115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1053 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1053  DNA-binding protein  100 
 
 		 348 aa  703    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2097  transcriptional regulator, XRE family  23.92 
 
 		 361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.961796  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2628  transcriptional regulator, XRE family  27.86 
 
 		 364 aa  110  5e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0359208  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  26.98 
 
 		 374 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  26.42 
 
 		 374 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  26.42 
 
 		 374 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  27.91 
 
 		 374 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  26.17 
 
 		 374 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  27.78 
 
 		 374 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  27.1 
 
 		 374 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  26.89 
 
 		 374 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 380 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 374 aa  73.6  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  24.15 
 
 		 368 aa  73.6  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 242 aa  72  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1626  putative phage repressor  45.45 
 
 		 244 aa  70.1  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  24.19 
 
 		 369 aa  68.6  0.0000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 163 aa  62  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1286  transcriptional regulator, XRE family  31.19 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0709374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1789  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 198 aa  57  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000770501  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1172  transcriptional regulator, XRE family  20.43 
 
 		 372 aa  55.8  0.0000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.38155 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  29.66 
 
 		 142 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 115 aa  55.1  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 370 aa  54.7  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2912  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 200 aa  54.3  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 380 aa  53.1  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  46.03 
 
 		 205 aa  52.8  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 192 aa  52  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0064  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 266 aa  51.6  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 118 aa  51.6  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  42.03 
 
 		 200 aa  51.2  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  45 
 
 		 296 aa  50.1  0.00005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  28.81 
 
 		 146 aa  50.1  0.00006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18420  predicted transcriptional regulator  34.18 
 
 		 149 aa  49.7  0.00007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.189768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  38.03 
 
 		 145 aa  49.7  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  41.79 
 
 		 209 aa  49.7  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1849  hypothetical protein  34.15 
 
 		 102 aa  49.3  0.00009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  29.76 
 
 		 113 aa  49.3  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1982  Cro/CI family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 359 aa  49.3  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 358 aa  48.9  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  41.94 
 
 		 210 aa  48.9  0.0001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0730  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 85 aa  48.9  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000239544  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0733  putative transcriptional regulator  26.81 
 
 		 161 aa  48.5  0.0001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  41.67 
 
 		 459 aa  48.9  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  33.33 
 
 		 114 aa  48.5  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  33.33 
 
 		 114 aa  48.5  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  43.33 
 
 		 240 aa  48.1  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  43.33 
 
 		 240 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4414  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 99 aa  48.5  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.514306 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2451  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 139 aa  48.1  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000925763  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0308  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 144 aa  48.1  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1998  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 131 aa  48.5  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 107 aa  47.4  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0099  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 178 aa  47.8  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0275  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 276 aa  47.8  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.12088  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 137 aa  47.4  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  34.25 
 
 		 149 aa  47.4  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  35.14 
 
 		 272 aa  47  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 134 aa  47  0.0004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2086  helix-turn-helix domain protein  42.11 
 
 		 327 aa  47  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0272363  normal  0.126806 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2893  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 70 aa  46.6  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0147391  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  32.88 
 
 		 92 aa  46.2  0.0008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  46.3 
 
 		 197 aa  46.2  0.0008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  32.88 
 
 		 149 aa  45.4  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  34.33 
 
 		 95 aa  46.2  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  34.25 
 
 		 149 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4136  transcriptional regulator, XRE family  31.51 
 
 		 259 aa  45.4  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  44.64 
 
 		 347 aa  45.8  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  31.52 
 
 		 229 aa  44.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0921  XRE family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 132 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000830973  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 185 aa  45.4  0.002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 135 aa  45.1  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 149 aa  45.1  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  32.81 
 
 		 110 aa  44.7  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  32.88 
 
 		 149 aa  45.4  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  32.88 
 
 		 149 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  40.32 
 
 		 328 aa  44.7  0.002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  27.35 
 
 		 118 aa  44.7  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  32.88 
 
 		 143 aa  44.3  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4734  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 82 aa  44.3  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.138063  normal  0.154831 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3947  transcriptional regulator, XRE family  48.98 
 
 		 85 aa  44.3  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  33.33 
 
 		 338 aa  44.3  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0731  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 70 aa  43.9  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.228536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5021  XRE family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 147 aa  43.9  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.621734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 188 aa  43.9  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0677  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 70 aa  43.9  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5705  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 139 aa  43.9  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.712971 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  36.67 
 
 		 348 aa  43.9  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2822  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 80 aa  43.9  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.161107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25910  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  30.7 
 
 		 144 aa  43.9  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5917  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.87 
 
 		 113 aa  43.5  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.19317  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  33.87 
 
 		 115 aa  43.9  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000416248  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  41.51 
 
 		 227 aa  43.5  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2054  hypothetical protein  35 
 
 		 255 aa  43.9  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.000229491  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  33.33 
 
 		 194 aa  43.5  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 197 aa  43.1  0.007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 229 aa  43.1  0.007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2391  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 247 aa  43.1  0.007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>