89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1213 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1213  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 394 aa  797    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00829806  decreased coverage  0.0000499416 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1743  transcriptional regulator, XRE family  41.75 
 
 		 402 aa  281  2e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1881  transcriptional regulator  34.19 
 
 		 259 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0431466  hitchhiker  0.00212922 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1912  helix-turn-helix domain protein  33.54 
 
 		 258 aa  104  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.978099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0655  putative phage repressor  30.66 
 
 		 277 aa  89.4  1e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.119193  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6868  transcriptional regulator, XRE family  26.58 
 
 		 250 aa  80.5  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.815043  normal  0.198687 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2028  transcriptional regulator, XRE family  27.5 
 
 		 273 aa  73.6  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1968  XRE family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 257 aa  71.2  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749676  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2342  transcriptional regulator, XRE family  23.9 
 
 		 279 aa  65.1  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000474992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  35.38 
 
 		 198 aa  54.7  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0006  transcriptional regulator  31.18 
 
 		 186 aa  53.1  0.000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00549324  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 364 aa  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 205 aa  51.2  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  30.77 
 
 		 338 aa  50.8  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  33.77 
 
 		 205 aa  50.8  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  33.77 
 
 		 205 aa  50.8  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  39.06 
 
 		 210 aa  50.8  0.00004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 322 aa  50.1  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  38.71 
 
 		 206 aa  50.1  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 189 aa  49.7  0.00008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3286  DNA-binding protein  34.62 
 
 		 179 aa  49.7  0.00009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  44.23 
 
 		 197 aa  48.9  0.0001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  32.95 
 
 		 196 aa  48.1  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  34.33 
 
 		 77 aa  48.5  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  32.31 
 
 		 328 aa  47.4  0.0004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 212 aa  47.8  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0054  prophage repressor protein  34.92 
 
 		 114 aa  47.4  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.515617  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 72 aa  47  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  33.33 
 
 		 75 aa  46.6  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 374 aa  46.6  0.0007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 91 aa  46.6  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 110 aa  46.6  0.0008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  41.07 
 
 		 114 aa  46.6  0.0008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  41.07 
 
 		 114 aa  46.6  0.0008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0692  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 74 aa  45.8  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.782082  normal  0.118291 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 327 aa  46.2  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5072  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 207 aa  46.2  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 142 aa  45.8  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  46.2  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  32.81 
 
 		 194 aa  46.2  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 78 aa  45.8  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  30.65 
 
 		 459 aa  46.2  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 192 aa  45.8  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2448  transcriptional regulator, XRE family  30.95 
 
 		 196 aa  45.1  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000416057  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0730  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 85 aa  45.1  0.002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000239544  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3849  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 87 aa  45.4  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0299228  normal  0.323457 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  37.7 
 
 		 216 aa  45.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  35.62 
 
 		 114 aa  45.1  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  36.21 
 
 		 72 aa  45.4  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  40.74 
 
 		 195 aa  45.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 224 aa  45.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0051  putative transcriptional regulator  39.34 
 
 		 138 aa  44.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 219 aa  45.1  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 128 aa  44.7  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1123  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 66 aa  44.3  0.004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.503479 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3618  XRE family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 123 aa  44.3  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 320 aa  44.3  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  31.15 
 
 		 200 aa  44.3  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0099  XRE family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 178 aa  44.3  0.004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 197 aa  44.3  0.004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 181 aa  44.3  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  28.79 
 
 		 503 aa  43.9  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  27.64 
 
 		 196 aa  43.9  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  34.48 
 
 		 67 aa  43.9  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 67 aa  43.9  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 76 aa  43.9  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 177 aa  43.9  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 134 aa  43.5  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  32 
 
 		 181 aa  43.5  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 187 aa  43.5  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 192 aa  43.5  0.006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  26.74 
 
 		 201 aa  43.9  0.006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 118 aa  43.5  0.006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 72 aa  43.5  0.007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 72 aa  43.5  0.007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 142 aa  43.5  0.007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  35.09 
 
 		 72 aa  43.1  0.008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 206 aa  43.1  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 206 aa  43.1  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 75 aa  43.1  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 137 aa  43.1  0.009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 115 aa  43.1  0.009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3025  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 84 aa  43.1  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  37.1 
 
 		 145 aa  43.1  0.009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  30.51 
 
 		 436 aa  43.1  0.009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  31.15 
 
 		 187 aa  42.7  0.01  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  25.68 
 
 		 312 aa  42.7  0.01  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  30.3 
 
 		 193 aa  42.7  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  33.33 
 
 		 488 aa  42.7  0.01  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>