214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0514 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  100 
 
 
328 aa  661    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  39.64 
 
 
322 aa  231  1e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  35.5 
 
 
327 aa  200  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  34.06 
 
 
364 aa  188  1e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  28.25 
 
 
334 aa  96.7  5e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  30.66 
 
 
262 aa  95.9  9e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  31.14 
 
 
262 aa  94  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  29.56 
 
 
262 aa  92.4  9e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  29.56 
 
 
262 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0230  hypothetical protein  28.63 
 
 
261 aa  90.1  4e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00373466  hitchhiker  9.5849e-23 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  53.03 
 
 
273 aa  79.7  0.00000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  55.38 
 
 
268 aa  78.2  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  50.72 
 
 
459 aa  76.6  0.0000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 
149 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  35.59 
 
 
149 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 
380 aa  71.2  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  34.75 
 
 
149 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  31.78 
 
 
189 aa  70.5  0.00000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2391  transcriptional regulator, XRE family  56.36 
 
 
247 aa  70.1  0.00000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  33.9 
 
 
149 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  35.59 
 
 
149 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  34.75 
 
 
149 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  34.15 
 
 
197 aa  69.3  0.00000000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3112  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 
208 aa  69.3  0.00000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000156006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  43.66 
 
 
92 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  48.39 
 
 
142 aa  67  0.0000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  42.86 
 
 
142 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  24.51 
 
 
362 aa  66.6  0.0000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0006  transcriptional regulator  37.66 
 
 
186 aa  65.9  0.0000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00549324  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  46.03 
 
 
146 aa  65.9  0.0000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  39.51 
 
 
143 aa  65.9  0.0000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1922  hypothetical protein  23.29 
 
 
322 aa  65.5  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2728  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 
189 aa  65.5  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2785  helix-turn-helix domain-containing protein  45.45 
 
 
189 aa  65.5  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  40 
 
 
196 aa  65.5  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  51.67 
 
 
277 aa  64.7  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 
137 aa  64.3  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24900  hypothetical protein  23.95 
 
 
342 aa  63.2  0.000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.165017  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 
134 aa  61.6  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 
192 aa  61.6  0.00000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2840  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 
176 aa  61.6  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 
135 aa  61.6  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 
185 aa  62  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1796  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 
206 aa  61.2  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2740  transcriptional regulator, XRE family  31.45 
 
 
395 aa  61.6  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0275  XRE family transcriptional regulator  32.52 
 
 
276 aa  61.2  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.12088  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  43.28 
 
 
145 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  42.47 
 
 
205 aa  60.1  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  48.33 
 
 
197 aa  60.1  0.00000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  29.35 
 
 
312 aa  60.1  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  43.94 
 
 
194 aa  59.3  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  35.11 
 
 
210 aa  58.9  0.0000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1102  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 
261 aa  58.9  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000209596  hitchhiker  0.000000000000029 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 
163 aa  58.5  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 
320 aa  58.2  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  43.28 
 
 
200 aa  57  0.0000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 
370 aa  56.6  0.0000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  47.37 
 
 
293 aa  56.6  0.0000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
374 aa  56.2  0.0000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 
107 aa  56.2  0.0000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  36.36 
 
 
338 aa  56.2  0.0000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1978  XRE family transcriptional regulator  36.46 
 
 
183 aa  55.8  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  44.26 
 
 
374 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 
242 aa  54.7  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 
115 aa  55.1  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2790  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 
133 aa  55.1  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000203467  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  45.9 
 
 
374 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  44.26 
 
 
374 aa  54.3  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  44.26 
 
 
374 aa  54.3  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  44.26 
 
 
374 aa  54.3  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  50.88 
 
 
436 aa  54.3  0.000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  49.06 
 
 
296 aa  54.3  0.000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  42.62 
 
 
374 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  42.62 
 
 
374 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  42.62 
 
 
374 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A15  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 
204 aa  53.9  0.000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.659709  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
380 aa  52.8  0.000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0501  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 
68 aa  52.8  0.000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60564  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1889  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 
203 aa  52.8  0.000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  39.34 
 
 
358 aa  52.4  0.00001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18420  predicted transcriptional regulator  39.68 
 
 
149 aa  52  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.189768  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
210 aa  52  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1982  Cro/CI family transcriptional regulator  37.7 
 
 
359 aa  51.2  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1286  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 
197 aa  51.2  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0709374  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6868  transcriptional regulator, XRE family  34.74 
 
 
250 aa  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.815043  normal  0.198687 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0150  transcriptional regulator, XRE family  42.47 
 
 
197 aa  51.6  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.172339  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11150  putative transcriptional regulator  38.71 
 
 
68 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00242881  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0958  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 
133 aa  50.8  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  31.71 
 
 
95 aa  50.8  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25910  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  48.89 
 
 
144 aa  50.8  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 
118 aa  50.8  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  35.85 
 
 
235 aa  51.2  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2965  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
224 aa  50.4  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.598952  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0510  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 
114 aa  50.4  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000759518  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1881  transcriptional regulator  27.78 
 
 
259 aa  50.1  0.00005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0431466  hitchhiker  0.00212922 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00940  transcriptional regulator  33.78 
 
 
240 aa  49.7  0.00006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.255625  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 
368 aa  49.7  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 
244 aa  49.7  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2912  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
200 aa  49.3  0.00008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0134  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 
104 aa  49.7  0.00008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>