192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2111 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 380 aa  781    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  42.05 
 
 		 374 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  42.05 
 
 		 374 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  42.05 
 
 		 374 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 374 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  41.48 
 
 		 374 aa  280  2e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  41.48 
 
 		 374 aa  280  3e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  41.76 
 
 		 374 aa  280  3e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  41.6 
 
 		 374 aa  272  9e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  37.27 
 
 		 368 aa  261  2e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 374 aa  244  1.9999999999999999e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  48.13 
 
 		 242 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  33.15 
 
 		 369 aa  194  2e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1172  transcriptional regulator, XRE family  30.04 
 
 		 372 aa  125  1e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.38155 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 358 aa  117  3e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1982  Cro/CI family transcriptional regulator  21.68 
 
 		 359 aa  99  1e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2628  transcriptional regulator, XRE family  32.21 
 
 		 364 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0359208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  65 
 
 		 370 aa  83.2  0.000000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2097  transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 		 361 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.961796  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  53.03 
 
 		 277 aa  75.5  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1053  DNA-binding protein  28.69 
 
 		 348 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  36.36 
 
 		 114 aa  64.3  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  36.36 
 
 		 114 aa  64.3  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  37.08 
 
 		 235 aa  61.2  0.00000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2451  transcriptional regulator, XRE family  44.12 
 
 		 139 aa  60.1  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000925763  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  31.85 
 
 		 149 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 163 aa  58.2  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3833  prophage LambdaBa02, repressor protein  32.94 
 
 		 114 aa  57.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4130  prophage lambdaba02, repressor protein  32.94 
 
 		 114 aa  57.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.05101  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  43.75 
 
 		 143 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  28.87 
 
 		 149 aa  57  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  31.11 
 
 		 149 aa  57  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 142 aa  56.6  0.0000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  31.03 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 364 aa  56.2  0.0000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  30 
 
 		 149 aa  56.2  0.0000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  44.64 
 
 		 436 aa  55.5  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  30.71 
 
 		 149 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  31.87 
 
 		 113 aa  55.8  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1796  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 206 aa  55.5  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  44.93 
 
 		 321 aa  55.8  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 149 aa  55.8  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  33.72 
 
 		 262 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2840  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 176 aa  55.1  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 327 aa  55.5  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  39.06 
 
 		 459 aa  55.5  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1926  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 170 aa  55.5  0.000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  40.32 
 
 		 194 aa  54.7  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 268 aa  54.7  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  35.53 
 
 		 92 aa  54.3  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  36.62 
 
 		 146 aa  54.7  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 262 aa  54.3  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  32.99 
 
 		 210 aa  54.7  0.000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0517  DNA-binding protein  47.27 
 
 		 67 aa  53.9  0.000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00223122 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 115 aa  53.9  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0006  transcriptional regulator  30.34 
 
 		 186 aa  53.5  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00549324  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  30 
 
 		 338 aa  53.5  0.000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 273 aa  53.5  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  32.39 
 
 		 142 aa  53.1  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1286  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 197 aa  53.1  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0709374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  37.33 
 
 		 145 aa  53.1  0.000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 328 aa  52.8  0.000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 197 aa  52.4  0.00001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 135 aa  52.8  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 322 aa  52.8  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0054  prophage repressor protein  30.59 
 
 		 114 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.515617  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  36.11 
 
 		 262 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  35.8 
 
 		 110 aa  52.4  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 380 aa  52.4  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 205 aa  52.4  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  36.11 
 
 		 262 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 163 aa  52  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1627  transcriptional regulator, XRE family  30.19 
 
 		 133 aa  51.6  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0696983 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  30.43 
 
 		 197 aa  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1102  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 261 aa  51.6  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000209596  hitchhiker  0.000000000000029 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 189 aa  51.2  0.00003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 320 aa  51.2  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 334 aa  51.6  0.00003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 231 aa  51.2  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3317  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 281 aa  50.4  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000786405  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2790  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 133 aa  50.4  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000203467  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 312 aa  50.4  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4032  prophage LambdaBa02, repressor protein  29.41 
 
 		 114 aa  50.4  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00194689  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0064  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 266 aa  50.4  0.00005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0150  transcriptional regulator, XRE family  32.18 
 
 		 197 aa  50.1  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.172339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2740  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 395 aa  50.1  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 185 aa  50.1  0.00007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 362 aa  49.7  0.00008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 137 aa  49.7  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  40 
 
 		 301 aa  49.7  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1978  XRE family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 183 aa  49.7  0.00009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25910  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  36.36 
 
 		 144 aa  49.7  0.00009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0031  transcriptional regulator, MerR family  32 
 
 		 211 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  1.60803e-35  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 134 aa  48.9  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  31.71 
 
 		 123 aa  48.9  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  30 
 
 		 206 aa  49.3  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0051  putative transcriptional regulator  29.73 
 
 		 138 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0275  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 276 aa  49.3  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.12088  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0308  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 144 aa  48.5  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1998  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 131 aa  48.5  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>