110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1510 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 443 aa  878    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  48.28 
 
 		 431 aa  383  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  50.92 
 
 		 428 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  50.92 
 
 		 428 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  50.8 
 
 		 428 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  46.42 
 
 		 428 aa  280  3e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2696  XRE family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 440 aa  271  1e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0198087  normal  0.635331 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  25.58 
 
 		 474 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 490 aa  102  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  26.58 
 
 		 464 aa  99.8  9e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 491 aa  99  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  25.7 
 
 		 466 aa  98.2  3e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 474 aa  97.4  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  25.88 
 
 		 475 aa  95.1  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 476 aa  94.7  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  24.22 
 
 		 475 aa  93.6  6e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  25 
 
 		 475 aa  93.2  8e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 469 aa  92.8  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 470 aa  92.8  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 474 aa  91.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  26.12 
 
 		 524 aa  91.3  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  26.13 
 
 		 474 aa  91.3  3e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  24.37 
 
 		 482 aa  90.9  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  28.54 
 
 		 490 aa  90.9  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  24.63 
 
 		 480 aa  89.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 471 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  24.09 
 
 		 483 aa  87.8  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 482 aa  87.8  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  24.95 
 
 		 480 aa  87.4  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  24.1 
 
 		 480 aa  87.4  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  26.88 
 
 		 461 aa  86.7  8e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 461 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  26.33 
 
 		 461 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  25.52 
 
 		 470 aa  85.5  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 475 aa  85.1  0.000000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  24.68 
 
 		 475 aa  85.1  0.000000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  24.47 
 
 		 475 aa  83.6  0.000000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  25.65 
 
 		 472 aa  82.8  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 481 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  26.29 
 
 		 461 aa  82  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  25.05 
 
 		 477 aa  80.5  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 470 aa  80.5  0.00000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  25.05 
 
 		 483 aa  79.7  0.00000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  25.16 
 
 		 472 aa  78.6  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  24.44 
 
 		 486 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  28.76 
 
 		 470 aa  77  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  27.65 
 
 		 475 aa  77  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  27 
 
 		 484 aa  77  0.0000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  26.54 
 
 		 471 aa  76.3  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  27.73 
 
 		 469 aa  75.1  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  24.54 
 
 		 466 aa  74.7  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 470 aa  71.2  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 470 aa  71.2  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  23.97 
 
 		 474 aa  69.7  0.00000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  23.27 
 
 		 477 aa  69.7  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  21.21 
 
 		 468 aa  68.6  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  26.91 
 
 		 464 aa  66.6  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  24.68 
 
 		 483 aa  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 474 aa  64.3  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  26.48 
 
 		 481 aa  64.3  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  24.28 
 
 		 472 aa  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 483 aa  63.5  0.000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  26.4 
 
 		 477 aa  63.2  0.000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 506 aa  61.6  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  27.23 
 
 		 469 aa  61.6  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  48.61 
 
 		 476 aa  61.2  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  25.48 
 
 		 474 aa  60.8  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 490 aa  60.1  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  41.57 
 
 		 477 aa  57.4  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  24.07 
 
 		 455 aa  57  0.0000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 464 aa  57  0.0000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  44.87 
 
 		 477 aa  56.2  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  24.64 
 
 		 461 aa  56.2  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 488 aa  55.5  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4530  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 152 aa  54.7  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  23.52 
 
 		 473 aa  53.5  0.000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  40.45 
 
 		 477 aa  53.5  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  23.19 
 
 		 467 aa  52.4  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  32.56 
 
 		 209 aa  48.5  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 120 aa  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 120 aa  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 120 aa  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 491 aa  47.8  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0447  transcriptional regulator, XRE family  30.47 
 
 		 139 aa  47.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0473  XRE family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 138 aa  47.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 137 aa  47.4  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 138 aa  47  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 209 aa  47  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3622  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 147 aa  47  0.0008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0595  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 139 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.958783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  34.62 
 
 		 123 aa  46.6  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 139 aa  45.4  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0237  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 139 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 139 aa  45.8  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0130  putative prophage repressor  33.33 
 
 		 216 aa  44.7  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 81 aa  44.3  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 139 aa  44.3  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000742068  hitchhiker  0.0000000000614145 
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 137 aa  43.9  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00000314405  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 140 aa  44.3  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 137 aa  43.9  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>