43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1398 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_1398  putative phage repressor  100 
 
 
225 aa  463  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3844  XRE family transcriptional regulator  53.74 
 
 
217 aa  230  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3040  putative phage repressor  48.33 
 
 
211 aa  168  5e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6554  putative phage repressor  38.57 
 
 
245 aa  131  7.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.024132  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4082  putative phage repressor  40.21 
 
 
227 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5950  putative phage repressor  38.57 
 
 
227 aa  127  9.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47143  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1193  putative phage repressor  36.6 
 
 
230 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0826973  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5832  putative LexA repressor  41.09 
 
 
206 aa  105  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.280806  normal  0.53556 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3576  putative phage repressor  36.46 
 
 
220 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3360  putative phage repressor  35.07 
 
 
214 aa  94.4  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3689  putative phage repressor  33.33 
 
 
227 aa  83.6  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  32.99 
 
 
196 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1854  putative phage repressor  30.43 
 
 
241 aa  77.8  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0873919 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2457  peptidase S24 and S26 domain protein  39.26 
 
 
244 aa  76.3  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.16155  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0633  putative phage repressor  33.7 
 
 
208 aa  70.1  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5792  putative phage repressor  33.33 
 
 
230 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.396613  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0691  hypothetical protein  33.8 
 
 
215 aa  65.1  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00140732  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0751  hypothetical protein  33.1 
 
 
215 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6165  hypothetical protein  44.44 
 
 
110 aa  62.4  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203804  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1682  hypothetical protein  26.63 
 
 
216 aa  59.7  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.704412 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0975  putative phage repressor  32.48 
 
 
203 aa  58.9  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3771  hypothetical protein  27.83 
 
 
234 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00553351  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1320  putative phage repressor  28.02 
 
 
211 aa  57  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.260786 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3423  bacteriophage repressor protein C1  32.31 
 
 
191 aa  56.6  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2767  transcriptional regulator  32.31 
 
 
191 aa  56.2  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.449459  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1686  putative phage repressor  32.02 
 
 
220 aa  55.1  0.0000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0789  putative phage repressor  28.57 
 
 
238 aa  52.4  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000233571 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0583  bacteriophage repressor protein  28.79 
 
 
224 aa  52  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  26 
 
 
206 aa  51.6  0.00001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0549  putative phage repressor  27.32 
 
 
210 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.296797  normal  0.036934 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2060  putative phage repressor  29.65 
 
 
210 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0863  putative phage repressor  34 
 
 
210 aa  48.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.767338  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0757  putative phage repressor  30 
 
 
208 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  0.361734 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2108  peptidase S24/S26 domain-containing protein  27.72 
 
 
210 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261828  normal  0.0258179 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2384  putative phage repressor  26.5 
 
 
210 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4030  putative phage repressor  28.77 
 
 
217 aa  46.2  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0018  putative phage repressor  27.04 
 
 
214 aa  45.4  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00940  transcriptional regulator  28.8 
 
 
240 aa  45.4  0.0008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.255625  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0557  putative phage repressor  29 
 
 
210 aa  44.7  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3556  repressor protein CI  26.43 
 
 
235 aa  44.3  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.860167  hitchhiker  9.00539e-18 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0466  peptidase S24  30 
 
 
210 aa  43.9  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0786  putative phage repressor  30 
 
 
210 aa  42.4  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.775153 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4624  putative phage repressor  29 
 
 
210 aa  42  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>