142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1239 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 235 aa  479  1e-134  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  45.33 
 
 		 277 aa  67.8  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2097  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 361 aa  63.9  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.961796  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  49.18 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 374 aa  62  0.000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 163 aa  62  0.000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 380 aa  61.2  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A15  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.659709  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 370 aa  60.5  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  40.85 
 
 		 374 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  40.28 
 
 		 374 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  40.85 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  40.85 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  40.85 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  40.85 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  33.75 
 
 		 143 aa  59.7  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  32.04 
 
 		 369 aa  59.3  0.00000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 334 aa  58.9  0.00000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2628  transcriptional regulator, XRE family  46.48 
 
 		 364 aa  58.9  0.00000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0359208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2912  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 200 aa  58.2  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  48.39 
 
 		 459 aa  58.2  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 145 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 242 aa  57  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  39.44 
 
 		 374 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  38.03 
 
 		 374 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1053  DNA-binding protein  43.28 
 
 		 348 aa  56.2  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 368 aa  56.2  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 322 aa  56.2  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1889  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0064  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 266 aa  55.5  0.0000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0275  XRE family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 276 aa  55.8  0.0000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.12088  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 197 aa  55.5  0.0000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 146 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 364 aa  54.7  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1286  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 		 197 aa  54.3  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0709374  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  32.18 
 
 		 114 aa  53.9  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  35.21 
 
 		 149 aa  53.9  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  32.18 
 
 		 114 aa  53.9  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2190  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 222 aa  54.3  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0308  transcriptional regulator, XRE family  53.33 
 
 		 144 aa  53.9  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1998  transcriptional regulator, XRE family  53.33 
 
 		 131 aa  53.9  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  30 
 
 		 362 aa  53.5  0.000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  38.1 
 
 		 142 aa  52.8  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  33.8 
 
 		 92 aa  52.8  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  36.76 
 
 		 149 aa  52.8  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0006  transcriptional regulator  35.21 
 
 		 186 aa  52.4  0.000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00549324  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  37.8 
 
 		 135 aa  52  0.000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 149 aa  52  0.000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  33.8 
 
 		 149 aa  52  0.000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 149 aa  52  0.000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1789  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 198 aa  51.2  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000770501  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  43.33 
 
 		 197 aa  50.8  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 181 aa  50.1  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 273 aa  49.7  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  37.33 
 
 		 194 aa  50.1  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 205 aa  49.7  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  40.54 
 
 		 293 aa  49.3  0.00005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  31.94 
 
 		 149 aa  48.9  0.00006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  40 
 
 		 338 aa  48.9  0.00007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2740  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 395 aa  48.5  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1715  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 152 aa  48.5  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000119777  normal  0.864438 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2840  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 176 aa  47.8  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  40.32 
 
 		 196 aa  48.1  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 320 aa  47.8  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2728  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 189 aa  48.1  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2785  helix-turn-helix domain-containing protein  34.78 
 
 		 189 aa  48.1  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 151 aa  47.8  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3317  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 		 281 aa  48.5  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000786405  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 179 aa  47  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 179 aa  47.4  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0150  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 197 aa  47.4  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.172339  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 137 aa  47  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3983  putative phage repressor  43.55 
 
 		 240 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000900431  normal  0.128218 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 185 aa  47.4  0.0002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  43.08 
 
 		 210 aa  47.8  0.0002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 380 aa  47.8  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3112  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 208 aa  47.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000156006  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 189 aa  46.6  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  44.26 
 
 		 328 aa  46.6  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 244 aa  46.6  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  37.97 
 
 		 219 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  40 
 
 		 262 aa  46.6  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 181 aa  46.2  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  36.62 
 
 		 262 aa  46.6  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  23.03 
 
 		 188 aa  46.2  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 163 aa  46.2  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  40 
 
 		 262 aa  46.6  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  44.83 
 
 		 296 aa  46.2  0.0005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1172  transcriptional regulator, XRE family  45.65 
 
 		 372 aa  45.8  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.38155 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  39.34 
 
 		 206 aa  46.2  0.0005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 262 aa  46.2  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 327 aa  45.8  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 181 aa  45.8  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18420  predicted transcriptional regulator  39.06 
 
 		 149 aa  45.8  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.189768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4032  prophage LambdaBa02, repressor protein  27.27 
 
 		 114 aa  45.8  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00194689  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2653  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 110 aa  45.4  0.0007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200481  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2086  helix-turn-helix domain protein  34.92 
 
 		 327 aa  45.4  0.0007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0272363  normal  0.126806 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0169  XRE family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 141 aa  45.4  0.0008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0031  transcriptional regulator, MerR family  27.16 
 
 		 211 aa  45.4  0.0008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  1.60803e-35  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>