49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cyan7425_4414 on replicon NC_011884
Organism: Cyanothece sp. PCC 7425



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011884  Cyan7425_4414  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
99 aa  205  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.514306 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3774  transcriptional regulator, XRE family  58.75 
 
 
94 aa  99.8  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0502189  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1799  transcriptional regulator, XRE family  56.25 
 
 
103 aa  90.1  9e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3627  transcriptional regulator, XRE family  55.38 
 
 
87 aa  80.9  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4734  XRE family transcriptional regulator  52.24 
 
 
82 aa  77  0.00000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.138063  normal  0.154831 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3770  transcriptional regulator, XRE family  52.73 
 
 
81 aa  63.9  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4293  transcriptional regulator, XRE family  36.59 
 
 
239 aa  57.8  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3947  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 
85 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2500  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 
69 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000069797  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_264  hypothetical protein  46.15 
 
 
76 aa  53.1  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0746  transcriptional regulator, XRE family  41.3 
 
 
64 aa  48.5  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.376996  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1053  DNA-binding protein  40.74 
 
 
348 aa  48.5  0.00003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3108  N-6 DNA methylase  45.1 
 
 
610 aa  48.1  0.00004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5367  transcriptional regulator, XRE family  47.73 
 
 
119 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.216549 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2054  hypothetical protein  41.18 
 
 
255 aa  47  0.00008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.000229491  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 
114 aa  46.6  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3387  DNA-cytosine methyltransferase  35.09 
 
 
417 aa  46.2  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28418  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0161  putative transcriptional regulator  47.62 
 
 
96 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7348  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 
120 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159778  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1065  XRE family transcriptional regulator  43.18 
 
 
167 aa  45.4  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.492346  normal  0.845779 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  31.33 
 
 
179 aa  44.7  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3756  putative transcriptional regulator  45.24 
 
 
96 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03405  predicted transcriptional regulator  45.24 
 
 
96 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4931  putative transcriptional regulator  45.24 
 
 
96 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.724146 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3876  putative transcriptional regulator  45.24 
 
 
96 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4051  putative transcriptional regulator  45.24 
 
 
96 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03356  hypothetical protein  45.24 
 
 
96 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0638  XRE family transcriptional regulator  39.58 
 
 
74 aa  43.9  0.0007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000543981  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0576  XRE family transcriptional regulator  39.58 
 
 
74 aa  43.9  0.0007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016932  normal  0.922143 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0157  transcriptional regulator, XRE family  45.24 
 
 
96 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3928  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 
96 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.934007  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4032  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 
96 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.991557  normal  0.577181 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3863  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 
96 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3844  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 
96 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3972  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 
96 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.881771  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3971  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 
96 aa  43.5  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  32.69 
 
 
110 aa  42.4  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2461  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 
79 aa  42.4  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000100603  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 
474 aa  42  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  33.9 
 
 
376 aa  42  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8552  putative transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 
153 aa  42  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0432705  hitchhiker  0.000227833 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7229  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 
470 aa  42  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0952  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 
185 aa  41.6  0.004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0264927 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0387  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
73 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000537599 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  38.6 
 
 
359 aa  41.2  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3684  hypothetical protein  40.54 
 
 
98 aa  40.4  0.008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.564903 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1531  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
189 aa  40.4  0.008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000256618  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  35.85 
 
 
118 aa  40.4  0.009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0037  helix-turn-helix domain-containing protein  36.21 
 
 
161 aa  40  0.01  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>