163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0647 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 209 aa  427  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  95.22 
 
 		 209 aa  409  1e-113  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3746  putative prophage repressor  55.3 
 
 		 216 aa  234  6e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0130  putative prophage repressor  54.41 
 
 		 216 aa  214  9e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 212 aa  212  3.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  27.41 
 
 		 251 aa  68.6  0.00000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  27.44 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1183  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  30.33 
 
 		 217 aa  62.8  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.186199 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  29.51 
 
 		 205 aa  61.6  0.000000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4345  transcriptional regulator, XRE family  48.48 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.759199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  23.04 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1255  transcriptional regulator, XRE family  24.79 
 
 		 242 aa  60.5  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0691404  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  27.32 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0987  XRE family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 261 aa  57.8  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.000000124238  decreased coverage  8.983340000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  25 
 
 		 206 aa  57.4  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3896  Cro/CI family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 215 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4206  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 170 aa  56.6  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000156355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  26.5 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  26.5 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  28.02 
 
 		 216 aa  55.5  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  21.88 
 
 		 270 aa  54.7  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  27.41 
 
 		 217 aa  53.5  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  27.41 
 
 		 217 aa  53.5  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  27.41 
 
 		 217 aa  53.5  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0038  Helix-turn-helix domain protein  37.5 
 
 		 120 aa  53.5  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000109438  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3964  putative phage repressor  37.88 
 
 		 259 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.072898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1065  putative phage repressor  29.02 
 
 		 209 aa  53.1  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.518416  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 209 aa  53.1  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4132  repressor protein c2, putative  29.3 
 
 		 217 aa  52  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2142  LexA repressor  37.14 
 
 		 232 aa  52  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.196477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  26.07 
 
 		 196 aa  52  0.000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3237  putative repressor protein  25.28 
 
 		 204 aa  52  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.150382  hitchhiker  0.000476613 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0472  Cro/CI family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 224 aa  52  0.000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404493 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  24.64 
 
 		 206 aa  51.6  0.000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0478  LexA family transcriptional repressor  35.05 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.114058  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  35.42 
 
 		 428 aa  50.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  35.42 
 
 		 428 aa  50.4  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 491 aa  50.1  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19180  predicted transcriptional regulator  38.57 
 
 		 141 aa  50.1  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.433834  normal  0.0717748 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  23.33 
 
 		 213 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  33.8 
 
 		 464 aa  50.4  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  24.14 
 
 		 205 aa  50.1  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  36.46 
 
 		 428 aa  49.7  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1911  putative phage repressor  24.87 
 
 		 331 aa  49.3  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0192387  normal  0.0833716 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2675  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 422 aa  49.3  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0980951  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1409  putative phage repressor  26.8 
 
 		 210 aa  48.5  0.00006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0696097  normal  0.123244 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  25.58 
 
 		 230 aa  48.5  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 76 aa  48.5  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 229 aa  48.5  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  27.39 
 
 		 214 aa  48.1  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 115 aa  48.1  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2889  DNA-binding protein  34.18 
 
 		 223 aa  47.4  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  23.92 
 
 		 235 aa  47.8  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  21.29 
 
 		 231 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0909  transcriptional regulator, XRE family  25.24 
 
 		 115 aa  47.4  0.0002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 300 aa  47.4  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 443 aa  47  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2568  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 223 aa  47  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 229 aa  46.6  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0962  DNA-binding protein  20.57 
 
 		 179 aa  46.6  0.0002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0340549  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  25.24 
 
 		 219 aa  47  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1451  LexA repressor  35.96 
 
 		 261 aa  47  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.440028  normal  0.764251 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1743  putative phage repressor  34.94 
 
 		 235 aa  46.6  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.487543 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2198  SOS-response transcriptional repressor, LexA  37.89 
 
 		 201 aa  46.2  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.446469 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 197 aa  46.6  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3869  peptidase  28.7 
 
 		 218 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1866  putative phage repressor  23.33 
 
 		 244 aa  45.8  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1409  LexA family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 258 aa  46.2  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0567372  decreased coverage  0.00000225039 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 222 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3902  transcriptional repressor, LexA family  34.83 
 
 		 263 aa  45.8  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 124 aa  45.8  0.0005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0975  putative phage repressor  28.57 
 
 		 203 aa  45.8  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  37.5 
 
 		 230 aa  45.8  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0234  LexA family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 210 aa  45.8  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6868  transcriptional regulator, XRE family  28.28 
 
 		 250 aa  45.4  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.815043  normal  0.198687 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 461 aa  45.4  0.0006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 469 aa  45.4  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  30.99 
 
 		 461 aa  45.4  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  30.99 
 
 		 461 aa  45.4  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2075  putative phage repressor  26.86 
 
 		 221 aa  45.4  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2427  SOS-response transcriptional repressor LexA  34.83 
 
 		 238 aa  45.1  0.0007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.639374 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0970  Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 95 aa  45.4  0.0007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0726306  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  25 
 
 		 209 aa  45.1  0.0008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3505  transcriptional regulator, XRE family  34.09 
 
 		 97 aa  44.7  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 196 aa  44.3  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0786  putative phage repressor  32.86 
 
 		 210 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.775153 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0192  SOS-response transcriptional repressor, LexA  27.96 
 
 		 200 aa  44.3  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  33.02 
 
 		 819 aa  44.7  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0408  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 63 aa  44.7  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27590  SOS-response transcriptional repressor, LexA  34.83 
 
 		 235 aa  44.3  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4003  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 61 aa  44.3  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1931  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  36.36 
 
 		 352 aa  44.7  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.584244  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  23.81 
 
 		 218 aa  44.7  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0549  putative phage repressor  36.14 
 
 		 210 aa  44.3  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.296797  normal  0.036934 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0932  Tn916, transcriptional regulator, putative  45.45 
 
 		 401 aa  43.5  0.002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1356  SOS function regulatory protein, LexA repressor  29.79 
 
 		 205 aa  43.5  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2793  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 108 aa  43.5  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000236555  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 72 aa  43.5  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1232  LexA repressor  32.91 
 
 		 250 aa  43.9  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0475766  normal  0.0166325 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  43.64 
 
 		 366 aa  43.5  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>