157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0012 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 
189 aa  380  1e-105  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2728  XRE family transcriptional regulator  51.58 
 
 
189 aa  203  1e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2785  helix-turn-helix domain-containing protein  51.58 
 
 
189 aa  203  1e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  41.61 
 
 
197 aa  134  7.000000000000001e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0006  transcriptional regulator  40.64 
 
 
186 aa  131  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00549324  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  34.12 
 
 
194 aa  101  8e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  33.33 
 
 
196 aa  100  2e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0150  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
197 aa  87  1e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.172339  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  41.77 
 
 
145 aa  75.5  0.0000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  47.69 
 
 
142 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  49.21 
 
 
134 aa  74.3  0.000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  49.21 
 
 
146 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  32.06 
 
 
143 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  31.78 
 
 
328 aa  70.1  0.00000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 
364 aa  67.8  0.00000000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  44.93 
 
 
322 aa  67.4  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1796  XRE family transcriptional regulator  40.26 
 
 
206 aa  66.2  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 
320 aa  64.7  0.0000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  34.01 
 
 
149 aa  64.3  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 
334 aa  63.2  0.000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1102  transcriptional regulator, XRE family  38.36 
 
 
261 aa  62.8  0.000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000209596  hitchhiker  0.000000000000029 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  47.69 
 
 
268 aa  62  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  29.66 
 
 
149 aa  61.6  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  31.78 
 
 
262 aa  62  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  33.33 
 
 
149 aa  61.6  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  33.06 
 
 
262 aa  61.6  0.000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  38.1 
 
 
149 aa  61.2  0.000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 
327 aa  61.2  0.000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  38.1 
 
 
149 aa  60.8  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 
380 aa  60.8  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
149 aa  60.8  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  40.91 
 
 
362 aa  60.8  0.00000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2740  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 
395 aa  60.5  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  39.06 
 
 
262 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0099  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 
178 aa  60.5  0.00000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 
273 aa  59.7  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 
262 aa  60.1  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  38.81 
 
 
459 aa  60.1  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  35.87 
 
 
92 aa  59.3  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 
205 aa  59.3  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1978  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 
183 aa  58.9  0.00000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  34.21 
 
 
338 aa  58.9  0.00000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  35.14 
 
 
358 aa  58.5  0.00000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 
312 aa  58.5  0.00000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  33.96 
 
 
192 aa  58.5  0.00000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3112  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 
208 aa  58.2  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000156006  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 
135 aa  57.4  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  35.38 
 
 
200 aa  57  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 
185 aa  56.6  0.0000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2391  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 
247 aa  56.2  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A15  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 
204 aa  56.2  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.659709  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  43.1 
 
 
293 aa  55.8  0.0000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0067  hypothetical protein  37.29 
 
 
240 aa  55.1  0.0000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 
115 aa  55.1  0.0000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 
107 aa  54.7  0.0000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  44.64 
 
 
114 aa  54.3  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  44.64 
 
 
114 aa  54.3  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1982  Cro/CI family transcriptional regulator  46.15 
 
 
359 aa  53.5  0.000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  38.98 
 
 
296 aa  53.1  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2840  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 
176 aa  53.5  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 
118 aa  52.8  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  31.33 
 
 
210 aa  53.1  0.000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 
374 aa  52  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 
137 aa  51.6  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  35.48 
 
 
197 aa  51.2  0.000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
380 aa  51.2  0.000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 
244 aa  50.8  0.00001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  33.01 
 
 
113 aa  50.4  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1213  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 
394 aa  49.7  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00829806  decreased coverage  0.0000499416 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  33.8 
 
 
245 aa  50.1  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  32.89 
 
 
374 aa  49.3  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1460  molybdate metabolism transcriptional regulator  40.68 
 
 
368 aa  49.7  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  32.89 
 
 
374 aa  49.3  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  32.89 
 
 
374 aa  49.3  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0152  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 
93 aa  48.9  0.00004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 
142 aa  49.3  0.00004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 
277 aa  48.9  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1881  transcriptional regulator  28.79 
 
 
259 aa  48.5  0.00005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0431466  hitchhiker  0.00212922 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25910  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  34.85 
 
 
144 aa  48.5  0.00006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  34.85 
 
 
374 aa  48.5  0.00006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  35.48 
 
 
374 aa  48.1  0.00007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1889  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 
203 aa  47.8  0.00009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  35.48 
 
 
374 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  35.48 
 
 
374 aa  47.8  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4414  immunity repressor protein  36.51 
 
 
139 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  35.85 
 
 
355 aa  47.8  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  37.1 
 
 
374 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0686  DNA-binding protein  34.43 
 
 
72 aa  46.6  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000669096  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 
235 aa  46.6  0.0002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 
229 aa  47  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 
368 aa  46.6  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
242 aa  46.6  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  39.29 
 
 
123 aa  47  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  45.45 
 
 
272 aa  45.8  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2912  XRE family transcriptional regulator  27.43 
 
 
200 aa  46.2  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0600  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 
72 aa  46.2  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0813  DNA-binding protein  34.43 
 
 
72 aa  45.8  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.371509  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4619  DNA-binding protein  32.79 
 
 
72 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.985933  normal  0.0107743 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0741  DNA-binding protein  34.43 
 
 
72 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000153081 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  40.68 
 
 
205 aa  45.8  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>