205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1010 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 370 aa  769    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0427  hypothetical protein  33.11 
 
 		 302 aa  149  8e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2239  hypothetical protein  27.43 
 
 		 293 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00467151  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1993  hypothetical protein  28.12 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0193266  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1975  hypothetical protein  29.31 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2184  hypothetical protein  28.28 
 
 		 293 aa  139  6e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2199  hypothetical protein  30.22 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000500131 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2024  hypothetical protein  31.25 
 
 		 292 aa  137  4e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.211768  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2178  hypothetical protein  31.25 
 
 		 292 aa  137  4e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2012  methyltransferase type 12  31.96 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0990636  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2320  hypothetical protein  31.87 
 
 		 246 aa  99  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000869147  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  65 
 
 		 380 aa  83.2  0.000000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  54.17 
 
 		 374 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  58.33 
 
 		 374 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  58.33 
 
 		 374 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  58.33 
 
 		 374 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  58.33 
 
 		 374 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  52.78 
 
 		 374 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  27.93 
 
 		 277 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  58.33 
 
 		 374 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  56.67 
 
 		 374 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 242 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  55.36 
 
 		 368 aa  73.2  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 374 aa  72  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 163 aa  64.7  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  47.76 
 
 		 369 aa  64.3  0.000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  50.82 
 
 		 235 aa  60.5  0.00000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 273 aa  60.5  0.00000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1172  transcriptional regulator, XRE family  52.94 
 
 		 372 aa  59.3  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.38155 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  41.46 
 
 		 364 aa  58.5  0.0000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2097  transcriptional regulator, XRE family  47.69 
 
 		 361 aa  57.8  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.961796  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 231 aa  57.8  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  42.31 
 
 		 328 aa  57  0.0000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1234  Methyltransferase type 12  25.41 
 
 		 269 aa  56.2  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.186171 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 327 aa  56.2  0.0000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  30.09 
 
 		 321 aa  55.1  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1053  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 348 aa  54.7  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1286  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 197 aa  55.1  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0709374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2791  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 139 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2628  transcriptional regulator, XRE family  49.12 
 
 		 364 aa  53.9  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0359208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  46.43 
 
 		 436 aa  53.5  0.000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  42.11 
 
 		 459 aa  53.1  0.000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0275  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 276 aa  53.1  0.000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.12088  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 197 aa  53.1  0.000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  40.35 
 
 		 146 aa  52.8  0.000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  44.64 
 
 		 194 aa  52.8  0.000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 163 aa  52.4  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  45.61 
 
 		 262 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1085  methyltransferase type 12  20.1 
 
 		 235 aa  52.4  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  38.36 
 
 		 142 aa  52.8  0.00001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 		 322 aa  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  45.61 
 
 		 262 aa  52  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1982  Cro/CI family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 359 aa  51.6  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 358 aa  51.6  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  31.63 
 
 		 114 aa  51.6  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  31.63 
 
 		 114 aa  51.6  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3112  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 208 aa  51.2  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000156006  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  38.36 
 
 		 210 aa  52  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18420  predicted transcriptional regulator  46.43 
 
 		 149 aa  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.189768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  45.61 
 
 		 262 aa  52  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0543  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 71 aa  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 262 aa  51.6  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1190  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  31.13 
 
 		 241 aa  51.2  0.00003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2840  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 176 aa  51.2  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  31 
 
 		 142 aa  50.4  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 380 aa  50.4  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1926  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 170 aa  49.7  0.00008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10857  hypothetical protein  20.96 
 
 		 270 aa  49.7  0.00008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.530808  hitchhiker  0.000000211273 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 115 aa  49.3  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 334 aa  49.7  0.00009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3164  helix-turn-helix domain-containing protein  35.29 
 
 		 83 aa  49.7  0.00009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0375363 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 185 aa  49.7  0.00009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 113 aa  49.7  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1991  Cro/CI family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 204 aa  48.9  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 145 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  42.11 
 
 		 143 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 134 aa  49.3  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0916  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 115 aa  49.3  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0737  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 65 aa  49.3  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3317  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 281 aa  49.3  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000786405  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  30.39 
 
 		 301 aa  48.9  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2300  transcriptional regulator, XRE family  29.09 
 
 		 135 aa  48.9  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0137231  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 142 aa  48.9  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  35.09 
 
 		 142 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  32 
 
 		 200 aa  48.5  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  30.48 
 
 		 145 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1789  transcriptional regulator, XRE family  26.28 
 
 		 198 aa  48.5  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000770501  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20950  putative prophage repressor  38.46 
 
 		 200 aa  48.1  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000578065  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1267  MCP methyltransferase, CheR-type  25 
 
 		 274 aa  48.1  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1978  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 183 aa  48.5  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00659  2-polyprenyl-3-methyl-5-hydroxy-6-metoxy-1,4- benzoquinol methylase  27.81 
 
 		 250 aa  48.5  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0517  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 67 aa  48.1  0.0002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00223122 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3133  methyltransferase  24.58 
 
 		 163 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.345867  normal  0.0221369 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 205 aa  48.5  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2173  Methyltransferase type 11  28.87 
 
 		 252 aa  48.5  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 268 aa  48.9  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3753  methyltransferase type 12  24.22 
 
 		 242 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.263917 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3095  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 152 aa  47.8  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 137 aa  47.8  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5184  XRE family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 1330 aa  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.219176  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>