More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_25910 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_25910  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  100 
 
 
144 aa  286  5.0000000000000004e-77  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  46.76 
 
 
142 aa  143  8.000000000000001e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0329  AbrB family transcriptional regulator  68.63 
 
 
86 aa  79.7  0.00000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.485621  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2181  AbrB family transcriptional regulator  75.51 
 
 
92 aa  77.8  0.00000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0824965  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0703  AbrB family transcriptional regulator  51.61 
 
 
74 aa  69.7  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.751889  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1655  transcriptional regulator, AbrB family  50 
 
 
79 aa  68.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.336851  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1868  transcriptional regulator, AbrB family  55.56 
 
 
75 aa  64.3  0.0000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000975401  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 
368 aa  62.8  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11380  transcriptional regulator, AbrB family  46.27 
 
 
69 aa  62.4  0.000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  40.85 
 
 
194 aa  61.6  0.000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0985  transcriptional regulator, AbrB family  50 
 
 
95 aa  61.6  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00370764  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  46.97 
 
 
205 aa  61.6  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  35.94 
 
 
374 aa  60.8  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  46.88 
 
 
380 aa  60.8  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  35.94 
 
 
374 aa  60.8  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  35.94 
 
 
374 aa  60.8  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  35.94 
 
 
374 aa  60.8  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 
277 aa  60.8  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2628  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 
364 aa  61.2  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0359208  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  44.78 
 
 
272 aa  60.8  0.000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  35.94 
 
 
374 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  35.94 
 
 
374 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1982  Cro/CI family transcriptional regulator  35.56 
 
 
359 aa  60.1  0.000000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 
374 aa  60.1  0.000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  45.83 
 
 
197 aa  60.1  0.00000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 
242 aa  58.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  34.38 
 
 
374 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2097  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 
361 aa  58.9  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.961796  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  39.73 
 
 
338 aa  58.2  0.00000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  32.81 
 
 
374 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  43.55 
 
 
328 aa  57  0.00000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2125  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 
66 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2740  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 
395 aa  57  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  43.42 
 
 
210 aa  57  0.00000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  37.1 
 
 
197 aa  56.6  0.0000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0277  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 
77 aa  56.2  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.189848  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0006  XRE family transcriptional regulator  39.47 
 
 
185 aa  56.6  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000100303  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 
268 aa  56.2  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  36.92 
 
 
369 aa  55.8  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  29.23 
 
 
380 aa  55.8  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 
273 aa  55.5  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  32.26 
 
 
146 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  45 
 
 
459 aa  55.1  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 
322 aa  55.1  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0006  transcriptional regulator  32.26 
 
 
186 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00549324  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  29.03 
 
 
142 aa  54.7  0.0000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2728  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 
189 aa  54.3  0.0000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2785  helix-turn-helix domain-containing protein  33.87 
 
 
189 aa  54.3  0.0000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1978  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 
183 aa  54.7  0.0000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 
327 aa  54.3  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0344  AbrB family transcriptional regulator  52.08 
 
 
73 aa  54.3  0.0000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  30.65 
 
 
358 aa  54.3  0.0000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  33.87 
 
 
145 aa  53.5  0.0000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 
364 aa  53.9  0.0000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 
334 aa  53.5  0.0000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1881  transcriptional regulator  40.98 
 
 
259 aa  53.5  0.0000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0431466  hitchhiker  0.00212922 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  40.32 
 
 
436 aa  52.8  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0320  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 
66 aa  53.1  0.000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0834258  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  34.85 
 
 
189 aa  53.5  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3360  DNA-binding protein  37.88 
 
 
67 aa  52.8  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.534769  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  38.46 
 
 
196 aa  52.8  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3344  DNA-binding protein  37.88 
 
 
66 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 
312 aa  52.8  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1445  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 
147 aa  53.1  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.275315  normal  0.432426 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 
185 aa  53.1  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0813  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
66 aa  52  0.000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.284678  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2391  transcriptional regulator, XRE family  51.02 
 
 
247 aa  52.4  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 
320 aa  52.4  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 
134 aa  52.4  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1053  DNA-binding protein  43.75 
 
 
348 aa  52.8  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1350  DNA-binding protein  39.29 
 
 
62 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0150  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 
197 aa  52  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.172339  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1886  DNA-binding protein  36.36 
 
 
67 aa  52  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3368  DNA-binding protein  36.36 
 
 
67 aa  51.6  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00271776  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  33.33 
 
 
149 aa  52  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  31.75 
 
 
262 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0692  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 
74 aa  51.2  0.000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.782082  normal  0.118291 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2218  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 
68 aa  51.6  0.000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  32.26 
 
 
262 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1159  transcriptional regulator  33.85 
 
 
80 aa  51.2  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3130  transcriptional regulator  36.36 
 
 
67 aa  51.2  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 
137 aa  51.2  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  38.1 
 
 
206 aa  51.2  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3066  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 
66 aa  51.2  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0121825  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1719  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 
65 aa  51.2  0.000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
107 aa  51.2  0.000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 
192 aa  51.2  0.000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3339  transcriptional regulator  40.68 
 
 
68 aa  50.8  0.000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00325115  hitchhiker  0.00415733 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0730  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
85 aa  50.8  0.000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000239544  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  32.26 
 
 
262 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1381  DNA-binding protein  34.92 
 
 
69 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1315  DNA-binding protein  34.92 
 
 
69 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1178  DNA-binding protein  34.92 
 
 
69 aa  50.8  0.000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.826744  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0246  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 
69 aa  50.4  0.000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1419  DNA-binding protein  34.92 
 
 
69 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1153  transcriptional regulator  34.92 
 
 
69 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18420  predicted transcriptional regulator  36.71 
 
 
149 aa  50.4  0.000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.189768  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4029  DNA-binding protein  34.92 
 
 
69 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.131881 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 
262 aa  50.8  0.000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1341  DNA-binding protein  34.92 
 
 
69 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.4555000000000005e-25 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>