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  50 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 242 aa  58.9  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  50 
 
 		 374 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  44.62 
 
 		 459 aa  57.8  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  35.42 
 
 		 380 aa  57  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  44.83 
 
 		 146 aa  56.2  0.0000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  50.82 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  46.48 
 
 		 235 aa  55.8  0.0000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  28.83 
 
 		 149 aa  54.3  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  26.05 
 
 		 149 aa  54.3  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  27.59 
 
 		 149 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A15  XRE family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 204 aa  53.1  0.000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.659709  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 149 aa  53.5  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  27.93 
 
 		 149 aa  53.1  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 370 aa  53.1  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  47.37 
 
 		 296 aa  52.8  0.000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2097  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 361 aa  52  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.961796  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  31.25 
 
 		 92 aa  51.2  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 368 aa  50.8  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  37.84 
 
 		 145 aa  50.4  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 364 aa  50.8  0.00003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06250  predicted transcriptional regulator  47.92 
 
 		 256 aa  50.4  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  45.45 
 
 		 210 aa  50.4  0.00003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1796  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 206 aa  50.4  0.00003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2391  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 247 aa  50.4  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2628  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 364 aa  50.4  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0359208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  47.27 
 
 		 369 aa  50.1  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  42.86 
 
 		 144 aa  50.1  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  49.18 
 
 		 436 aa  49.7  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1626  putative phage repressor  31.91 
 
 		 244 aa  49.7  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  42.86 
 
 		 227 aa  49.3  0.00006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 192 aa  49.7  0.00006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 374 aa  49.3  0.00006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  47.27 
 
 		 272 aa  49.3  0.00006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 268 aa  49.3  0.00006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  33.87 
 
 		 149 aa  49.3  0.00006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0921  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 132 aa  49.3  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000830973  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 380 aa  49.3  0.00007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  35.29 
 
 		 262 aa  49.3  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  34.48 
 
 		 262 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 346 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 262 aa  48.5  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 327 aa  48.1  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  40.3 
 
 		 143 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1053  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 348 aa  47.8  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18420  predicted transcriptional regulator  47.17 
 
 		 149 aa  47.8  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.189768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1978  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 183 aa  47.8  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 		 322 aa  48.1  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  39.29 
 
 		 142 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 197 aa  47  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 107 aa  47.4  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2086  helix-turn-helix domain protein  48 
 
 		 327 aa  47.4  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0272363  normal  0.126806 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 205 aa  46.6  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1172  transcriptional regulator, XRE family  48.98 
 
 		 372 aa  46.6  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.38155 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  37.68 
 
 		 200 aa  46.2  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  51.11 
 
 		 151 aa  46.2  0.0006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3560  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 184 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.444346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1784  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 184 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  37.8 
 
 		 181 aa  46.2  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  37.8 
 
 		 181 aa  46.2  0.0007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0803  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 185 aa  45.8  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.215741  normal  0.130979 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  37.8 
 
 		 181 aa  46.2  0.0007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3720  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 200 aa  45.8  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.310668  normal  0.0265405 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5184  XRE family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 1330 aa  45.8  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.219176  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2177  transcriptional regulator, putative  39.68 
 
 		 184 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 181 aa  45.8  0.0008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 181 aa  45.8  0.0008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 212 aa  45.8  0.0008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  37.8 
 
 		 181 aa  45.8  0.0008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  37.8 
 
 		 181 aa  45.8  0.0008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  37.8 
 
 		 181 aa  45.8  0.0009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3556  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 184 aa  45.4  0.0009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.427188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  37.8 
 
 		 181 aa  45.8  0.0009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2181  Cro/CI family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 184 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0006  transcriptional regulator  32.79 
 
 		 186 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00549324  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2190  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 222 aa  45.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 185 aa  45.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  31.82 
 
 		 301 aa  45.4  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  40 
 
 		 214 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 68 aa  45.4  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1788  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 184 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  39.68 
 
 		 209 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 134 aa  45.4  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  32.94 
 
 		 262 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19180  predicted transcriptional regulator  41.51 
 
 		 141 aa  45.4  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.433834  normal  0.0717748 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>