84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3102 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_3102  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  500  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0669048  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0293  prophage repressor  54.62 
 
 		 237 aa  256  3e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.830345 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2750  phage repressor protein  47.7 
 
 		 240 aa  213  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1456  phage repressor protein  47.7 
 
 		 240 aa  213  2.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal  0.84573 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2829  XRE family transcriptional regulator  47.7 
 
 		 240 aa  213  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2924  repressor protein  48.87 
 
 		 231 aa  194  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.38721e-16 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4010  repressor protein cI  38.79 
 
 		 234 aa  145  5e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895282  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1970  XRE family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 229 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.118852  normal  0.0462481 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1853  putative prophage repressor  35.05 
 
 		 221 aa  129  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0159907  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3399  XRE family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 221 aa  129  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  37.91 
 
 		 216 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  37.91 
 
 		 216 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  36.49 
 
 		 216 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01954  hypothetical protein  31.78 
 
 		 221 aa  119  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  35.87 
 
 		 218 aa  116  3e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  36.99 
 
 		 216 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4603  peptidase  37.07 
 
 		 229 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  36 
 
 		 216 aa  109  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0571  repressor protein c2  35.41 
 
 		 215 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.72773  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3660  putative prophage repressor  31.8 
 
 		 232 aa  104  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000108036  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4132  repressor protein c2, putative  43.94 
 
 		 217 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3869  peptidase  43.18 
 
 		 218 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  41.84 
 
 		 236 aa  92  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000124176  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 229 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 228 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  31.25 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1083  peptidase, S24 family  42.75 
 
 		 133 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.501278  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1773  putative prophage repressor  28.7 
 
 		 224 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000495428  hitchhiker  0.00108243 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3421  repressor protein c2  40.91 
 
 		 243 aa  87  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000122682  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3033  transcriptional repressor pyocin R2_PP  40.91 
 
 		 243 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593643  normal  0.0855736 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4068  Cro/CI family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 234 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0144241  unclonable  0.00000065299 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3666  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 217 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100264  decreased coverage  0.0000000000010366 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 204 aa  79  0.00000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1772  putative prophage repressor  26.36 
 
 		 217 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000601077  decreased coverage  0.000377038 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1929  peptidase S24/S26 domain-containing protein  34.85 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0221761  hitchhiker  0.0000000154774 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  27.18 
 
 		 207 aa  74.7  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1808  XRE family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 235 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630846  normal  0.212121 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1607  putative prophage repressor  34.11 
 
 		 221 aa  71.6  0.000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385994  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1339  putative prophage repressor  28.44 
 
 		 219 aa  63.9  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520189 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 209 aa  63.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0989  S24 family peptidase  30.07 
 
 		 239 aa  62  0.000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2380  peptidase S24, S26A and S26B  42.7 
 
 		 421 aa  61.6  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000103067  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2501  peptidase S24 and S26 domain protein  33.33 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.241026  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0617  peptidase S24, S26A and S26B  31.3 
 
 		 225 aa  60.8  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  39.53 
 
 		 235 aa  58.9  0.00000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2713  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  36.17 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  25.23 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1563  repressor protein CI homolog  37.08 
 
 		 164 aa  54.3  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.116798  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1619  putative phage repressor  26.61 
 
 		 237 aa  54.3  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0134521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  27.31 
 
 		 227 aa  53.9  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1236  LexA repressor  29.05 
 
 		 207 aa  50.8  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000635507  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1054  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32.28 
 
 		 241 aa  50.4  0.00003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.675228 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1577  peptidase S24-like domain-containing protein  27.72 
 
 		 216 aa  49.7  0.00004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555461  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1572  SOS-response transcriptional repressor, LexA  30.71 
 
 		 217 aa  48.9  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1901  SOS-response transcriptional repressor, LexA  28.4 
 
 		 200 aa  48.9  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1177  LexA repressor  30.4 
 
 		 203 aa  48.1  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000269483  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1364  LexA repressor  30.4 
 
 		 203 aa  48.5  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000105475  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0580  repressor protein C2  27.43 
 
 		 238 aa  48.1  0.0001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0757  SOS-response transcriptional repressor, LexA  30.08 
 
 		 196 aa  47.4  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 229 aa  47.8  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  26.53 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2283  putative phage repressor  36.14 
 
 		 292 aa  46.6  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00298807  unclonable  0.0000000000471179 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1579  transcriptional repressor, LexA family  35.48 
 
 		 202 aa  46.2  0.0005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0037  protein ImpA  31.01 
 
 		 145 aa  45.4  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0603297 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07330  SOS-response transcriptional repressor, LexA  31.67 
 
 		 238 aa  45.4  0.0008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.140562  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0572  repressor LexA  30.6 
 
 		 244 aa  44.7  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0263209 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  22.27 
 
 		 213 aa  45.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1873  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32.81 
 
 		 214 aa  45.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.164237  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1468  LexA repressor  35.96 
 
 		 288 aa  45.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.097089  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1470  LexA repressor  37.08 
 
 		 249 aa  44.3  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000034906 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2172  hypothetical protein  31.17 
 
 		 126 aa  43.9  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0593  transcriptional regulator, XRE family  25.42 
 
 		 225 aa  43.9  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2427  SOS-response transcriptional repressor LexA  35.96 
 
 		 238 aa  43.9  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.639374 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2539  peptidase S24/S26 domain-containing protein  30.97 
 
 		 149 aa  43.5  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692907 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0893  SOS-response transcriptional repressor, LexA  27.66 
 
 		 207 aa  43.5  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1516  hypothetical protein  33.94 
 
 		 120 aa  43.1  0.004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.314298 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 144 aa  42.7  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2543  LexA family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 204 aa  42.4  0.007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0539699  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0677  LexA repressor  30.16 
 
 		 208 aa  42.4  0.007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000451027  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7132  Repressor lexA  29.77 
 
 		 236 aa  42  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3902  transcriptional repressor, LexA family  29.55 
 
 		 263 aa  42  0.008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27590  SOS-response transcriptional repressor, LexA  35.96 
 
 		 235 aa  41.6  0.01  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>