49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1808 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_1808  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
235 aa  483  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630846  normal  0.212121 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4068  Cro/CI family transcriptional regulator  80.43 
 
 
234 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0144241  unclonable  0.00000065299 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1773  putative prophage repressor  76.79 
 
 
224 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000495428  hitchhiker  0.00108243 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3666  XRE family transcriptional regulator  48.4 
 
 
217 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100264  decreased coverage  0.0000000000010366 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1772  putative prophage repressor  48.4 
 
 
217 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000601077  decreased coverage  0.000377038 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3660  putative prophage repressor  45.08 
 
 
232 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000108036  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4603  peptidase  36.44 
 
 
229 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0571  repressor protein c2  37.61 
 
 
215 aa  158  9e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.72773  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01954  hypothetical protein  32.14 
 
 
221 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2924  repressor protein  32.89 
 
 
231 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  4.38721e-16 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3399  XRE family transcriptional regulator  31.02 
 
 
221 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1853  putative prophage repressor  31.02 
 
 
221 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0159907  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  33.02 
 
 
216 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4132  repressor protein c2, putative  32.37 
 
 
217 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1083  peptidase, S24 family  41.22 
 
 
133 aa  105  6e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.501278  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3869  peptidase  30.99 
 
 
218 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1970  XRE family transcriptional regulator  31.08 
 
 
229 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.118852  normal  0.0462481 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2829  XRE family transcriptional regulator  29.63 
 
 
240 aa  89  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2750  phage repressor protein  29.63 
 
 
240 aa  89  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1456  phage repressor protein  29.63 
 
 
240 aa  89  6e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal  0.84573 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  28.64 
 
 
216 aa  88.6  8e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  28.64 
 
 
216 aa  88.6  8e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  28.38 
 
 
216 aa  87.8  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  30.24 
 
 
228 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0293  prophage repressor  27.56 
 
 
237 aa  85.1  9e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.830345 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  27.31 
 
 
216 aa  75.9  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3102  XRE family transcriptional regulator  26.13 
 
 
240 aa  75.5  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0669048  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  26.83 
 
 
218 aa  74.3  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  25.85 
 
 
229 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  27.44 
 
 
207 aa  63.2  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  24.31 
 
 
212 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  29.41 
 
 
235 aa  57.4  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  34.78 
 
 
220 aa  57.4  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  27.93 
 
 
222 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  24.31 
 
 
230 aa  53.1  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1607  putative prophage repressor  25.55 
 
 
221 aa  53.5  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385994  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4010  repressor protein cI  24.55 
 
 
234 aa  51.6  0.000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895282  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3033  transcriptional repressor pyocin R2_PP  25 
 
 
243 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593643  normal  0.0855736 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3421  repressor protein c2  34.78 
 
 
243 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000122682  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1406  repressor protein  25.69 
 
 
211 aa  50.1  0.00003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0402463  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1929  peptidase S24/S26 domain-containing protein  29.71 
 
 
215 aa  45.8  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0221761  hitchhiker  0.0000000154774 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09221  putative SOS mutagenesis protein UmuD  31.25 
 
 
138 aa  44.7  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  decreased coverage  0.00588824  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1183  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  25.12 
 
 
217 aa  44.7  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.186199 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  23.79 
 
 
236 aa  43.9  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000124176  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09241  putative SOS mutagenesis protein UmuD  31.25 
 
 
138 aa  43.9  0.002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0863  SOS mutagenesis protein UmuD  31.25 
 
 
138 aa  43.5  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0265877  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10191  putative SOS mutagenesis protein UmuD  30.21 
 
 
143 aa  43.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1291  putative SOS mutagenesis protein UmuD  30.84 
 
 
147 aa  42.7  0.005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172985  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14260  Helix-turn-helix protein  36.54 
 
 
291 aa  42.7  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>