187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1254 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 364 aa  739    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  31.78 
 
 		 322 aa  204  1e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  34.06 
 
 		 328 aa  177  3e-43  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 327 aa  162  6e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 334 aa  101  2e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0230  hypothetical protein  28.3 
 
 		 261 aa  99.4  8e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00373466  hitchhiker  9.5849e-23 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 273 aa  87.8  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  26.69 
 
 		 262 aa  87  5e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  26.85 
 
 		 262 aa  86.7  7e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 262 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  26.69 
 
 		 262 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24900  hypothetical protein  20.91 
 
 		 342 aa  79  0.0000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.165017  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  52.31 
 
 		 268 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1922  hypothetical protein  25.1 
 
 		 322 aa  72  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3112  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 208 aa  70.9  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000156006  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  46.27 
 
 		 149 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2728  XRE family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 189 aa  70.5  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2785  helix-turn-helix domain-containing protein  48.57 
 
 		 189 aa  70.5  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 149 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  44.78 
 
 		 149 aa  69.3  0.00000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  44.78 
 
 		 149 aa  69.3  0.00000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  46.27 
 
 		 143 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 135 aa  69.3  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  44.78 
 
 		 92 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  44.78 
 
 		 149 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 137 aa  68.6  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 189 aa  67.8  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 197 aa  67.8  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  43.28 
 
 		 149 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  41.54 
 
 		 459 aa  65.1  0.000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  46.97 
 
 		 194 aa  64.7  0.000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0006  transcriptional regulator  44.78 
 
 		 186 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00549324  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  40.74 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  45.45 
 
 		 196 aa  62.4  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  39.68 
 
 		 142 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 146 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 		 142 aa  61.2  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 277 aa  60.5  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1102  transcriptional regulator, XRE family  30.15 
 
 		 261 aa  60.5  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000209596  hitchhiker  0.000000000000029 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 362 aa  60.5  0.00000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 107 aa  60.1  0.00000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 380 aa  60.1  0.00000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  45.9 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2391  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 247 aa  59.3  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 145 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2840  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 176 aa  58.9  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 185 aa  58.2  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 370 aa  57.8  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  37.33 
 
 		 320 aa  57.4  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 205 aa  57  0.0000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  29.13 
 
 		 197 aa  57  0.0000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 115 aa  56.6  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1796  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 380 aa  56.2  0.0000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0958  transcriptional regulator, XRE family  38.27 
 
 		 133 aa  56.2  0.0000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 134 aa  55.8  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2740  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 395 aa  55.8  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 235 aa  54.7  0.000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2790  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 133 aa  54.3  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000203467  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  29.9 
 
 		 312 aa  54.7  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 244 aa  54.3  0.000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 163 aa  53.9  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  32.94 
 
 		 338 aa  53.1  0.000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0916  XRE family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 115 aa  52.8  0.000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  33.33 
 
 		 391 aa  52.8  0.000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  33.33 
 
 		 391 aa  52.8  0.000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0630  helix-turn-helix domain protein  34.02 
 
 		 139 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1213  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 394 aa  52.4  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00829806  decreased coverage  0.0000499416 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  43.28 
 
 		 200 aa  52.4  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  43.86 
 
 		 436 aa  51.6  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 115 aa  51.6  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 115 aa  51.6  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 374 aa  51.6  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  43.1 
 
 		 293 aa  51.6  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  33.85 
 
 		 206 aa  51.6  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2912  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 200 aa  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  31.34 
 
 		 95 aa  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0067  hypothetical protein  32.5 
 
 		 240 aa  51.2  0.00003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1889  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 203 aa  50.8  0.00003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 242 aa  50.8  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 118 aa  50.4  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A15  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 204 aa  50.8  0.00004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.659709  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 192 aa  50.8  0.00004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2086  helix-turn-helix domain protein  41.67 
 
 		 327 aa  50.8  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0272363  normal  0.126806 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0275  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 276 aa  50.8  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.12088  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  36.92 
 
 		 114 aa  50.4  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25910  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  44.44 
 
 		 144 aa  50.4  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  36.92 
 
 		 114 aa  50.4  0.00005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2146  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 206 aa  50.4  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0483341  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06250  predicted transcriptional regulator  25.49 
 
 		 256 aa  50.4  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0134  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 104 aa  50.1  0.00006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0099  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 178 aa  50.1  0.00006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  37.5 
 
 		 272 aa  49.7  0.00008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00940  transcriptional regulator  39.68 
 
 		 240 aa  49.7  0.00009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.255625  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0234  transcriptional regulator  29.21 
 
 		 108 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00111986  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0188  DNA-binding protein  29.21 
 
 		 108 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000978101  hitchhiker  1.67724e-41 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  41.27 
 
 		 374 aa  48.5  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0054  prophage repressor protein  35.38 
 
 		 114 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.515617  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  44.23 
 
 		 374 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  41.27 
 
 		 374 aa  48.5  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>