83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2990 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2990  prophage LambdaSo, Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 272 aa  566  1e-160  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  66.17 
 
 		 243 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  61.63 
 
 		 263 aa  311  6.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  46.85 
 
 		 229 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  46.46 
 
 		 229 aa  216  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1648  putative phage repressor  49.23 
 
 		 230 aa  217  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00656681  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  45.67 
 
 		 229 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2563  putative phage repressor  61.78 
 
 		 225 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  47.13 
 
 		 240 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  61.73 
 
 		 233 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  61.73 
 
 		 233 aa  210  3e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52530  transcriptional regulator  45.88 
 
 		 237 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000132202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4606  transcriptional regulator  45.88 
 
 		 237 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  61.11 
 
 		 233 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  45.38 
 
 		 240 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07960  transcriptional regulator PrtR  56 
 
 		 256 aa  188  7e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101148  hitchhiker  0.000834984 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0755  transcriptional regulator PrtR  42.86 
 
 		 256 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.011984  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3964  putative phage repressor  42.64 
 
 		 259 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.072898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4049  putative phage repressor  53.95 
 
 		 248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00309972  hitchhiker  0.0000000001929 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1135  phage repressor  53.9 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1011  putative phage repressor  40.38 
 
 		 218 aa  142  7e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.763396  unclonable  0.00000301408 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1875  putative phage repressor  36.19 
 
 		 244 aa  138  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2167  putative phage repressor  35.93 
 
 		 244 aa  135  9e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.117586  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0721  transcriptional regulator, putative  43.24 
 
 		 243 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0623  peptidase S24, S26A and S26B  40.97 
 
 		 243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.471102 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3262  putative phage repressor  35.51 
 
 		 241 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4997  transcriptional regulator  32.27 
 
 		 246 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3211  putative phage repressor  32.65 
 
 		 248 aa  89.7  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.02032 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  42.65 
 
 		 209 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 209 aa  77  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  37.31 
 
 		 205 aa  75.5  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  25.76 
 
 		 270 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0582  transcriptional regulator  31.67 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.794333 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4418  putative phage repressor  33.58 
 
 		 213 aa  72.4  0.000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000888993  normal  0.473724 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0998  transcriptional regulator, putative  34.51 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000689636  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0537  transcriptional regulator, putative  30.97 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0576  hypothetical protein  29.45 
 
 		 233 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.664353  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0589  transcriptional regulator  31.19 
 
 		 233 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2128  putative phage repressor  32.21 
 
 		 231 aa  65.1  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0710  putative phage repressor  26.27 
 
 		 238 aa  65.1  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1272  putative phage repressor  32.21 
 
 		 263 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.343387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3983  putative phage repressor  26.38 
 
 		 240 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000900431  normal  0.128218 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  29.34 
 
 		 230 aa  63.9  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0335  putative phage repressor  30.88 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2371  putative phage repressor  34.71 
 
 		 233 aa  62.8  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  26.98 
 
 		 227 aa  60.8  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0370  putative transcriptional regulator  34.06 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.128546  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  29.94 
 
 		 205 aa  58.5  0.0000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  32.35 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1192  putative phage repressor  29.22 
 
 		 252 aa  57.8  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0272  putative phage repressor  30.88 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2067  putative phage repressor  32.54 
 
 		 247 aa  57  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000502138  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3365  putative phage repressor  29.14 
 
 		 215 aa  57  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2114  putative phage repressor  32.54 
 
 		 247 aa  57  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00404649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  32.62 
 
 		 248 aa  55.1  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  0.00000211881 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  30.37 
 
 		 231 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  28.46 
 
 		 264 aa  55.1  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  26.15 
 
 		 264 aa  55.1  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  29.85 
 
 		 214 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2283  putative phage repressor  30.77 
 
 		 292 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00298807  unclonable  0.0000000000471179 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2676  putative phage repressor  28.45 
 
 		 231 aa  54.3  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0135442 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1510  putative phage repressor  28.08 
 
 		 212 aa  52.4  0.000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432994  normal  0.193235 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1326  putative phage repressor  28.68 
 
 		 204 aa  51.2  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0641  putative phage repressor  33.06 
 
 		 263 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0641  prophage MuSo1, Cro/CI family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 240 aa  49.7  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4113  putative phage repressor  30.41 
 
 		 216 aa  49.7  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0271974  hitchhiker  0.00000000858644 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2281  putative phage repressor  29.06 
 
 		 232 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1261  putative phage repressor  30.22 
 
 		 236 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000205761 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0352  putative phage repressor  30.08 
 
 		 261 aa  48.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00411274 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  41.43 
 
 		 75 aa  48.1  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1999  putative phage repressor  26.42 
 
 		 247 aa  47.8  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal  0.25035 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1413  putative phage repressor  28.06 
 
 		 216 aa  48.1  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0602324  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2375  hypothetical protein  31.46 
 
 		 220 aa  47.4  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1643  repressor protein, putative  29.63 
 
 		 289 aa  46.6  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.102671  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0819  putative phage repressor  27.41 
 
 		 229 aa  46.6  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  30.1 
 
 		 239 aa  45.8  0.0008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1024  phage repressor  28.99 
 
 		 265 aa  45.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.277837  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1395  putative phage repressor  28.92 
 
 		 239 aa  45.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1268  repressor protein, putative  31.78 
 
 		 230 aa  45.4  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.019488  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0998  putative phage repressor  23.23 
 
 		 284 aa  44.3  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891083  hitchhiker  0.000269405 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4500  putative phage repressor  25.55 
 
 		 234 aa  43.5  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.145923 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0189  putative phage repressor  24.49 
 
 		 211 aa  43.5  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  36.84 
 
 		 196 aa  43.1  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>