101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1083 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1083  peptidase, S24 family  100 
 
 		 133 aa  270  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.501278  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  93.98 
 
 		 216 aa  262  1e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3869  peptidase  69.47 
 
 		 218 aa  194  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4132  repressor protein c2, putative  70.63 
 
 		 217 aa  193  7e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0571  repressor protein c2  69.23 
 
 		 215 aa  179  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.72773  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4603  peptidase  68.46 
 
 		 229 aa  178  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  54.47 
 
 		 216 aa  137  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  56.1 
 
 		 216 aa  135  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2750  phage repressor protein  52.85 
 
 		 240 aa  135  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  56.1 
 
 		 216 aa  135  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1456  phage repressor protein  52.85 
 
 		 240 aa  135  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal  0.84573 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2829  XRE family transcriptional regulator  52.85 
 
 		 240 aa  135  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3660  putative prophage repressor  50.38 
 
 		 232 aa  130  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000108036  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1853  putative prophage repressor  48.06 
 
 		 221 aa  128  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0159907  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1970  XRE family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 229 aa  128  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.118852  normal  0.0462481 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3399  XRE family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 221 aa  128  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01954  hypothetical protein  46.51 
 
 		 221 aa  124  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  44.72 
 
 		 222 aa  114  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0293  prophage repressor  46.51 
 
 		 237 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.830345 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1772  putative prophage repressor  44.27 
 
 		 217 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000601077  decreased coverage  0.000377038 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3666  XRE family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 217 aa  110  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100264  decreased coverage  0.0000000000010366 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2924  repressor protein  45.74 
 
 		 231 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.38721e-16 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4068  Cro/CI family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 234 aa  107  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0144241  unclonable  0.00000065299 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1773  putative prophage repressor  43.51 
 
 		 224 aa  106  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000495428  hitchhiker  0.00108243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1808  XRE family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 235 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630846  normal  0.212121 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  43.2 
 
 		 218 aa  105  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 228 aa  100  9e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  44 
 
 		 229 aa  90.5  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3102  XRE family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 240 aa  89.4  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0669048  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3421  repressor protein c2  39.84 
 
 		 243 aa  89  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000122682  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4010  repressor protein cI  40.32 
 
 		 234 aa  89  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895282  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3033  transcriptional repressor pyocin R2_PP  39.84 
 
 		 243 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593643  normal  0.0855736 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1607  putative prophage repressor  38.28 
 
 		 221 aa  87.4  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385994  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  38.4 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  45.65 
 
 		 216 aa  79.3  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0617  peptidase S24, S26A and S26B  36 
 
 		 225 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  37.8 
 
 		 236 aa  75.5  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000124176  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1929  peptidase S24/S26 domain-containing protein  33.33 
 
 		 215 aa  73.9  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0221761  hitchhiker  0.0000000154774 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  40.16 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  41.54 
 
 		 235 aa  73.2  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 204 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  33.59 
 
 		 220 aa  64.3  0.0000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2501  peptidase S24 and S26 domain protein  36.84 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.241026  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 209 aa  62.4  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1577  peptidase S24-like domain-containing protein  25.56 
 
 		 216 aa  57  0.00000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555461  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0580  repressor protein C2  25.56 
 
 		 238 aa  57  0.00000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2713  transcriptional regulator, XRE family  33.59 
 
 		 222 aa  56.6  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0458  putative prophage repressor  36.04 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0671085  normal  0.466912 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2539  peptidase S24/S26 domain-containing protein  33.09 
 
 		 149 aa  56.2  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692907 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0885  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  34.51 
 
 		 243 aa  52.4  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10191  putative SOS mutagenesis protein UmuD  31.75 
 
 		 143 aa  51.6  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16001  putative SOS mutagenesis protein UmuD  32.54 
 
 		 158 aa  51.2  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.805764 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0176  peptidase S24 and S26 domain protein  34.75 
 
 		 153 aa  51.2  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09221  putative SOS mutagenesis protein UmuD  32.2 
 
 		 138 aa  50.8  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  decreased coverage  0.00588824  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09241  putative SOS mutagenesis protein UmuD  30.95 
 
 		 138 aa  50.4  0.000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0989  S24 family peptidase  30.99 
 
 		 239 aa  49.7  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0863  SOS mutagenesis protein UmuD  30.16 
 
 		 138 aa  48.9  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0265877  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3974  LexA repressor  33.59 
 
 		 219 aa  49.3  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1339  putative prophage repressor  29.63 
 
 		 219 aa  47  0.00008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520189 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0927  SOS-response transcriptional repressor, LexA  33.08 
 
 		 206 aa  46.2  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2081  SOS-response transcriptional repressor, LexA  31.09 
 
 		 132 aa  46.6  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0527419 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2084  SOS-response transcriptional repressor, LexA  36.29 
 
 		 231 aa  46.6  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0507519 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07081  putative SOS mutagenesis protein UmuD  30.16 
 
 		 153 aa  45.8  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0803785 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1503  LexA repressor  30.66 
 
 		 239 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.106376 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0275  SOS mutagenesis protein UmuD  29.66 
 
 		 144 aa  45.4  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.121942  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09441  putative SOS mutagenesis protein UmuD  29.66 
 
 		 144 aa  45.4  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.497301  normal  0.0831546 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2605  peptidase S24/S26 domain-containing protein  29.41 
 
 		 140 aa  45.4  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.741198 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1291  putative SOS mutagenesis protein UmuD  31.67 
 
 		 147 aa  45.1  0.0004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172985  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0858  putative prophage repressor  33.05 
 
 		 206 aa  45.1  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1997  LexA repressor  29.01 
 
 		 228 aa  44.3  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0707  LexA repressor  29.01 
 
 		 227 aa  44.3  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.265887 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  29.03 
 
 		 212 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1549  SOS mutagenesis protein UmuD  34.65 
 
 		 186 aa  43.9  0.0008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.093809 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1234  putative prophage repressor  28 
 
 		 153 aa  43.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000530915  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0056  hypothetical protein  32.77 
 
 		 168 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.221897  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1039  hypothetical protein  32.77 
 
 		 168 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1004  hypothetical protein  32.77 
 
 		 168 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1781  putative prophage repressor  29.09 
 
 		 194 aa  42.4  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000051926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1364  LexA repressor  31.87 
 
 		 203 aa  42.4  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000105475  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1901  SOS-response transcriptional repressor, LexA  29.27 
 
 		 200 aa  42.7  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0501  transcriptional repressor, LexA family  33.86 
 
 		 249 aa  42.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.862173  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1993  peptidase S24 and S26 domain-containing protein  35.34 
 
 		 241 aa  42.4  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.417465 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3116  LexA repressor  34.83 
 
 		 202 aa  42  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.553087 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1177  LexA repressor  31.87 
 
 		 203 aa  42  0.003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000269483  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2558  LexA repressor  30.53 
 
 		 224 aa  42  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.031889  normal  0.0134465 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2601  LexA repressor  33.33 
 
 		 205 aa  42  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2543  LexA family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 204 aa  42  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0539699  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1179  putative SOS mutagenesis protein UmuD  30.3 
 
 		 143 aa  41.2  0.004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.482422  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  29.2 
 
 		 217 aa  41.2  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  29.2 
 
 		 217 aa  41.2  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  29.2 
 
 		 217 aa  41.2  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1669  hypothetical protein  31.15 
 
 		 138 aa  40.8  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1663  hypothetical protein  31.15 
 
 		 138 aa  40.8  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3094  LexA repressor  32 
 
 		 228 aa  41.2  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.938529  normal  0.561112 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3718  LexA repressor  27.61 
 
 		 199 aa  41.2  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.875348  normal  0.435562 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3151  Repressor lexA  31.45 
 
 		 154 aa  41.2  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.662921  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6716  LexA repressor  30.23 
 
 		 239 aa  40.8  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7466  LexA repressor  30.23 
 
 		 240 aa  40.4  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0525959  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2792  LexA repressor  34.18 
 
 		 202 aa  40.4  0.009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.147289  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2741  LexA repressor  35.62 
 
 		 205 aa  40.4  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>