123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0557 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0557  putative phage repressor  100 
 
 		 210 aa  427  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0466  peptidase S24  91.9 
 
 		 210 aa  395  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0757  putative phage repressor  85.58 
 
 		 208 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  0.361734 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0863  putative phage repressor  80.95 
 
 		 210 aa  358  2e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.767338  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4624  putative phage repressor  83.81 
 
 		 210 aa  340  1e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0786  putative phage repressor  83.33 
 
 		 210 aa  334  5e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.775153 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1469  putative phage repressor  60 
 
 		 225 aa  285  2.9999999999999996e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.416764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4030  putative phage repressor  59.91 
 
 		 217 aa  271  6e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0435  putative phage repressor  59.52 
 
 		 214 aa  259  3e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0549  putative phage repressor  57.55 
 
 		 210 aa  250  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.296797  normal  0.036934 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2108  peptidase S24/S26 domain-containing protein  55.24 
 
 		 210 aa  248  4e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261828  normal  0.0258179 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2060  putative phage repressor  55.24 
 
 		 210 aa  248  4e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2384  putative phage repressor  54.76 
 
 		 210 aa  247  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0583  bacteriophage repressor protein  59.82 
 
 		 224 aa  246  3e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0792  S24 family peptidase  58.26 
 
 		 218 aa  238  4e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.597552  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0743  S24 family peptidase  58.26 
 
 		 218 aa  238  4e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631909  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0018  putative phage repressor  59.35 
 
 		 214 aa  238  6.999999999999999e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0133  putative phage repressor  53.95 
 
 		 219 aa  226  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.149707  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0218  putative phage repressor  58.67 
 
 		 225 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.528514  normal  0.247085 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0189  putative phage repressor  57.78 
 
 		 225 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0139  putative phage repressor  58.6 
 
 		 215 aa  214  9e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.378141 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0734  putative phage repressor  49.33 
 
 		 223 aa  211  7e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.179143  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3256  peptidase S24/S26 domain-containing protein  46.6 
 
 		 209 aa  204  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.515672  normal  0.0963352 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4537  peptidase S24/S26 domain-containing protein  45.41 
 
 		 209 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0516  putative phage repressor  46.89 
 
 		 208 aa  175  4e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.431042 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2230  hypothetical protein  41.11 
 
 		 217 aa  135  6.0000000000000005e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2380  peptidase S24, S26A and S26B  41.35 
 
 		 421 aa  83.6  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000103067  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3983  putative phage repressor  40 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000900431  normal  0.128218 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1911  putative phage repressor  35.2 
 
 		 331 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0192387  normal  0.0833716 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3896  Cro/CI family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 215 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3217  putative phage repressor  37.62 
 
 		 236 aa  63.2  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0111001  normal  0.682159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5832  putative LexA repressor  29.5 
 
 		 206 aa  62.4  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.280806  normal  0.53556 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1193  putative phage repressor  31.66 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0826973  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1854  putative phage repressor  32.73 
 
 		 241 aa  57.8  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0873919 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1406  repressor protein  26.09 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0402463  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1918  putative phage repressor  26.02 
 
 		 238 aa  57  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.514362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0789  putative phage repressor  28.85 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000233571 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1929  peptidase S24/S26 domain-containing protein  32.73 
 
 		 215 aa  53.1  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0221761  hitchhiker  0.0000000154774 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1874  LexA repressor  38.55 
 
 		 228 aa  52  0.000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.879574  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3556  repressor protein CI  32.26 
 
 		 235 aa  52  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.860167  hitchhiker  9.00539e-18 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  33.33 
 
 		 235 aa  51.6  0.000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1686  putative phage repressor  29.59 
 
 		 220 aa  51.6  0.000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2767  transcriptional regulator  29.17 
 
 		 191 aa  51.2  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.449459  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3423  bacteriophage repressor protein C1  29.37 
 
 		 191 aa  51.2  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  27.37 
 
 		 231 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2959  prophage MuMc02, S24 family peptidase  30.66 
 
 		 193 aa  49.7  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1096  putative phage repressor  29.07 
 
 		 219 aa  49.7  0.00003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0889323  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0130  putative prophage repressor  36.23 
 
 		 216 aa  49.3  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1135  LexA repressor  37.35 
 
 		 241 aa  49.3  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.725643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  28.57 
 
 		 196 aa  49.3  0.00005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0472  Cro/CI family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 224 aa  48.5  0.00007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404493 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2142  LexA repressor  38.64 
 
 		 232 aa  48.5  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.196477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7466  LexA repressor  39.53 
 
 		 240 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0525959  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2539  peptidase S24/S26 domain-containing protein  30.56 
 
 		 149 aa  47.8  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692907 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2020  LexA repressor  38.37 
 
 		 242 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.775144 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6716  LexA repressor  39.53 
 
 		 239 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2561  LexA repressor  37.21 
 
 		 239 aa  47  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.936148  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  32.61 
 
 		 230 aa  47.4  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5148  LexA repressor  37.21 
 
 		 240 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.160291  normal  0.0920185 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4683  LexA repressor  37.21 
 
 		 240 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5225  LexA repressor  37.21 
 
 		 240 aa  47  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.630242  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1791  LexA repressor  36.05 
 
 		 239 aa  46.2  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.117655  hitchhiker  0.00108094 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1673  putative phage repressor  27.88 
 
 		 233 aa  46.6  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.219867  normal  0.134588 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1503  LexA repressor  26.15 
 
 		 239 aa  46.6  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.106376 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0617  peptidase S24, S26A and S26B  27.27 
 
 		 225 aa  45.8  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3831  putative phage repressor  32.23 
 
 		 246 aa  46.2  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1598  LexA repressor  36.05 
 
 		 239 aa  46.2  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1678  LexA repressor  32.12 
 
 		 236 aa  46.2  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.29341 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2501  peptidase S24 and S26 domain protein  30.65 
 
 		 224 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.241026  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1183  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  34.62 
 
 		 217 aa  45.4  0.0005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.186199 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2911  putative phage repressor  25.38 
 
 		 217 aa  45.4  0.0005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000204879  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0145  LexA repressor  36.36 
 
 		 253 aa  45.8  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0813581  normal  0.028375 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  21.86 
 
 		 205 aa  45.4  0.0006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5792  putative phage repressor  29.63 
 
 		 230 aa  45.4  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.396613  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 204 aa  45.1  0.0007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  21.08 
 
 		 206 aa  45.4  0.0007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0147  hypothetical protein  37.89 
 
 		 234 aa  45.1  0.0008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1320  putative phage repressor  26.04 
 
 		 211 aa  45.1  0.0009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.260786 
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  23.5 
 
 		 217 aa  44.7  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  23.5 
 
 		 217 aa  44.7  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  23.5 
 
 		 217 aa  44.7  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0215  phage repressor protein, putative  23.98 
 
 		 209 aa  44.7  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0406422  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0165  hypothetical protein  28.97 
 
 		 227 aa  44.3  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  25.45 
 
 		 235 aa  44.3  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2883  LexA repressor  38.37 
 
 		 231 aa  44.3  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1353  LexA repressor  36.05 
 
 		 238 aa  44.3  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2045  LexA repressor  36.05 
 
 		 239 aa  44.3  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.613355  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1398  putative phage repressor  29 
 
 		 225 aa  44.7  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0293  prophage repressor  33.33 
 
 		 237 aa  44.3  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.830345 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2924  repressor protein  33.33 
 
 		 231 aa  44.3  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.38721e-16 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1516  hypothetical protein  33.77 
 
 		 120 aa  44.3  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.314298 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4418  putative phage repressor  24.44 
 
 		 213 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000888993  normal  0.473724 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3844  XRE family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 217 aa  43.9  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3589  putative phage repressor  29.89 
 
 		 225 aa  43.5  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136688  hitchhiker  0.00299337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1188  putative phage repressor  31.71 
 
 		 234 aa  43.1  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267835  normal  0.264486 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2746  peptidase S24/S26 domain-containing protein  35.06 
 
 		 152 aa  43.1  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0352  putative phage repressor  27.78 
 
 		 261 aa  43.1  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00411274 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1642  LexA repressor  34.88 
 
 		 236 aa  42.7  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.217888  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  27.89 
 
 		 206 aa  42.7  0.004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>