More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0844 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 142 aa  288  2e-77  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25910  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  46.76 
 
 		 144 aa  135  3.0000000000000003e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0329  AbrB family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 86 aa  71.2  0.000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.485621  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2181  AbrB family transcriptional regulator  63.27 
 
 		 92 aa  69.7  0.00000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0824965  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  38.89 
 
 		 149 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  37.3 
 
 		 149 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  48.39 
 
 		 328 aa  66.6  0.0000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0703  AbrB family transcriptional regulator  68.75 
 
 		 74 aa  65.9  0.0000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.751889  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  42.7 
 
 		 149 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1655  transcriptional regulator, AbrB family  54.84 
 
 		 79 aa  65.9  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.336851  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 149 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  46.97 
 
 		 200 aa  64.7  0.0000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  42.68 
 
 		 92 aa  65.1  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 322 aa  64.7  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2740  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 395 aa  64.7  0.0000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  40 
 
 		 338 aa  63.9  0.0000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 320 aa  63.5  0.0000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  41.46 
 
 		 149 aa  63.9  0.0000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 137 aa  63.2  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  44 
 
 		 334 aa  63.2  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0985  transcriptional regulator, AbrB family  45.9 
 
 		 95 aa  62  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00370764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 362 aa  62  0.000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  41.57 
 
 		 149 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 327 aa  61.6  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1102  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 261 aa  61.6  0.000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000209596  hitchhiker  0.000000000000029 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1868  transcriptional regulator, AbrB family  51.92 
 
 		 75 aa  61.2  0.000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000975401  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 		 364 aa  61.2  0.000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 312 aa  61.2  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 380 aa  60.5  0.000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  47.46 
 
 		 459 aa  60.5  0.000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 374 aa  60.5  0.000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 268 aa  60.1  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 115 aa  58.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 273 aa  59.3  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A15  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.659709  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 368 aa  58.5  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  45.76 
 
 		 374 aa  57.8  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  45.76 
 
 		 374 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  45.76 
 
 		 374 aa  57.8  0.00000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  45.76 
 
 		 374 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  43.08 
 
 		 196 aa  57.8  0.00000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  45.76 
 
 		 374 aa  57.8  0.00000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  45.76 
 
 		 374 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3112  transcriptional regulator, XRE family  31.63 
 
 		 208 aa  57.4  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000156006  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  40.28 
 
 		 262 aa  57  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 262 aa  57  0.00000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 380 aa  56.6  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  44.07 
 
 		 374 aa  56.2  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  43.55 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  36.67 
 
 		 262 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  45.76 
 
 		 374 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 107 aa  56.6  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2840  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 142 aa  56.2  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0344  AbrB family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 73 aa  55.8  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  43.08 
 
 		 143 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  45.9 
 
 		 293 aa  55.8  0.0000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2097  transcriptional regulator, XRE family  36.49 
 
 		 361 aa  55.5  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.961796  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 277 aa  55.5  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  41.94 
 
 		 142 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 231 aa  55.1  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1410  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  38.81 
 
 		 369 aa  54.3  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  39.74 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0916  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 115 aa  54.3  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2146  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 206 aa  53.9  0.0000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0483341  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 135 aa  53.9  0.0000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11380  transcriptional regulator, AbrB family  54.17 
 
 		 69 aa  53.9  0.0000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 210 aa  53.9  0.0000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 321 aa  53.5  0.0000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  41.94 
 
 		 146 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1498  transcriptional regulator, AbrB family  53.33 
 
 		 90 aa  53.1  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.794693  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 181 aa  53.1  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1338  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 69 aa  52.4  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1616  AbrB family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 90 aa  52.8  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.345256  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  38.46 
 
 		 197 aa  52.8  0.000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  38.71 
 
 		 145 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1362  hypothetical protein  51.11 
 
 		 90 aa  52  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.787025  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  34.43 
 
 		 436 aa  52.8  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2785  helix-turn-helix domain-containing protein  38.71 
 
 		 189 aa  52.4  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4776  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 111 aa  52.4  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0811435  normal  0.544838 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2728  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 189 aa  52.4  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 181 aa  52.4  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 163 aa  52.8  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 370 aa  52.4  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2431  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 143 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 197 aa  52  0.000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1796  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 206 aa  51.6  0.000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1677  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 72 aa  52  0.000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 212 aa  51.6  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  41.67 
 
 		 144 aa  51.6  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1120  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 69 aa  51.2  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1478  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 72 aa  51.2  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2391  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 247 aa  51.2  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0099  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 178 aa  51.2  0.000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  40.98 
 
 		 296 aa  51.2  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1819  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 69 aa  51.2  0.000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.344657  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1715  XRE family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 152 aa  50.8  0.000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000119777  normal  0.864438 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>