226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2300 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2300  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 135 aa  262  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0137231  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1998  transcriptional regulator, XRE family  48.74 
 
 		 131 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0308  transcriptional regulator, XRE family  48.74 
 
 		 144 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  47.06 
 
 		 128 aa  102  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1922  transcriptional regulator, XRE family  46.22 
 
 		 128 aa  99.8  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.243972  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6630  XRE family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 140 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.235763  hitchhiker  0.00158501 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  44.78 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  46.27 
 
 		 135 aa  57  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  46.03 
 
 		 135 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  40.85 
 
 		 134 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  48.39 
 
 		 121 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 143 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 118 aa  52  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  26.97 
 
 		 113 aa  52.8  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  45.76 
 
 		 200 aa  52.8  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0309  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.793931  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  44.78 
 
 		 135 aa  52  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0316  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  44.78 
 
 		 142 aa  52  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  40.58 
 
 		 135 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  44.78 
 
 		 142 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 112 aa  50.8  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 		 213 aa  50.1  0.000009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 215 aa  49.7  0.00001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0677  XRE family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 276 aa  50.1  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.244102  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 133 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  41.94 
 
 		 135 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  43.48 
 
 		 138 aa  48.9  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0801  XRE family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 111 aa  49.3  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000260527  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4093  transcriptional regulator, XRE family  35.9 
 
 		 121 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 370 aa  48.9  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 142 aa  48.9  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  40.32 
 
 		 145 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  28.44 
 
 		 163 aa  48.5  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 162 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0734  transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 		 139 aa  48.9  0.00003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 149 aa  48.1  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4492  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 135 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 244 aa  48.1  0.00004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 146 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 		 321 aa  47.8  0.00005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 135 aa  47.4  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  33.85 
 
 		 69 aa  47.4  0.00006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1715  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 152 aa  47.4  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000119777  normal  0.864438 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  36.92 
 
 		 137 aa  47.4  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0632  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 71 aa  47.4  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000285782  unclonable  0.0000000000746668 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 105 aa  47  0.00008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0599  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 73 aa  47  0.00008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2097  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 361 aa  47  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.961796  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0623  transcriptional regulator, putative  32.84 
 
 		 302 aa  46.6  0.0001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0864444  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0301  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 167 aa  46.2  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6073  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 148 aa  46.2  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6134  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 139 aa  46.2  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.577442 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 163 aa  46.6  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  27.36 
 
 		 201 aa  46.2  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  30.94 
 
 		 309 aa  46.2  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 120 aa  46.2  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 140 aa  46.2  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2278  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 136 aa  45.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.504941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 120 aa  46.2  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2791  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 139 aa  45.4  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 194 aa  46.2  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 120 aa  46.2  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0207  transcriptional regulator, XRE family  31.96 
 
 		 106 aa  45.4  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000425004  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6062  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 138 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4413  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.465238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  38.71 
 
 		 146 aa  45.4  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0255  transcriptional regulator, putative  32.84 
 
 		 308 aa  45.4  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 149 aa  45.4  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  38.89 
 
 		 182 aa  45.4  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1649  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 108 aa  45.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000457933  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2431  transcriptional regulator, XRE family  23.93 
 
 		 125 aa  44.7  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000620136 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3829  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 201 aa  44.7  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.440396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 175 aa  44.7  0.0004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 140 aa  44.7  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3404  cupin 2 domain-containing protein  36.49 
 
 		 215 aa  44.7  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2606  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 129 aa  44.7  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.327119  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3618  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 123 aa  44.3  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  32.43 
 
 		 490 aa  44.7  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 188 aa  44.3  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1529  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 139 aa  44.3  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.17746 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0551  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 210 aa  44.3  0.0005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.401249  hitchhiker  0.0000933135 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 115 aa  44.7  0.0005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 115 aa  44.7  0.0005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  31.91 
 
 		 174 aa  44.3  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3208  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 141 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  31.15 
 
 		 142 aa  44.3  0.0006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 171 aa  44.3  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.43 
 
 		 481 aa  44.3  0.0006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 135 aa  44.3  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7198  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 134 aa  44.3  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0637638 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4158  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 403 aa  43.9  0.0007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0178123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 123 aa  43.9  0.0007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1330  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 404 aa  43.9  0.0007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 138 aa  43.9  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  30.21 
 
 		 197 aa  43.9  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 139 aa  43.9  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>