58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1549 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1549  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 283 aa  580  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4131  putative phage repressor  47.02 
 
 		 273 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.362406 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2394  Cro/CI family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 283 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111198  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3398  putative phage repressor  46.34 
 
 		 280 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0077186  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3772  putative phage repressor  43.81 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0262025  unclonable  0.000000544418 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1991  putative phage repressor  43.81 
 
 		 289 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000855833  hitchhiker  0.0000527672 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2131  putative phage repressor  43.3 
 
 		 289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000131906  hitchhiker  0.000000754842 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1188  putative phage repressor  44.37 
 
 		 234 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267835  normal  0.264486 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2330  putative phage repressor  26.98 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.965048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4824  putative phage repressor  35.51 
 
 		 216 aa  70.1  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.852274  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3589  putative phage repressor  30.72 
 
 		 225 aa  70.1  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136688  hitchhiker  0.00299337 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  32.62 
 
 		 230 aa  64.3  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1999  putative phage repressor  27.08 
 
 		 247 aa  63.2  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal  0.25035 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2335  putative phage repressor  33.11 
 
 		 245 aa  63.5  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  unclonable  0.0000000160936 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0780  putative phage repressor  31.76 
 
 		 240 aa  58.5  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00131571  decreased coverage  0.000230988 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2652  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 248 aa  58.5  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3237  putative repressor protein  33.59 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.150382  hitchhiker  0.000476613 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  33.59 
 
 		 251 aa  56.2  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2959  prophage MuMc02, S24 family peptidase  35.4 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2034  putative phage repressor  30.6 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00109753  normal  0.0598759 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  28.21 
 
 		 219 aa  53.9  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2620  putative phage repressor  31.9 
 
 		 144 aa  53.1  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0332689 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3365  putative phage repressor  27.34 
 
 		 215 aa  52  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0641  prophage MuSo1, Cro/CI family transcriptional regulator  21.97 
 
 		 240 aa  52  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2704  putative phage repressor  27.7 
 
 		 269 aa  51.6  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0352  putative phage repressor  25.64 
 
 		 261 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00411274 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1166  phage-related repressor protein  24.84 
 
 		 233 aa  51.2  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000408495  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0648  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 245 aa  51.2  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.19  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0272  putative phage repressor  28.95 
 
 		 235 aa  51.2  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  23.37 
 
 		 264 aa  51.2  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0789  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 245 aa  51.2  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000234402  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  28.28 
 
 		 248 aa  50.8  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  0.00000211881 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  23.37 
 
 		 264 aa  50.1  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0232  putative phage repressor  34.75 
 
 		 222 aa  50.1  0.00004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2067  putative phage repressor  28.95 
 
 		 247 aa  49.3  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000502138  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2371  putative phage repressor  30.41 
 
 		 233 aa  49.3  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0335  putative phage repressor  25.79 
 
 		 230 aa  49.3  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  25.18 
 
 		 239 aa  48.9  0.00009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1510  putative phage repressor  29.31 
 
 		 212 aa  48.9  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432994  normal  0.193235 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2543  putative phage repressor  24.62 
 
 		 289 aa  48.9  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1066  putative phage repressor  25.58 
 
 		 224 aa  48.9  0.0001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000341462  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4113  putative phage repressor  30.84 
 
 		 216 aa  48.5  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0271974  hitchhiker  0.00000000858644 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2283  putative phage repressor  34.09 
 
 		 292 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00298807  unclonable  0.0000000000471179 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3869  peptidase  34.78 
 
 		 218 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1124  putative phage repressor protein  27.41 
 
 		 239 aa  47.4  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000298454  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2114  putative phage repressor  28.07 
 
 		 247 aa  46.6  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00404649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2791  XRE family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 139 aa  46.6  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4132  repressor protein c2, putative  40 
 
 		 217 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1743  putative phage repressor  47.54 
 
 		 235 aa  46.2  0.0005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.487543 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  31.4 
 
 		 227 aa  45.8  0.0008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0316  putative phage repressor protein  27.13 
 
 		 244 aa  45.8  0.0009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00907838  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 228 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0569  phage repressor protein, putative  27.59 
 
 		 244 aa  44.7  0.002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.251206  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1096  putative phage repressor  28.95 
 
 		 219 aa  43.5  0.004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0889323  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2178  putative phage repressor  31.86 
 
 		 213 aa  43.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0386181  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0805  conserved hypothetical protein, putative peptidase S24  26.56 
 
 		 211 aa  43.1  0.005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  27.74 
 
 		 205 aa  42.7  0.006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0872  peptidase S26 family protein  40.58 
 
 		 110 aa  43.1  0.006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.414404  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>