More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0398 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 244 aa  492  9.999999999999999e-139  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  30 
 
 		 206 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 206 aa  71.2  0.00000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  43.08 
 
 		 196 aa  62  0.000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 187 aa  61.6  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 197 aa  60.8  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 118 aa  60.1  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2265  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 433 aa  59.7  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.796244  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 187 aa  59.3  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1255  transcriptional regulator, XRE family  27.27 
 
 		 242 aa  59.3  0.00000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0691404  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  36.9 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 199 aa  59.3  0.00000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 199 aa  59.3  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  38.98 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 432 aa  58.5  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 198 aa  57.8  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0418  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  48.39 
 
 		 113 aa  57.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00527482  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  37.88 
 
 		 175 aa  57  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0432  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  48.39 
 
 		 113 aa  57.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000371645  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2087  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 195 aa  57  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 196 aa  56.6  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  33.75 
 
 		 322 aa  57  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 262 aa  57  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3112  transcriptional regulator, XRE family  36.47 
 
 		 208 aa  57  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000156006  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 273 aa  56.6  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1889  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 203 aa  57  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  35.42 
 
 		 262 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  31.43 
 
 		 199 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.43 
 
 		 199 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  38.71 
 
 		 342 aa  55.5  0.0000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2593  transcriptional regulator  35.94 
 
 		 116 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 188 aa  55.1  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 262 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 262 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 327 aa  54.7  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 268 aa  54.3  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3344  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 125 aa  54.3  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 128 aa  54.3  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 364 aa  54.3  0.000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 181 aa  53.5  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  28.05 
 
 		 134 aa  53.9  0.000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  35.59 
 
 		 146 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 77 aa  53.5  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 181 aa  53.5  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2785  helix-turn-helix domain-containing protein  45 
 
 		 189 aa  53.1  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2728  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 189 aa  53.1  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 142 aa  53.1  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  36.92 
 
 		 197 aa  53.1  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 188 aa  53.1  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 188 aa  53.1  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 114 aa  53.1  0.000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A15  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 204 aa  53.1  0.000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.659709  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1796  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 206 aa  53.1  0.000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  37.29 
 
 		 142 aa  52.8  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0998  transcriptional regulator, putative  25.1 
 
 		 243 aa  52.8  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000689636  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  36.67 
 
 		 145 aa  52.8  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  34.38 
 
 		 188 aa  52.8  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 117 aa  52.8  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0630  helix-turn-helix domain protein  46.03 
 
 		 139 aa  52.4  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 204 aa  52.4  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2256  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 117 aa  52  0.000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  34.85 
 
 		 210 aa  52  0.000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  36.92 
 
 		 182 aa  52  0.000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1922  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 128 aa  51.2  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.243972  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 182 aa  52  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0006  transcriptional regulator  38.98 
 
 		 186 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00549324  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1573  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 63 aa  51.6  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 176 aa  51.6  0.00001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  34.78 
 
 		 179 aa  52  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  34.78 
 
 		 179 aa  52  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0099  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 178 aa  51.6  0.00001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 229 aa  51.6  0.00001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 189 aa  50.8  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  37.1 
 
 		 178 aa  51.2  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0801  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 111 aa  50.8  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000260527  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 231 aa  50.4  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 182 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0916  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 115 aa  50.4  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  30.95 
 
 		 188 aa  50.4  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0626  transcriptional regulator, putative  38.96 
 
 		 303 aa  50.1  0.00003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0882771  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 197 aa  50.4  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2436  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 104 aa  50.1  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 110 aa  50.1  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  33.85 
 
 		 328 aa  49.7  0.00004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0251  Cro/CI family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 72 aa  49.7  0.00004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  42.11 
 
 		 114 aa  49.7  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  42.11 
 
 		 114 aa  49.7  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 196 aa  49.7  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 210 aa  49.7  0.00004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1715  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 152 aa  49.7  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000119777  normal  0.864438 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1460  molybdate metabolism transcriptional regulator  36 
 
 		 368 aa  49.7  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1445  transcriptional regulator, XRE family  31.75 
 
 		 147 aa  50.1  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.275315  normal  0.432426 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1926  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 170 aa  49.7  0.00004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>