195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_25890 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  100 
 
 		 272 aa  567  1e-160  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1445  transcriptional regulator, XRE family  51.35 
 
 		 147 aa  155  8e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.275315  normal  0.432426 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18420  predicted transcriptional regulator  48.32 
 
 		 149 aa  149  5e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.189768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0733  putative transcriptional regulator  40.67 
 
 		 161 aa  124  1e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2912  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 200 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1286  transcriptional regulator, XRE family  33.58 
 
 		 197 aa  79.7  0.00000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0709374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1789  transcriptional regulator, XRE family  33.09 
 
 		 198 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000770501  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1844  hypothetical protein  40 
 
 		 90 aa  69.3  0.00000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  40.23 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  49.12 
 
 		 205 aa  60.8  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0099  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 178 aa  59.7  0.00000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 374 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  44.64 
 
 		 374 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 374 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 374 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 374 aa  56.6  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  44.64 
 
 		 374 aa  56.6  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 374 aa  56.6  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3784  hypothetical protein  32.56 
 
 		 87 aa  56.6  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0685448  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  27.01 
 
 		 293 aa  56.2  0.0000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  48.21 
 
 		 200 aa  55.1  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 374 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 107 aa  54.7  0.000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0067  hypothetical protein  33.8 
 
 		 240 aa  54.7  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1222  hypothetical protein  37.5 
 
 		 175 aa  54.3  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.505926  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25910  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  51.11 
 
 		 144 aa  53.9  0.000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 192 aa  53.5  0.000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 296 aa  53.5  0.000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 380 aa  53.1  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  42.11 
 
 		 196 aa  52.8  0.000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 197 aa  52  0.000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  31.3 
 
 		 197 aa  51.6  0.00001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 163 aa  52  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  39.29 
 
 		 149 aa  51.2  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06250  predicted transcriptional regulator  44.07 
 
 		 256 aa  51.2  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  38.6 
 
 		 143 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  39.29 
 
 		 149 aa  51.2  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0006  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 185 aa  50.8  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000100303  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  39.29 
 
 		 149 aa  50.8  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 149 aa  51.2  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  40.35 
 
 		 142 aa  50.4  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  39.29 
 
 		 92 aa  50.8  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  44.26 
 
 		 436 aa  50.4  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0730  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 85 aa  50.8  0.00003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000239544  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1438  hypothetical protein  35 
 
 		 87 aa  50.4  0.00003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2086  helix-turn-helix domain protein  28.7 
 
 		 327 aa  50.1  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0272363  normal  0.126806 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  39.29 
 
 		 149 aa  50.1  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 364 aa  49.7  0.00005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0275  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 276 aa  49.3  0.00006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.12088  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  45.65 
 
 		 368 aa  49.3  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 334 aa  49.3  0.00007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 277 aa  48.9  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2256  Cro/CI family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 104 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  26.24 
 
 		 262 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  38.18 
 
 		 194 aa  48.1  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  42.11 
 
 		 262 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 262 aa  48.5  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1889  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 203 aa  48.5  0.0001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  43.48 
 
 		 149 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  42.11 
 
 		 262 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19180  predicted transcriptional regulator  37.66 
 
 		 141 aa  47.4  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.433834  normal  0.0717748 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  36.84 
 
 		 114 aa  47.8  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  41.82 
 
 		 459 aa  47.8  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  40.35 
 
 		 146 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  38.64 
 
 		 134 aa  48.1  0.0002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2005  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 388 aa  48.1  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.445906  normal  0.114252 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0740  transcriptional regulator  43.55 
 
 		 66 aa  47.4  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.805789 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  36.84 
 
 		 114 aa  47.8  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3474  desulfoferrodoxin  31.58 
 
 		 126 aa  47.4  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.329181  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 474 aa  47.8  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 374 aa  47.8  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 104 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  28.57 
 
 		 206 aa  47.8  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 104 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1350  DNA-binding protein  45.65 
 
 		 62 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 268 aa  47.8  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 380 aa  47.4  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 142 aa  47.4  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1053  DNA-binding protein  35.14 
 
 		 348 aa  47  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 322 aa  47.4  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 195 aa  47  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3256  helix-turn-helix domain-containing protein  45.45 
 
 		 136 aa  47  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2728  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 189 aa  47.4  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2785  helix-turn-helix domain-containing protein  45.45 
 
 		 189 aa  47.4  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  52.38 
 
 		 209 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2076  hypothetical protein  30.49 
 
 		 88 aa  47.4  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0064  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 266 aa  47.4  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1256  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 491 aa  47  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1247  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 165 aa  46.6  0.0004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.797623  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 327 aa  46.6  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4362  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 69 aa  47  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  41.67 
 
 		 144 aa  46.2  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 185 aa  46.2  0.0006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  45.1 
 
 		 328 aa  46.2  0.0006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 189 aa  45.8  0.0007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2840  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 176 aa  45.8  0.0007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 107 aa  45.8  0.0007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 273 aa  45.8  0.0007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2391  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 247 aa  45.8  0.0008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>