65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4010 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4010  repressor protein cI  100 
 
 		 234 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895282  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2829  XRE family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 240 aa  172  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1456  phage repressor protein  41.45 
 
 		 240 aa  172  5e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal  0.84573 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2750  phage repressor protein  41.45 
 
 		 240 aa  172  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 222 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3102  XRE family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 240 aa  145  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0669048  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0293  prophage repressor  35.78 
 
 		 237 aa  143  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.830345 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  38.1 
 
 		 216 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 229 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  35.5 
 
 		 218 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1970  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 229 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.118852  normal  0.0462481 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  31.75 
 
 		 216 aa  108  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  32.86 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  32.86 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0571  repressor protein c2  36.36 
 
 		 215 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.72773  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4603  peptidase  34.67 
 
 		 229 aa  105  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4132  repressor protein c2, putative  42.47 
 
 		 217 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01954  hypothetical protein  32.56 
 
 		 221 aa  102  4e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3399  XRE family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 221 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1853  putative prophage repressor  32.55 
 
 		 221 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0159907  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3869  peptidase  42.47 
 
 		 218 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2924  repressor protein  30.77 
 
 		 231 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.38721e-16 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1083  peptidase, S24 family  40.32 
 
 		 133 aa  89  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.501278  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  31.63 
 
 		 216 aa  87.8  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1607  putative prophage repressor  31.53 
 
 		 221 aa  80.1  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385994  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3421  repressor protein c2  35.16 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000122682  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3660  putative prophage repressor  27.91 
 
 		 232 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000108036  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3033  transcriptional repressor pyocin R2_PP  35.16 
 
 		 243 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593643  normal  0.0855736 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  29.85 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000124176  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  29.02 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0617  peptidase S24, S26A and S26B  37.04 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  29.58 
 
 		 207 aa  61.6  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1929  peptidase S24/S26 domain-containing protein  31.3 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0221761  hitchhiker  0.0000000154774 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1773  putative prophage repressor  23.18 
 
 		 224 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000495428  hitchhiker  0.00108243 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 204 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3666  XRE family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 217 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100264  decreased coverage  0.0000000000010366 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4068  Cro/CI family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0144241  unclonable  0.00000065299 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1772  putative prophage repressor  25.45 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000601077  decreased coverage  0.000377038 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  27.75 
 
 		 235 aa  52.8  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1619  putative phage repressor  27.46 
 
 		 237 aa  50.8  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0134521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1409  putative phage repressor  26 
 
 		 210 aa  51.2  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0696097  normal  0.123244 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2713  transcriptional regulator, XRE family  30.22 
 
 		 222 aa  50.1  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1808  XRE family transcriptional regulator  23.18 
 
 		 235 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630846  normal  0.212121 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  23.56 
 
 		 220 aa  49.7  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2490  SOS-response transcriptional repressor, LexA  29.93 
 
 		 201 aa  49.3  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2501  peptidase S24 and S26 domain protein  32.85 
 
 		 224 aa  48.9  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.241026  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1577  peptidase S24-like domain-containing protein  26.9 
 
 		 216 aa  47.4  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555461  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3152  LexA repressor  30.56 
 
 		 205 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1758  transcriptional repressor, LexA family  27.01 
 
 		 201 aa  47.4  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000113097  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0580  repressor protein C2  26.9 
 
 		 238 aa  47  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2792  LexA repressor  31.45 
 
 		 202 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.147289  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2520  LexA repressor  32.26 
 
 		 205 aa  45.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0774546  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0191  hypothetical protein  29.29 
 
 		 215 aa  43.9  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1054  SOS-response transcriptional repressor, LexA  30.23 
 
 		 241 aa  43.9  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.675228 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0987  XRE family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 261 aa  42.7  0.004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.000000124238  decreased coverage  8.983340000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1543  transcriptional repressor, LexA family  30.4 
 
 		 205 aa  43.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00734536 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1868  LexA repressor  30.4 
 
 		 205 aa  43.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1516  hypothetical protein  34.48 
 
 		 120 aa  42.7  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.314298 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  27.23 
 
 		 209 aa  42.4  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 161 aa  42  0.008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  26.64 
 
 		 209 aa  42  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0572  repressor LexA  26.32 
 
 		 244 aa  42  0.009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0263209 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1439  SOS-response transcriptional repressor, LexA  31.96 
 
 		 201 aa  41.6  0.01  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>