97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0139 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0139  putative phage repressor  100 
 
 		 215 aa  436  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.378141 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4030  putative phage repressor  65.3 
 
 		 217 aa  298  6e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0218  putative phage repressor  72 
 
 		 225 aa  281  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.528514  normal  0.247085 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0792  S24 family peptidase  68.18 
 
 		 218 aa  280  9e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.597552  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0743  S24 family peptidase  68.18 
 
 		 218 aa  280  9e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631909  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0189  putative phage repressor  71.56 
 
 		 225 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0466  peptidase S24  60.47 
 
 		 210 aa  272  3e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0018  putative phage repressor  66.2 
 
 		 214 aa  271  7e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1469  putative phage repressor  60.35 
 
 		 225 aa  270  9e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.416764  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0583  bacteriophage repressor protein  65.04 
 
 		 224 aa  268  4e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0557  putative phage repressor  58.6 
 
 		 210 aa  268  5.9999999999999995e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0757  putative phage repressor  58.14 
 
 		 208 aa  264  8e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  0.361734 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0863  putative phage repressor  58.06 
 
 		 210 aa  261  4e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.767338  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0549  putative phage repressor  58.99 
 
 		 210 aa  249  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.296797  normal  0.036934 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0435  putative phage repressor  57.87 
 
 		 214 aa  245  4.9999999999999997e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2060  putative phage repressor  58.33 
 
 		 210 aa  244  9e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2384  putative phage repressor  57.87 
 
 		 210 aa  242  3e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2108  peptidase S24/S26 domain-containing protein  57.41 
 
 		 210 aa  241  9e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261828  normal  0.0258179 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4624  putative phage repressor  58.06 
 
 		 210 aa  228  7e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0786  putative phage repressor  57.14 
 
 		 210 aa  221  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.775153 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0133  putative phage repressor  53.67 
 
 		 219 aa  219  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.149707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0734  putative phage repressor  52.02 
 
 		 223 aa  218  6e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.179143  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3256  peptidase S24/S26 domain-containing protein  50.47 
 
 		 209 aa  211  5.999999999999999e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.515672  normal  0.0963352 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4537  peptidase S24/S26 domain-containing protein  47.64 
 
 		 209 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0516  putative phage repressor  45.83 
 
 		 208 aa  169  4e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.431042 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2230  hypothetical protein  41.34 
 
 		 217 aa  132  5e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2380  peptidase S24, S26A and S26B  36.79 
 
 		 421 aa  72  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000103067  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3896  Cro/CI family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 215 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3983  putative phage repressor  35.05 
 
 		 240 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000900431  normal  0.128218 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1406  repressor protein  30.77 
 
 		 211 aa  62.8  0.000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0402463  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3217  putative phage repressor  30.88 
 
 		 236 aa  61.2  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0111001  normal  0.682159 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1911  putative phage repressor  28.35 
 
 		 331 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0192387  normal  0.0833716 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1854  putative phage repressor  33.79 
 
 		 241 aa  58.2  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0873919 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  24.19 
 
 		 206 aa  57  0.0000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0789  putative phage repressor  26.82 
 
 		 238 aa  55.1  0.0000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000233571 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3556  repressor protein CI  34.88 
 
 		 235 aa  54.7  0.0000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.860167  hitchhiker  9.00539e-18 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0633  putative phage repressor  29.55 
 
 		 208 aa  53.1  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  31.71 
 
 		 235 aa  53.1  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0617  peptidase S24, S26A and S26B  32.52 
 
 		 225 aa  52.8  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2911  putative phage repressor  26.56 
 
 		 217 aa  52.4  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000204879  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 204 aa  51.6  0.000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1993  peptidase S24 and S26 domain-containing protein  35.09 
 
 		 241 aa  51.2  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.417465 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0352  putative phage repressor  29.23 
 
 		 261 aa  50.4  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00411274 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1193  putative phage repressor  26.51 
 
 		 230 aa  49.7  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0826973  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1918  putative phage repressor  31.75 
 
 		 238 aa  49.3  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.514362  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0215  phage repressor protein, putative  26.13 
 
 		 209 aa  49.3  0.00004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0406422  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3033  transcriptional repressor pyocin R2_PP  33.1 
 
 		 243 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593643  normal  0.0855736 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  27.06 
 
 		 231 aa  48.5  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3421  repressor protein c2  31.5 
 
 		 243 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000122682  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0165  hypothetical protein  25.17 
 
 		 227 aa  47.8  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4606  transcriptional regulator  31.87 
 
 		 237 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1135  phage repressor  25.88 
 
 		 270 aa  47  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0472  Cro/CI family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 224 aa  47  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404493 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1686  putative phage repressor  30.14 
 
 		 220 aa  46.2  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2172  hypothetical protein  36.59 
 
 		 126 aa  46.2  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3352  putative phage repressor  25.42 
 
 		 240 aa  46.2  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.140887  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1135  LexA repressor  30.77 
 
 		 241 aa  46.2  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.725643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1398  putative phage repressor  31.85 
 
 		 225 aa  46.2  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1682  hypothetical protein  27.01 
 
 		 216 aa  46.2  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.704412 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52530  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 237 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000132202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1866  putative phage repressor  26.77 
 
 		 244 aa  46.2  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1094  putative phage repressor  27.15 
 
 		 249 aa  46.2  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.189719 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1339  putative prophage repressor  26.58 
 
 		 219 aa  46.2  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520189 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3831  putative phage repressor  35.05 
 
 		 246 aa  45.8  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2767  transcriptional regulator  32.56 
 
 		 191 aa  45.8  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.449459  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3689  putative phage repressor  32.54 
 
 		 227 aa  45.8  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3423  bacteriophage repressor protein C1  32.56 
 
 		 191 aa  45.4  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0147  hypothetical protein  27.56 
 
 		 234 aa  45.4  0.0006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3044  putative phage repressor  32.94 
 
 		 264 aa  45.4  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  20.95 
 
 		 205 aa  45.4  0.0006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1673  putative phage repressor  27.12 
 
 		 233 aa  45.4  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.219867  normal  0.134588 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5792  putative phage repressor  27.08 
 
 		 230 aa  44.3  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.396613  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4418  putative phage repressor  22 
 
 		 213 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000888993  normal  0.473724 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  41.18 
 
 		 220 aa  44.7  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3771  hypothetical protein  24.41 
 
 		 234 aa  44.3  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00553351  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1999  putative phage repressor  31.33 
 
 		 247 aa  44.3  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal  0.25035 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2371  putative phage repressor  34.15 
 
 		 233 aa  43.9  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1320  putative phage repressor  27.78 
 
 		 211 aa  44.3  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.260786 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1326  putative phage repressor  32.95 
 
 		 204 aa  43.9  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4049  putative phage repressor  24.69 
 
 		 248 aa  43.1  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00309972  hitchhiker  0.0000000001929 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  31.18 
 
 		 230 aa  43.5  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4824  putative phage repressor  31.52 
 
 		 216 aa  42.7  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.852274  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1516  hypothetical protein  34.33 
 
 		 120 aa  42.4  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.314298 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1954  Phage repressor protein  28.57 
 
 		 204 aa  42.4  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2501  peptidase S24 and S26 domain protein  32.17 
 
 		 224 aa  42.4  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.241026  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1096  putative phage repressor  27.78 
 
 		 219 aa  42  0.007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0889323  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1188  putative phage repressor  30.49 
 
 		 234 aa  42  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267835  normal  0.264486 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  29.91 
 
 		 264 aa  42  0.007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 209 aa  42  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2902  putative phage repressor  39.71 
 
 		 107 aa  42  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0389705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1980  transcriptional regulator, putative  26.87 
 
 		 219 aa  42  0.008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00751555  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0567  putative phage repressor  43.28 
 
 		 138 aa  42  0.008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.84818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0258  putative phage repressor  24.79 
 
 		 230 aa  42  0.008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  39.13 
 
 		 209 aa  41.6  0.009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  30 
 
 		 263 aa  41.6  0.009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  29.91 
 
 		 264 aa  41.6  0.009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>