110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3076 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  100 
 
 		 219 aa  450  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3365  putative phage repressor  31.65 
 
 		 215 aa  96.3  4e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0648  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 245 aa  94.4  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.19  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0789  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 245 aa  94.4  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000234402  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  32.86 
 
 		 230 aa  92.4  5e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0819  putative phage repressor  31.67 
 
 		 229 aa  92  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2067  putative phage repressor  28.19 
 
 		 247 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000502138  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  30.38 
 
 		 239 aa  90.5  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2114  putative phage repressor  27.75 
 
 		 247 aa  88.2  8e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00404649  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2652  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 248 aa  87.8  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  32.72 
 
 		 225 aa  87.4  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  31.92 
 
 		 227 aa  84.3  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0272  putative phage repressor  26.64 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0335  putative phage repressor  24.77 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0710  putative phage repressor  30.8 
 
 		 238 aa  82.8  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1999  putative phage repressor  31.53 
 
 		 247 aa  82.4  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal  0.25035 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0641  prophage MuSo1, Cro/CI family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 240 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  29.95 
 
 		 248 aa  77.8  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  0.00000211881 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0962  DNA-binding protein  50 
 
 		 179 aa  75.5  0.0000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0340549  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1510  putative phage repressor  29.27 
 
 		 212 aa  75.5  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432994  normal  0.193235 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  27.62 
 
 		 270 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  27.7 
 
 		 231 aa  75.1  0.0000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1980  transcriptional regulator, putative  29.65 
 
 		 219 aa  74.7  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00751555  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2959  prophage MuMc02, S24 family peptidase  29.73 
 
 		 193 aa  72  0.000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  26.22 
 
 		 240 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0189  putative phage repressor  25.94 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2371  putative phage repressor  29.47 
 
 		 233 aa  70.5  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1261  putative phage repressor  29.46 
 
 		 236 aa  70.5  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000205761 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  28.27 
 
 		 264 aa  69.7  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  28.27 
 
 		 264 aa  69.3  0.00000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1413  putative phage repressor  30.37 
 
 		 216 aa  68.6  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0602324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3589  putative phage repressor  29.86 
 
 		 225 aa  67  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136688  hitchhiker  0.00299337 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  26.99 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0998  transcriptional regulator, putative  25.84 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000689636  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  25.55 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  24.67 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  25.11 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  26.55 
 
 		 229 aa  65.1  0.0000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1096  putative phage repressor  25.76 
 
 		 219 aa  64.7  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0889323  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1065  putative phage repressor  29.19 
 
 		 209 aa  63.9  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.518416  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  24.44 
 
 		 229 aa  62.8  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  24.44 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1188  putative phage repressor  25.11 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267835  normal  0.264486 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0352  putative phage repressor  34.09 
 
 		 261 aa  62.8  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00411274 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  25 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0641  putative phage repressor  32.66 
 
 		 263 aa  61.6  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52530  transcriptional regulator  25.58 
 
 		 237 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000132202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4606  transcriptional regulator  25.58 
 
 		 237 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2283  putative phage repressor  30.08 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00298807  unclonable  0.0000000000471179 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0370  putative transcriptional regulator  26.96 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.128546  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3746  putative prophage repressor  24.4 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0889  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  26.67 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  24.43 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0755  transcriptional regulator PrtR  27.9 
 
 		 256 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.011984  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07960  transcriptional regulator PrtR  27.9 
 
 		 256 aa  55.1  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101148  hitchhiker  0.000834984 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  22.91 
 
 		 263 aa  54.7  0.0000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1192  putative phage repressor  31.16 
 
 		 252 aa  54.7  0.0000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0998  putative phage repressor  26.75 
 
 		 284 aa  54.3  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891083  hitchhiker  0.000269405 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1549  Cro/CI family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 283 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188053 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0232  putative phage repressor  33.93 
 
 		 222 aa  53.9  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1866  putative phage repressor  27.39 
 
 		 244 aa  53.9  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2563  putative phage repressor  30.37 
 
 		 225 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  27.27 
 
 		 251 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3964  putative phage repressor  23.53 
 
 		 259 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.072898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  22.41 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2128  putative phage repressor  27.89 
 
 		 231 aa  52.4  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4824  putative phage repressor  32.61 
 
 		 216 aa  52.8  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.852274  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  39.22 
 
 		 233 aa  52.4  0.000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1272  putative phage repressor  27.89 
 
 		 263 aa  52  0.000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.343387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1094  putative phage repressor  28.47 
 
 		 249 aa  51.6  0.000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.189719 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1712  CI repressor  25.62 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0120781  normal  0.203735 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2054  putative phage repressor  34.68 
 
 		 238 aa  50.4  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000034182  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2091  peptidase S24 S26A and S26B  34.68 
 
 		 238 aa  50.4  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000399055  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1619  putative phage repressor  22.64 
 
 		 237 aa  50.4  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0134521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4113  putative phage repressor  30.94 
 
 		 216 aa  50.4  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0271974  hitchhiker  0.00000000858644 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3237  putative repressor protein  27.41 
 
 		 204 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.150382  hitchhiker  0.000476613 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0721  transcriptional regulator, putative  26.47 
 
 		 243 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4131  putative phage repressor  28.57 
 
 		 273 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.362406 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2131  putative phage repressor  30.71 
 
 		 289 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000131906  hitchhiker  0.000000754842 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3211  putative phage repressor  26.12 
 
 		 248 aa  48.5  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.02032 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1409  putative phage repressor  36.14 
 
 		 210 aa  48.5  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0696097  normal  0.123244 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3795  hypothetical protein  29.82 
 
 		 190 aa  48.5  0.00009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3772  putative phage repressor  30 
 
 		 289 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0262025  unclonable  0.000000544418 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1158  transcriptional regulator, putative  29.2 
 
 		 270 aa  47.8  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2704  putative phage repressor  24.89 
 
 		 269 aa  47.8  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1991  putative phage repressor  30 
 
 		 289 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000855833  hitchhiker  0.0000527672 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2167  putative phage repressor  25 
 
 		 244 aa  48.1  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.117586  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0623  peptidase S24, S26A and S26B  24.42 
 
 		 243 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.471102 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  25.24 
 
 		 209 aa  47  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  24.52 
 
 		 209 aa  46.6  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1648  putative phage repressor  26.67 
 
 		 230 aa  46.2  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00656681  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4549  putative phage repressor  29.52 
 
 		 231 aa  45.8  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  24.71 
 
 		 209 aa  45.4  0.0007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0805  conserved hypothetical protein, putative peptidase S24  21.8 
 
 		 211 aa  45.4  0.0007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1395  putative phage repressor  29.63 
 
 		 239 aa  44.3  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1743  putative phage repressor  34.09 
 
 		 235 aa  44.7  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.487543 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1875  putative phage repressor  25.26 
 
 		 244 aa  44.7  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2543  putative phage repressor  27.35 
 
 		 289 aa  43.5  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4997  transcriptional regulator  24.34 
 
 		 246 aa  43.1  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.357527 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>