146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4132 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4132  repressor protein c2, putative  100 
 
 		 217 aa  446  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3869  peptidase  94.95 
 
 		 218 aa  421  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  56.87 
 
 		 216 aa  238  5e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0571  repressor protein c2  53.54 
 
 		 215 aa  202  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.72773  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4603  peptidase  52.53 
 
 		 229 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1083  peptidase, S24 family  70.63 
 
 		 133 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.501278  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  47.18 
 
 		 216 aa  173  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  47.18 
 
 		 216 aa  173  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  45.64 
 
 		 216 aa  172  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2829  XRE family transcriptional regulator  43 
 
 		 240 aa  160  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2750  phage repressor protein  43 
 
 		 240 aa  160  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1456  phage repressor protein  43 
 
 		 240 aa  160  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal  0.84573 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01954  hypothetical protein  37.44 
 
 		 221 aa  149  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  39.13 
 
 		 218 aa  147  8e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 228 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1853  putative prophage repressor  37.38 
 
 		 221 aa  141  8e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0159907  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3399  XRE family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 221 aa  141  8e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3660  putative prophage repressor  39.9 
 
 		 232 aa  138  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000108036  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1970  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 229 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.118852  normal  0.0462481 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 229 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0293  prophage repressor  36.18 
 
 		 237 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.830345 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  35.35 
 
 		 216 aa  120  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1772  putative prophage repressor  46.92 
 
 		 217 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000601077  decreased coverage  0.000377038 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2924  repressor protein  44.62 
 
 		 231 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.38721e-16 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3666  XRE family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 217 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100264  decreased coverage  0.0000000000010366 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3421  repressor protein c2  34.55 
 
 		 243 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000122682  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4068  Cro/CI family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0144241  unclonable  0.00000065299 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3033  transcriptional repressor pyocin R2_PP  35.08 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593643  normal  0.0855736 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  36.36 
 
 		 230 aa  108  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1773  putative prophage repressor  44.27 
 
 		 224 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000495428  hitchhiker  0.00108243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1808  XRE family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 235 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630846  normal  0.212121 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  35.96 
 
 		 236 aa  105  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000124176  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4010  repressor protein cI  42.47 
 
 		 234 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895282  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3102  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 240 aa  100  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0669048  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1607  putative prophage repressor  32.54 
 
 		 221 aa  99  5e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385994  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  33.99 
 
 		 235 aa  94.4  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  30.87 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 204 aa  89.4  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1339  putative prophage repressor  30.04 
 
 		 219 aa  86.3  4e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520189 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1929  peptidase S24/S26 domain-containing protein  32.87 
 
 		 215 aa  84.3  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0221761  hitchhiker  0.0000000154774 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0617  peptidase S24, S26A and S26B  32.93 
 
 		 225 aa  79.3  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  30.77 
 
 		 207 aa  77.8  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2713  transcriptional regulator, XRE family  31.53 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2501  peptidase S24 and S26 domain protein  39.23 
 
 		 224 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.241026  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  27.01 
 
 		 213 aa  68.6  0.00000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  27.52 
 
 		 212 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1577  peptidase S24-like domain-containing protein  26.37 
 
 		 216 aa  62.4  0.000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555461  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 209 aa  62  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0580  repressor protein C2  25.82 
 
 		 238 aa  59.3  0.00000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0458  putative prophage repressor  35.71 
 
 		 202 aa  58.2  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0671085  normal  0.466912 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  26.82 
 
 		 219 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1999  putative phage repressor  27.96 
 
 		 247 aa  53.5  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal  0.25035 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2020  LexA repressor  28.47 
 
 		 242 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.775144 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0998  transcriptional regulator, putative  27.71 
 
 		 243 aa  52.4  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000689636  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0989  S24 family peptidase  27.16 
 
 		 239 aa  52  0.000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  29.3 
 
 		 209 aa  52  0.000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0885  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  31.9 
 
 		 243 aa  50.1  0.00003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  28.37 
 
 		 209 aa  49.7  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1901  SOS-response transcriptional repressor, LexA  28.06 
 
 		 200 aa  49.7  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  28.57 
 
 		 227 aa  49.7  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2601  LexA repressor  31.82 
 
 		 205 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3116  LexA repressor  35.9 
 
 		 202 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.553087 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2490  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32.73 
 
 		 201 aa  49.3  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3974  LexA repressor  29.51 
 
 		 219 aa  48.5  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14611  SOS function regulatory protein, LexA repressor  32.48 
 
 		 205 aa  48.5  0.00008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.748093  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2366  peptidase  26.84 
 
 		 222 aa  48.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000799679  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2561  LexA repressor  27.22 
 
 		 239 aa  47  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.936148  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1758  transcriptional repressor, LexA family  31.82 
 
 		 201 aa  47  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000113097  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7466  LexA repressor  30.22 
 
 		 240 aa  47  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0525959  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2741  LexA repressor  30.91 
 
 		 205 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6716  LexA repressor  29.5 
 
 		 239 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1549  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 283 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188053 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1291  putative SOS mutagenesis protein UmuD  33.33 
 
 		 147 aa  46.6  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172985  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5148  LexA repressor  29.41 
 
 		 240 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.160291  normal  0.0920185 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1398  LexA repressor  32.41 
 
 		 232 aa  46.6  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0394498  hitchhiker  0.000716176 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1503  LexA repressor  25 
 
 		 239 aa  46.6  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.106376 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0176  peptidase S24 and S26 domain protein  31.03 
 
 		 153 aa  46.6  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4683  LexA repressor  29.41 
 
 		 240 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5442  hypothetical protein  30.77 
 
 		 137 aa  46.2  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.989966  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16001  putative SOS mutagenesis protein UmuD  35.23 
 
 		 158 aa  46.2  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.805764 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2134  SOS-response transcriptional repressor, LexA  25.93 
 
 		 206 aa  46.2  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.017177 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5225  LexA repressor  28.68 
 
 		 240 aa  46.2  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.630242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5036  hypothetical protein  30.77 
 
 		 137 aa  46.2  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3328  transcriptional repressor, LexA family  38.54 
 
 		 239 aa  45.8  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2839  LexA repressor  30.53 
 
 		 235 aa  45.4  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.485445 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2084  SOS-response transcriptional repressor, LexA  33.08 
 
 		 231 aa  45.8  0.0006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0507519 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2558  LexA repressor  25.71 
 
 		 224 aa  45.4  0.0006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.031889  normal  0.0134465 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1142  SOS-response transcriptional repressor, LexA  28.35 
 
 		 201 aa  45.8  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00201645  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3718  LexA repressor  30 
 
 		 199 aa  45.4  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.875348  normal  0.435562 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1832  transcriptional repressor, LexA family  27.27 
 
 		 207 aa  45.4  0.0006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994173 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2792  LexA repressor  29.51 
 
 		 202 aa  45.4  0.0007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.147289  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1549  SOS mutagenesis protein UmuD  32.99 
 
 		 186 aa  45.4  0.0007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.093809 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1451  LexA repressor  29.03 
 
 		 261 aa  45.4  0.0007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.440028  normal  0.764251 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1729  LexA repressor  29.27 
 
 		 233 aa  45.1  0.0008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3249  LexA repressor  31.67 
 
 		 236 aa  45.1  0.0009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.633502  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07081  putative SOS mutagenesis protein UmuD  34.04 
 
 		 153 aa  45.1  0.0009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0803785 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1997  LexA repressor  28.83 
 
 		 228 aa  44.3  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0020  SOS-response transcriptional repressor, LexA  37.21 
 
 		 199 aa  44.7  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000309012  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1598  LexA repressor  30.08 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313402  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>