245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1210 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 209 aa  433  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2539  peptidase S24/S26 domain-containing protein  40.69 
 
 		 149 aa  100  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692907 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  34.74 
 
 		 216 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  34.74 
 
 		 216 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3983  putative phage repressor  30 
 
 		 240 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000900431  normal  0.128218 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0165  hypothetical protein  35.07 
 
 		 227 aa  96.3  3e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  33.49 
 
 		 216 aa  95.9  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 204 aa  94.4  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1339  putative prophage repressor  31.84 
 
 		 219 aa  94  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520189 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0147  hypothetical protein  31.13 
 
 		 234 aa  89  5e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  35.51 
 
 		 216 aa  88.6  6e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2924  repressor protein  32.51 
 
 		 231 aa  88.2  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.38721e-16 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  30.92 
 
 		 235 aa  85.5  6e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0293  prophage repressor  31.86 
 
 		 237 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.830345 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  33.79 
 
 		 230 aa  83.2  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  31.05 
 
 		 216 aa  83.2  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  30.09 
 
 		 220 aa  79.3  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3399  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1853  putative prophage repressor  30.99 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0159907  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 229 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  31.36 
 
 		 218 aa  77.4  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2990  prophage LambdaSo, Cro/CI family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 272 aa  77  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 228 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  32.38 
 
 		 206 aa  76.3  0.0000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1970  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 229 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.118852  normal  0.0462481 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3421  repressor protein c2  39.29 
 
 		 243 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000122682  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1456  phage repressor protein  31.14 
 
 		 240 aa  72.8  0.000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal  0.84573 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2829  XRE family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 240 aa  72.8  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2750  phage repressor protein  31.14 
 
 		 240 aa  72.8  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3033  transcriptional repressor pyocin R2_PP  31.94 
 
 		 243 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593643  normal  0.0855736 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01954  hypothetical protein  28.64 
 
 		 221 aa  69.7  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2375  hypothetical protein  27.63 
 
 		 220 aa  67.8  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0617  peptidase S24, S26A and S26B  37.04 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  28.29 
 
 		 207 aa  67  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0571  repressor protein c2  30.43 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.72773  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 212 aa  64.3  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4603  peptidase  29.95 
 
 		 229 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0472  Cro/CI family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404493 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0989  S24 family peptidase  36 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3102  XRE family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0669048  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1083  peptidase, S24 family  37.8 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.501278  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4132  repressor protein c2, putative  29.44 
 
 		 217 aa  62  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3869  peptidase  29.17 
 
 		 218 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2091  peptidase S24 S26A and S26B  28.69 
 
 		 238 aa  62  0.000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000399055  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2054  putative phage repressor  28.69 
 
 		 238 aa  62  0.000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000034182  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2060  putative phage repressor  28.8 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0583  bacteriophage repressor protein  26.27 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0551  transcriptional regulator, XRE family  28.97 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.401249  hitchhiker  0.0000933135 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  30.58 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1607  putative prophage repressor  27.14 
 
 		 221 aa  59.7  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385994  normal  0.460632 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2501  peptidase S24 and S26 domain protein  36.23 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.241026  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1577  peptidase S24-like domain-containing protein  28.35 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555461  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0863  putative phage repressor  34.48 
 
 		 210 aa  58.2  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.767338  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0757  putative phage repressor  35 
 
 		 208 aa  58.2  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  0.361734 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  26.89 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0549  putative phage repressor  32.08 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.296797  normal  0.036934 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2384  putative phage repressor  27.98 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2108  peptidase S24/S26 domain-containing protein  27.98 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261828  normal  0.0258179 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0130  putative prophage repressor  27.05 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  26.5 
 
 		 236 aa  57  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000124176  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3746  putative prophage repressor  25.6 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4624  putative phage repressor  33.75 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0435  putative phage repressor  30.15 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1929  peptidase S24/S26 domain-containing protein  29.53 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0221761  hitchhiker  0.0000000154774 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1997  LexA repressor  30.5 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0707  LexA repressor  30.5 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.265887 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0133  putative phage repressor  32.04 
 
 		 219 aa  55.5  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.149707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0557  putative phage repressor  36.76 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0580  repressor protein C2  27.84 
 
 		 238 aa  55.1  0.0000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0018  putative phage repressor  32.43 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4030  putative phage repressor  27.32 
 
 		 217 aa  55.1  0.0000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0786  putative phage repressor  33.75 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.775153 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0466  peptidase S24  36.76 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3660  putative prophage repressor  26.61 
 
 		 232 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000108036  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  25.44 
 
 		 229 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5730  XRE family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 239 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0134  transcriptional regulator, XRE family  32.61 
 
 		 152 aa  53.5  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000191075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1274  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 152 aa  53.9  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.222413  normal  0.176639 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  24.75 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  26.87 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1255  transcriptional regulator, XRE family  25.21 
 
 		 242 aa  52.8  0.000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0691404  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2561  LexA repressor  39.76 
 
 		 239 aa  53.1  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.936148  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  24.75 
 
 		 209 aa  53.1  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0885  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  34.11 
 
 		 243 aa  53.1  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1183  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  27.14 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.186199 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3094  LexA repressor  29.55 
 
 		 228 aa  52.4  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.938529  normal  0.561112 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3666  XRE family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 217 aa  52  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100264  decreased coverage  0.0000000000010366 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  27.14 
 
 		 219 aa  52  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2142  LexA repressor  30.3 
 
 		 232 aa  52  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.196477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  22.92 
 
 		 233 aa  51.6  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1207  transcriptional repressor, LexA family  37.21 
 
 		 210 aa  51.6  0.000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000325213  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 81 aa  51.6  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  27.23 
 
 		 212 aa  51.6  0.000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  27 
 
 		 270 aa  51.6  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1642  LexA repressor  39.76 
 
 		 236 aa  51.6  0.000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.217888  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0139  putative phage repressor  25.48 
 
 		 215 aa  51.2  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.378141 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  22.92 
 
 		 233 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1135  LexA repressor  31.2 
 
 		 241 aa  51.2  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.725643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0987  XRE family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 261 aa  51.2  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.000000124238  decreased coverage  8.983340000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  22.92 
 
 		 233 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>