153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3983 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3983  putative phage repressor  100 
 
 		 240 aa  496  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000900431  normal  0.128218 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2380  peptidase S24, S26A and S26B  45.8 
 
 		 421 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000103067  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3556  repressor protein CI  54.35 
 
 		 235 aa  142  5e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.860167  hitchhiker  9.00539e-18 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1406  repressor protein  47.79 
 
 		 211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0402463  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1911  putative phage repressor  44.53 
 
 		 331 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0192387  normal  0.0833716 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3217  putative phage repressor  39.84 
 
 		 236 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0111001  normal  0.682159 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 209 aa  97.8  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3896  Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 215 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0472  Cro/CI family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 224 aa  95.5  7e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404493 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0466  peptidase S24  38.14 
 
 		 210 aa  84.7  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1469  putative phage repressor  28.02 
 
 		 225 aa  84  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.416764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0557  putative phage repressor  40 
 
 		 210 aa  81.3  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0757  putative phage repressor  39.05 
 
 		 208 aa  79  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  0.361734 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0863  putative phage repressor  36.43 
 
 		 210 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.767338  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  33.02 
 
 		 235 aa  76.3  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1686  putative phage repressor  31.5 
 
 		 220 aa  70.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 229 aa  69.7  0.00000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4030  putative phage repressor  38.37 
 
 		 217 aa  67.4  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0734  putative phage repressor  25.83 
 
 		 223 aa  65.9  0.0000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.179143  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0133  putative phage repressor  27.87 
 
 		 219 aa  64.7  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.149707  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2990  prophage LambdaSo, Cro/CI family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 272 aa  63.9  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0018  putative phage repressor  32.22 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0435  putative phage repressor  34.19 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4624  putative phage repressor  35.24 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0583  bacteriophage repressor protein  28.3 
 
 		 224 aa  61.6  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0786  putative phage repressor  35.24 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.775153 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  27.36 
 
 		 205 aa  60.8  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3317  transcriptional regulator, XRE family  24.91 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000786405  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  26.84 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0147  hypothetical protein  27.19 
 
 		 234 aa  54.7  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5792  putative phage repressor  26.96 
 
 		 230 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.396613  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0165  hypothetical protein  29.38 
 
 		 227 aa  54.3  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2384  putative phage repressor  27.68 
 
 		 210 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2108  peptidase S24/S26 domain-containing protein  27.68 
 
 		 210 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261828  normal  0.0258179 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1747  transcriptional regulator, XRE family  46.75 
 
 		 436 aa  53.1  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2060  putative phage repressor  27.68 
 
 		 210 aa  53.1  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  26.55 
 
 		 245 aa  52  0.000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  23.11 
 
 		 240 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1065  putative phage repressor  28.46 
 
 		 209 aa  50.8  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.518416  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0549  putative phage repressor  28.04 
 
 		 210 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.296797  normal  0.036934 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1268  repressor protein, putative  25.22 
 
 		 230 aa  49.3  0.00005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.019488  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  29.52 
 
 		 230 aa  49.3  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  38.46 
 
 		 114 aa  49.3  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  38.46 
 
 		 114 aa  49.3  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 300 aa  49.3  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1648  putative phage repressor  25.74 
 
 		 230 aa  49.3  0.00006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00656681  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3831  putative phage repressor  29.5 
 
 		 246 aa  48.9  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 176 aa  48.9  0.00008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 76 aa  48.5  0.00009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1976  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 		 227 aa  48.5  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  22.86 
 
 		 240 aa  48.5  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0792  S24 family peptidase  32.69 
 
 		 218 aa  48.5  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.597552  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1384  SOS-response transcriptional repressor, LexA  25.33 
 
 		 214 aa  48.1  0.0001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0425171  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  27.88 
 
 		 188 aa  48.5  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0743  S24 family peptidase  32.69 
 
 		 218 aa  48.5  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631909  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1640  LexA repressor  25 
 
 		 212 aa  47.8  0.0002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0943463  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 235 aa  47.4  0.0002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 197 aa  47.8  0.0002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 146 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  45.59 
 
 		 199 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 163 aa  47.4  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  44.12 
 
 		 192 aa  47  0.0002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 516 aa  47.8  0.0002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1522  LexA repressor  25 
 
 		 214 aa  47.8  0.0002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0737181  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1854  putative phage repressor  31.86 
 
 		 241 aa  47  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0873919 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0593  transcriptional regulator, XRE family  22.83 
 
 		 225 aa  46.2  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0551  transcriptional regulator, XRE family  26.94 
 
 		 210 aa  46.6  0.0004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.401249  hitchhiker  0.0000933135 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 215 aa  46.2  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1211  XRE family transcriptional regulator  50.98 
 
 		 71 aa  46.2  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 76 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 76 aa  45.8  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3151  Repressor lexA  25.35 
 
 		 154 aa  45.8  0.0005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.662921  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  25.54 
 
 		 206 aa  46.2  0.0005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 490 aa  46.2  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1503  LexA repressor  22.46 
 
 		 239 aa  46.2  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.106376 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  36.45 
 
 		 123 aa  46.2  0.0005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  35.8 
 
 		 489 aa  45.8  0.0006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 77 aa  45.8  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  36.76 
 
 		 75 aa  45.4  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 76 aa  45.8  0.0007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0130  putative prophage repressor  25 
 
 		 216 aa  45.4  0.0008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1234  putative prophage repressor  28.41 
 
 		 153 aa  45.4  0.0008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000530915  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 359 aa  45.4  0.0008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0927  SOS-response transcriptional repressor, LexA  29.77 
 
 		 206 aa  45.4  0.0008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0504  transcriptional regulator  41.27 
 
 		 75 aa  45.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 175 aa  44.7  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2840  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 176 aa  44.7  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2054  putative phage repressor  22.49 
 
 		 238 aa  44.7  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000034182  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2091  peptidase S24 S26A and S26B  22.49 
 
 		 238 aa  44.7  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000399055  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  45.76 
 
 		 219 aa  44.7  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 117 aa  45.1  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  41.54 
 
 		 301 aa  44.3  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3831  prophage LambdaBa02, repressor protein  33.73 
 
 		 122 aa  43.9  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0071415  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4126  prophage LambdaBa02, repressor protein  33.73 
 
 		 122 aa  43.9  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.158818  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 432 aa  43.9  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  39.06 
 
 		 77 aa  44.3  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  44.07 
 
 		 347 aa  43.9  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0998  transcriptional regulator, putative  22.98 
 
 		 243 aa  43.9  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000689636  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  23.37 
 
 		 270 aa  43.9  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>