76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1516 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1516  hypothetical protein  100 
 
 		 120 aa  242  9.999999999999999e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.314298 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2172  hypothetical protein  42.98 
 
 		 126 aa  93.2  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  40 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  37.08 
 
 		 235 aa  57.4  0.00000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 204 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0617  peptidase S24, S26A and S26B  34.78 
 
 		 225 aa  50.8  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2924  repressor protein  30 
 
 		 231 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.38721e-16 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0293  prophage repressor  30 
 
 		 237 aa  50.8  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.830345 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 228 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0215  phage repressor protein, putative  37.84 
 
 		 209 aa  49.7  0.00001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0406422  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 222 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2108  peptidase S24/S26 domain-containing protein  29.59 
 
 		 210 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261828  normal  0.0258179 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1183  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  31.07 
 
 		 217 aa  48.1  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.186199 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 209 aa  47  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 229 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2384  putative phage repressor  28.57 
 
 		 210 aa  47  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0234  LexA family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 210 aa  45.8  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  35 
 
 		 207 aa  46.2  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1469  putative phage repressor  35.53 
 
 		 225 aa  45.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.416764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2060  putative phage repressor  29.55 
 
 		 210 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1803  LexA repressor  32.61 
 
 		 231 aa  45.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00193546  normal  0.136628 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1874  LexA repressor  32.26 
 
 		 228 aa  44.7  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.879574  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1932  LexA repressor  32 
 
 		 207 aa  44.7  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.424325  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7466  LexA repressor  31.87 
 
 		 240 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0525959  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  31.17 
 
 		 206 aa  45.1  0.0004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6716  LexA repressor  31.87 
 
 		 239 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3902  transcriptional repressor, LexA family  33.33 
 
 		 263 aa  44.3  0.0006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0557  putative phage repressor  33.77 
 
 		 210 aa  44.3  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3779  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32 
 
 		 207 aa  44.3  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1854  putative phage repressor  35.21 
 
 		 241 aa  43.9  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0873919 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2091  peptidase S24 S26A and S26B  35.38 
 
 		 238 aa  43.9  0.0007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000399055  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2054  putative phage repressor  35.38 
 
 		 238 aa  43.9  0.0007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000034182  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4562  SOS-response transcriptional repressor, LexA  29.76 
 
 		 227 aa  43.9  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.547089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1970  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 229 aa  43.9  0.0007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.118852  normal  0.0462481 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4030  putative phage repressor  30.68 
 
 		 217 aa  43.9  0.0008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0927  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32.32 
 
 		 206 aa  43.9  0.0008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1739  LexA repressor  31.07 
 
 		 202 aa  43.5  0.0009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2501  peptidase S24 and S26 domain protein  31.58 
 
 		 224 aa  43.5  0.0009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.241026  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2020  LexA repressor  32.88 
 
 		 242 aa  43.5  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.775144 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0583  bacteriophage repressor protein  34.67 
 
 		 224 aa  43.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0989  S24 family peptidase  39.71 
 
 		 239 aa  43.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10620  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32.53 
 
 		 234 aa  43.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.445804  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2750  phage repressor protein  34.74 
 
 		 240 aa  43.5  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0435  putative phage repressor  34.78 
 
 		 214 aa  43.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3102  XRE family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 240 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0669048  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2829  XRE family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 240 aa  43.5  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0734  putative phage repressor  34.72 
 
 		 223 aa  43.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.179143  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1456  phage repressor protein  34.74 
 
 		 240 aa  43.5  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal  0.84573 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1054  SOS-response transcriptional repressor, LexA  33.33 
 
 		 241 aa  43.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.675228 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  34.62 
 
 		 235 aa  42.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4010  repressor protein cI  34.48 
 
 		 234 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895282  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  33.91 
 
 		 216 aa  42.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5148  LexA repressor  31.51 
 
 		 240 aa  42.7  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.160291  normal  0.0920185 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5225  LexA repressor  31.51 
 
 		 240 aa  42.7  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.630242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4683  LexA repressor  31.51 
 
 		 240 aa  42.7  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0549  putative phage repressor  28.05 
 
 		 210 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.296797  normal  0.036934 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0466  peptidase S24  33.33 
 
 		 210 aa  42.4  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1142  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32.88 
 
 		 201 aa  42  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00201645  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  35.87 
 
 		 218 aa  41.6  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2425  LexA repressor  33.33 
 
 		 205 aa  42  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1232  LexA repressor  26.19 
 
 		 250 aa  41.6  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0475766  normal  0.0166325 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2883  LexA repressor  33.33 
 
 		 231 aa  41.6  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  32.1 
 
 		 209 aa  41.6  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1853  putative prophage repressor  31.82 
 
 		 221 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0159907  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3399  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 221 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1008  repressor lexA  29.76 
 
 		 204 aa  40.8  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000183008  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2782  LexA repressor  28.74 
 
 		 235 aa  40.8  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0386684  hitchhiker  0.000588647 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1630  LexA repressor  36.23 
 
 		 216 aa  40.8  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.5985 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1409  LexA family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 258 aa  40.8  0.007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0567372  decreased coverage  0.00000225039 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0580  repressor protein C2  35.62 
 
 		 238 aa  40.4  0.008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1577  peptidase S24-like domain-containing protein  35.62 
 
 		 216 aa  40.4  0.008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555461  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3151  Repressor lexA  32.94 
 
 		 154 aa  40.4  0.009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.662921  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1495  LexA repressor  31.76 
 
 		 222 aa  40.4  0.009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000262911  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2520  LexA repressor  36.84 
 
 		 205 aa  40  0.009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0774546  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27590  SOS-response transcriptional repressor, LexA  29.76 
 
 		 235 aa  40.4  0.009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0863  putative phage repressor  38.46 
 
 		 210 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.767338  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>