129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2283 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2283  putative phage repressor  100 
 
 		 292 aa  598  1e-170  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00298807  unclonable  0.0000000000471179 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  33.46 
 
 		 270 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1192  putative phage repressor  40 
 
 		 252 aa  107  2e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2114  putative phage repressor  33.58 
 
 		 247 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00404649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0352  putative phage repressor  38.57 
 
 		 261 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00411274 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0272  putative phage repressor  35.38 
 
 		 235 aa  78.2  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1980  transcriptional regulator, putative  35.66 
 
 		 219 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00751555  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2067  putative phage repressor  32.84 
 
 		 247 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000502138  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1619  putative phage repressor  26.07 
 
 		 237 aa  78.2  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0134521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  34.38 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1510  putative phage repressor  42.31 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432994  normal  0.193235 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1096  putative phage repressor  36.09 
 
 		 219 aa  73.9  0.000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0889323  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0189  putative phage repressor  31.45 
 
 		 211 aa  73.6  0.000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  37.31 
 
 		 264 aa  72.8  0.000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1413  putative phage repressor  34.07 
 
 		 216 aa  72.8  0.000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0602324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  37.31 
 
 		 264 aa  72.4  0.000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0641  prophage MuSo1, Cro/CI family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 240 aa  72  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  35.16 
 
 		 263 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0335  putative phage repressor  32.31 
 
 		 230 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  37.4 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4113  putative phage repressor  35.71 
 
 		 216 aa  69.7  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0271974  hitchhiker  0.00000000858644 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  33.09 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0819  putative phage repressor  32.84 
 
 		 229 aa  68.9  0.00000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0998  transcriptional regulator, putative  31.39 
 
 		 243 aa  68.6  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000689636  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  37.4 
 
 		 240 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  36.64 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2959  prophage MuMc02, S24 family peptidase  33.33 
 
 		 193 aa  66.6  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  35.88 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  35.88 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3365  putative phage repressor  32.39 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0648  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 245 aa  65.9  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.19  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0789  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 245 aa  65.9  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000234402  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1188  putative phage repressor  28.36 
 
 		 234 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267835  normal  0.264486 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2366  peptidase  35.96 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000799679  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2750  phage repressor protein  40.21 
 
 		 240 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1456  phage repressor protein  40.21 
 
 		 240 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal  0.84573 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2829  XRE family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 240 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  32.81 
 
 		 243 aa  63.5  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0232  putative phage repressor  35.58 
 
 		 222 aa  63.5  0.000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52530  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 237 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000132202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4606  transcriptional regulator  32.82 
 
 		 237 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2371  putative phage repressor  36.11 
 
 		 233 aa  61.2  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  31.54 
 
 		 229 aa  61.2  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  33.04 
 
 		 239 aa  61.6  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3211  putative phage repressor  30.26 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.02032 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1065  putative phage repressor  28.15 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.518416  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1648  putative phage repressor  28.29 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00656681  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1272  putative phage repressor  29.32 
 
 		 263 aa  59.7  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.343387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  34.59 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2652  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2128  putative phage repressor  29.32 
 
 		 231 aa  59.3  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  30.08 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1261  putative phage repressor  30.83 
 
 		 236 aa  59.3  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000205761 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2178  putative phage repressor  33.58 
 
 		 213 aa  58.2  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0386181  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1013  DNA-binding protein  39.18 
 
 		 203 aa  58.2  0.0000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.149474  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3589  putative phage repressor  32.26 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136688  hitchhiker  0.00299337 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1024  phage repressor  36 
 
 		 265 aa  57  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.277837  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  32.12 
 
 		 248 aa  56.2  0.0000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  0.00000211881 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0370  putative transcriptional regulator  25.53 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.128546  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  30.91 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0755  transcriptional regulator PrtR  30 
 
 		 256 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.011984  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0889  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  29.6 
 
 		 219 aa  56.2  0.0000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0818  transcriptional regulator  39.18 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.051861  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07960  transcriptional regulator PrtR  30 
 
 		 256 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101148  hitchhiker  0.000834984 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  30 
 
 		 229 aa  55.8  0.0000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2563  putative phage repressor  30 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2990  prophage LambdaSo, Cro/CI family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 272 aa  55.5  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1999  putative phage repressor  30.84 
 
 		 247 aa  55.5  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal  0.25035 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3964  putative phage repressor  32.03 
 
 		 259 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.072898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4549  putative phage repressor  37.93 
 
 		 231 aa  54.3  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1743  putative phage repressor  35.14 
 
 		 235 aa  54.3  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.487543 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2704  putative phage repressor  27.6 
 
 		 269 aa  53.9  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4824  putative phage repressor  30.49 
 
 		 216 aa  53.9  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.852274  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  28.46 
 
 		 229 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1326  putative phage repressor  28.1 
 
 		 204 aa  52.8  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0710  putative phage repressor  29.32 
 
 		 238 aa  52.8  0.000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3044  putative phage repressor  34.96 
 
 		 264 aa  52.8  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2385  putative phage repressor  35.9 
 
 		 130 aa  51.2  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4131  putative phage repressor  25.41 
 
 		 273 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.362406 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1409  putative phage repressor  34.51 
 
 		 210 aa  50.4  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0696097  normal  0.123244 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 229 aa  50.8  0.00003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1011  putative phage repressor  29.46 
 
 		 218 aa  50.1  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.763396  unclonable  0.00000301408 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1094  putative phage repressor  28.49 
 
 		 249 aa  50.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.189719 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1859  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 209 aa  50.4  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1549  Cro/CI family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 283 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188053 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1135  phage repressor  34.74 
 
 		 270 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2054  putative phage repressor  24.06 
 
 		 238 aa  48.9  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000034182  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2091  peptidase S24 S26A and S26B  24.06 
 
 		 238 aa  48.9  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000399055  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0569  phage repressor protein, putative  27.34 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.251206  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1643  repressor protein, putative  30.28 
 
 		 289 aa  47.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.102671  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0316  putative phage repressor protein  28.12 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00907838  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  31.54 
 
 		 233 aa  47.8  0.0002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2330  putative phage repressor  30.61 
 
 		 302 aa  48.1  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.965048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1124  putative phage repressor protein  26.28 
 
 		 239 aa  47.4  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000298454  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0976  putative phage repressor  32.39 
 
 		 284 aa  47.4  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.786838  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0077  phage repressor like transcriptional regulator  35.29 
 
 		 207 aa  47  0.0004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4976  putative phage repressor  28.67 
 
 		 206 aa  46.6  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4049  putative phage repressor  33.68 
 
 		 248 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00309972  hitchhiker  0.0000000001929 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0272  transcriptional regulator, putative  31.58 
 
 		 210 aa  46.2  0.0006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.635671  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0959  hypothetical protein  28.74 
 
 		 115 aa  46.2  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000197643  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>