239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1967 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
268 aa  546  1e-154  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3112  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
208 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000156006  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  44.09 
 
 
334 aa  84  0.000000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  39.02 
 
 
327 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  35.86 
 
 
328 aa  80.9  0.00000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  47.13 
 
 
364 aa  77  0.0000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 
273 aa  76.6  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  37.59 
 
 
262 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  43.9 
 
 
205 aa  75.5  0.0000000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  36.23 
 
 
262 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  36.84 
 
 
262 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 
262 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  50.79 
 
 
197 aa  73.6  0.000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  47.76 
 
 
145 aa  72.4  0.000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0006  transcriptional regulator  34.75 
 
 
186 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00549324  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  43.04 
 
 
322 aa  72.4  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2740  transcriptional regulator, XRE family  30.83 
 
 
395 aa  71.6  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  49.21 
 
 
146 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  46.97 
 
 
142 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1796  XRE family transcriptional regulator  34.12 
 
 
206 aa  69.7  0.00000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  46.15 
 
 
196 aa  68.2  0.0000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 
134 aa  68.2  0.0000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  46.97 
 
 
149 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2728  XRE family transcriptional regulator  50.75 
 
 
189 aa  67.4  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2785  helix-turn-helix domain-containing protein  50.75 
 
 
189 aa  67.4  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  51.72 
 
 
293 aa  67  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1102  transcriptional regulator, XRE family  31.29 
 
 
261 aa  67  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000209596  hitchhiker  0.000000000000029 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  55.56 
 
 
107 aa  66.2  0.0000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  46.97 
 
 
149 aa  66.2  0.0000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  45.45 
 
 
149 aa  65.1  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 
149 aa  65.5  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  45.45 
 
 
149 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  45.45 
 
 
149 aa  63.9  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 
185 aa  64.3  0.000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  45.45 
 
 
92 aa  63.9  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  28.7 
 
 
338 aa  63.9  0.000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  50.82 
 
 
296 aa  62.8  0.000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  41.56 
 
 
189 aa  62.4  0.000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  47.54 
 
 
459 aa  62.4  0.000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  32.26 
 
 
194 aa  62.4  0.000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  36.78 
 
 
380 aa  62  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  33.86 
 
 
192 aa  61.2  0.00000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 
137 aa  60.8  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0006  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 
185 aa  61.2  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000100303  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  42.42 
 
 
200 aa  60.5  0.00000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  45 
 
 
358 aa  60.1  0.00000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 
312 aa  60.1  0.00000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 
142 aa  60.1  0.00000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  42.47 
 
 
374 aa  59.3  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  45.45 
 
 
123 aa  59.3  0.00000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2391  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 
247 aa  59.3  0.00000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 
277 aa  58.9  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  33.96 
 
 
320 aa  58.9  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0150  transcriptional regulator, XRE family  50.79 
 
 
197 aa  58.5  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.172339  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  34.74 
 
 
380 aa  57.4  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  49.06 
 
 
362 aa  57  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2840  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 
176 aa  56.6  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  46.38 
 
 
115 aa  56.6  0.0000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  46.38 
 
 
115 aa  56.6  0.0000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A15  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 
204 aa  56.2  0.0000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.659709  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0099  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 
178 aa  55.8  0.0000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  42.11 
 
 
143 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1978  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 
183 aa  55.1  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 
135 aa  54.7  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 
115 aa  54.7  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  40.32 
 
 
369 aa  54.7  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 
244 aa  54.3  0.000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 
118 aa  53.9  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0275  XRE family transcriptional regulator  29.59 
 
 
276 aa  53.9  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.12088  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 
117 aa  53.9  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1982  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 
359 aa  52.8  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 
142 aa  53.1  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 
368 aa  52.4  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1445  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 
147 aa  52.4  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.275315  normal  0.432426 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2791  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 
139 aa  52.4  0.000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  40 
 
 
210 aa  52.4  0.000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2814  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 
128 aa  52.4  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  41.54 
 
 
192 aa  52  0.000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2451  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 
139 aa  52  0.000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000925763  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 
163 aa  52  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1565  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 
75 aa  52  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  33.33 
 
 
374 aa  51.6  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1576  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 
75 aa  52  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  33.33 
 
 
374 aa  51.6  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  33.33 
 
 
374 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  33.33 
 
 
374 aa  51.6  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  33.33 
 
 
374 aa  52  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1889  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 
203 aa  51.6  0.00001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1587  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 
75 aa  52  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  33.33 
 
 
374 aa  50.8  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1626  putative phage repressor  35.71 
 
 
244 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3722  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 
103 aa  50.8  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0676164  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4003  DNA-binding protein  45.1 
 
 
103 aa  50.8  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3588  DNA-binding protein  45.1 
 
 
103 aa  50.8  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 
321 aa  50.8  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0692  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 
74 aa  50.4  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.782082  normal  0.118291 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  44.23 
 
 
374 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0510  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 
114 aa  50.4  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000759518  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 
163 aa  50.4  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0075  DNA-binding protein  36.07 
 
 
73 aa  50.1  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>