35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1682 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1682  hypothetical protein  100 
 
 		 216 aa  443  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.704412 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0789  putative phage repressor  75.25 
 
 		 238 aa  302  2.0000000000000002e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000233571 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1320  putative phage repressor  63.96 
 
 		 211 aa  260  1e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.260786 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3771  hypothetical protein  40.19 
 
 		 234 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00553351  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3689  putative phage repressor  40.6 
 
 		 227 aa  96.3  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3040  putative phage repressor  31.25 
 
 		 211 aa  92  6e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 196 aa  90.9  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0633  putative phage repressor  31.86 
 
 		 208 aa  89.4  4e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0975  putative phage repressor  40.15 
 
 		 203 aa  89  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1193  putative phage repressor  30.39 
 
 		 230 aa  86.3  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0826973  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3423  bacteriophage repressor protein C1  29.13 
 
 		 191 aa  75.9  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1954  Phage repressor protein  29.8 
 
 		 204 aa  75.5  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2767  transcriptional regulator  28.64 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.449459  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1398  putative phage repressor  26.63 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3576  putative phage repressor  31.96 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4241  hypothetical protein  38.67 
 
 		 351 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3352  putative phage repressor  29.59 
 
 		 240 aa  50.4  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.140887  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6554  putative phage repressor  28.97 
 
 		 245 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.024132  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1673  putative phage repressor  28.42 
 
 		 233 aa  50.1  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.219867  normal  0.134588 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1189  hypothetical protein  26.19 
 
 		 228 aa  49.7  0.00003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0775  hypothetical protein  25.71 
 
 		 228 aa  48.1  0.0001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5950  putative phage repressor  26.01 
 
 		 227 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47143  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4082  putative phage repressor  28.75 
 
 		 227 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5832  putative LexA repressor  27.69 
 
 		 206 aa  46.2  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.280806  normal  0.53556 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2091  peptidase S24 S26A and S26B  23.85 
 
 		 238 aa  45.4  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000399055  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2054  putative phage repressor  23.85 
 
 		 238 aa  45.4  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000034182  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0757  putative phage repressor  27.14 
 
 		 208 aa  45.4  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  0.361734 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3896  Cro/CI family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 215 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  27.98 
 
 		 225 aa  44.7  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4030  putative phage repressor  28.31 
 
 		 217 aa  44.3  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 204 aa  42.7  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0928  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 167 aa  42.7  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00442924  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0339  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 115 aa  41.6  0.008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.852602 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2265  helix-turn-helix domain-containing protein  43.08 
 
 		 115 aa  41.6  0.008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  25.51 
 
 		 243 aa  41.6  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>