105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3443 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 228 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  58.53 
 
 		 229 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  45.21 
 
 		 216 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  41.74 
 
 		 218 aa  144  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4132  repressor protein c2, putative  39.17 
 
 		 217 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  40.58 
 
 		 216 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  40.58 
 
 		 216 aa  141  8e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  40.58 
 
 		 216 aa  141  8e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3869  peptidase  39.17 
 
 		 218 aa  139  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4603  peptidase  42.99 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0571  repressor protein c2  43.46 
 
 		 215 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.72773  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1853  putative prophage repressor  41.04 
 
 		 221 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0159907  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3399  XRE family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 221 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2750  phage repressor protein  39.47 
 
 		 240 aa  131  7.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1456  phage repressor protein  39.47 
 
 		 240 aa  131  7.999999999999999e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal  0.84573 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2829  XRE family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 240 aa  131  7.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1970  XRE family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 229 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.118852  normal  0.0462481 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4010  repressor protein cI  40.93 
 
 		 234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895282  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1607  putative prophage repressor  38.74 
 
 		 221 aa  116  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385994  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01954  hypothetical protein  35.75 
 
 		 221 aa  115  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2924  repressor protein  33.8 
 
 		 231 aa  111  9e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.38721e-16 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 222 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  36.97 
 
 		 230 aa  105  8e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3033  transcriptional repressor pyocin R2_PP  32.62 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593643  normal  0.0855736 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1083  peptidase, S24 family  47.62 
 
 		 133 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.501278  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0293  prophage repressor  32.71 
 
 		 237 aa  98.6  8e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.830345 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  30.22 
 
 		 216 aa  95.1  8e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1883  XRE family transcriptional regulator  64.38 
 
 		 143 aa  94.4  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000758221  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  33.67 
 
 		 236 aa  92.4  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000124176  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3421  repressor protein c2  31.58 
 
 		 243 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000122682  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3102  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 240 aa  90.9  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0669048  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  32.75 
 
 		 220 aa  89.4  4e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  35.47 
 
 		 235 aa  89.4  4e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1808  XRE family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 235 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630846  normal  0.212121 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  31.79 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3660  putative prophage repressor  29.47 
 
 		 232 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000108036  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4068  Cro/CI family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 234 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0144241  unclonable  0.00000065299 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0617  peptidase S24, S26A and S26B  33.5 
 
 		 225 aa  81.3  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3666  XRE family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 217 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100264  decreased coverage  0.0000000000010366 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1773  putative prophage repressor  29.76 
 
 		 224 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000495428  hitchhiker  0.00108243 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 204 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1772  putative prophage repressor  29.81 
 
 		 217 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000601077  decreased coverage  0.000377038 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1339  putative prophage repressor  30.81 
 
 		 219 aa  77.4  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520189 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 209 aa  77  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2366  peptidase  29.31 
 
 		 222 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000799679  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2501  peptidase S24 and S26 domain protein  34.35 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.241026  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2713  transcriptional regulator, XRE family  28.7 
 
 		 222 aa  62.8  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1929  peptidase S24/S26 domain-containing protein  29.49 
 
 		 215 aa  62  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0221761  hitchhiker  0.0000000154774 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  26.17 
 
 		 212 aa  62  0.000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  26.42 
 
 		 213 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2539  peptidase S24/S26 domain-containing protein  32.82 
 
 		 149 aa  55.1  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692907 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0989  S24 family peptidase  26.64 
 
 		 239 aa  53.9  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0927  SOS-response transcriptional repressor, LexA  36.43 
 
 		 206 aa  54.3  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  30.69 
 
 		 227 aa  53.1  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1516  hypothetical protein  35.42 
 
 		 120 aa  50.4  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.314298 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0458  putative prophage repressor  37.36 
 
 		 202 aa  50.8  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0671085  normal  0.466912 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3896  Cro/CI family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 215 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1142  SOS-response transcriptional repressor, LexA  36.45 
 
 		 201 aa  48.9  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00201645  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  27.15 
 
 		 219 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2172  hypothetical protein  35.29 
 
 		 126 aa  47.8  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0191  hypothetical protein  22.71 
 
 		 215 aa  47  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2054  putative phage repressor  23.48 
 
 		 238 aa  47  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000034182  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2091  peptidase S24 S26A and S26B  23.48 
 
 		 238 aa  47  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000399055  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1577  peptidase S24-like domain-containing protein  25.5 
 
 		 216 aa  47.4  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555461  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0100  protein MucA  39.08 
 
 		 147 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.903241  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 212 aa  45.8  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 229 aa  46.2  0.0005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0580  repressor protein C2  31.17 
 
 		 238 aa  45.8  0.0005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1579  transcriptional repressor, LexA family  33.33 
 
 		 202 aa  45.8  0.0005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1232  transcriptional repressor, LexA family  30.64 
 
 		 209 aa  45.4  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7466  LexA repressor  31.54 
 
 		 240 aa  45.4  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0525959  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1549  Cro/CI family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 283 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188053 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1549  SOS mutagenesis protein UmuD  32.97 
 
 		 186 aa  44.3  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.093809 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1874  LexA repressor  29.84 
 
 		 228 aa  45.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.879574  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1400  LexA repressor  26.58 
 
 		 207 aa  44.7  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00035573  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1427  LexA repressor  26.58 
 
 		 207 aa  44.7  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000910352  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2108  peptidase S24/S26 domain-containing protein  33.09 
 
 		 210 aa  44.7  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261828  normal  0.0258179 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  22.17 
 
 		 209 aa  44.7  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1814  SOS-response transcriptional repressor, LexA  34.4 
 
 		 228 aa  44.3  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.105168  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2243  LexA repressor  35.06 
 
 		 198 aa  44.3  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16001  putative SOS mutagenesis protein UmuD  39.44 
 
 		 158 aa  43.5  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.805764 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09221  putative SOS mutagenesis protein UmuD  32.76 
 
 		 138 aa  44.3  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  decreased coverage  0.00588824  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1758  transcriptional repressor, LexA family  31.58 
 
 		 201 aa  44.3  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000113097  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2384  putative phage repressor  32.56 
 
 		 210 aa  43.9  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0891  peptidase S24 and S26 domain protein  32.61 
 
 		 338 aa  43.5  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.352562  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1236  LexA repressor  29.49 
 
 		 207 aa  44.3  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000635507  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2490  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32.56 
 
 		 201 aa  43.5  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3974  LexA repressor  35.63 
 
 		 219 aa  43.9  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1617  LexA repressor  30.81 
 
 		 203 aa  43.1  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09241  putative SOS mutagenesis protein UmuD  32.76 
 
 		 138 aa  43.1  0.003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2020  LexA repressor  30.77 
 
 		 242 aa  43.5  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.775144 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1739  LexA repressor  34.11 
 
 		 202 aa  42.7  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1439  SOS-response transcriptional repressor, LexA  29.76 
 
 		 201 aa  43.1  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2558  LexA repressor  30.77 
 
 		 224 aa  42.7  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.031889  normal  0.0134465 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2060  putative phage repressor  37.5 
 
 		 210 aa  43.1  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1841  LexA repressor  28.1 
 
 		 233 aa  42.4  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.924658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10191  putative SOS mutagenesis protein UmuD  34.15 
 
 		 143 aa  42.4  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0147  hypothetical protein  29.79 
 
 		 234 aa  42.4  0.007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1901  SOS-response transcriptional repressor, LexA  33.96 
 
 		 200 aa  42.4  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0755  transcriptional regulator PrtR  39.06 
 
 		 256 aa  42  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.011984  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>