135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0571 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0571  repressor protein c2  100 
 
 
215 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.72773  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4603  peptidase  96.28 
 
 
229 aa  425  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4132  repressor protein c2, putative  53.54 
 
 
217 aa  202  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3869  peptidase  50.7 
 
 
218 aa  201  7e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  53.27 
 
 
216 aa  196  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1853  putative prophage repressor  42.99 
 
 
221 aa  184  8e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0159907  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3399  XRE family transcriptional regulator  42.99 
 
 
221 aa  184  8e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01954  hypothetical protein  40.91 
 
 
221 aa  182  4.0000000000000006e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3660  putative prophage repressor  44.29 
 
 
232 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000108036  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1083  peptidase, S24 family  69.23 
 
 
133 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.501278  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1970  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 
229 aa  177  9e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.118852  normal  0.0462481 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4068  Cro/CI family transcriptional regulator  41.47 
 
 
234 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0144241  unclonable  0.00000065299 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  46.88 
 
 
216 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1773  putative prophage repressor  41.28 
 
 
224 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000495428  hitchhiker  0.00108243 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  46.88 
 
 
216 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  46.35 
 
 
216 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2924  repressor protein  41.59 
 
 
231 aa  156  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  4.38721e-16 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1808  XRE family transcriptional regulator  37.61 
 
 
235 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630846  normal  0.212121 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1772  putative prophage repressor  39.81 
 
 
217 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000601077  decreased coverage  0.000377038 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2750  phage repressor protein  43.84 
 
 
240 aa  149  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1456  phage repressor protein  43.84 
 
 
240 aa  149  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal  0.84573 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2829  XRE family transcriptional regulator  43.84 
 
 
240 aa  149  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3666  XRE family transcriptional regulator  39.35 
 
 
217 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100264  decreased coverage  0.0000000000010366 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  43.46 
 
 
228 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0293  prophage repressor  39.9 
 
 
237 aa  128  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.830345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  37.02 
 
 
229 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  36.08 
 
 
218 aa  124  9e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3033  transcriptional repressor pyocin R2_PP  35.92 
 
 
243 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593643  normal  0.0855736 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 
222 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3421  repressor protein c2  35.18 
 
 
243 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000122682  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4010  repressor protein cI  36.36 
 
 
234 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895282  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3102  XRE family transcriptional regulator  35.41 
 
 
240 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0669048  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  33.18 
 
 
216 aa  105  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1607  putative prophage repressor  32.42 
 
 
221 aa  102  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385994  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  32.64 
 
 
230 aa  93.6  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  38.76 
 
 
220 aa  86.3  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0617  peptidase S24, S26A and S26B  38.71 
 
 
225 aa  85.1  7e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  33.66 
 
 
236 aa  84  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000124176  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  30.3 
 
 
207 aa  81.3  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  30.45 
 
 
235 aa  78.2  0.00000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1929  peptidase S24/S26 domain-containing protein  33.33 
 
 
215 aa  69.7  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0221761  hitchhiker  0.0000000154774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1339  putative prophage repressor  30.32 
 
 
219 aa  69.3  0.00000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00520189 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2713  transcriptional regulator, XRE family  33.09 
 
 
222 aa  68.2  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 
209 aa  65.1  0.0000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0458  putative prophage repressor  34.03 
 
 
202 aa  65.1  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0671085  normal  0.466912 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2501  peptidase S24 and S26 domain protein  33.85 
 
 
224 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.241026  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  32.17 
 
 
204 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  26.07 
 
 
219 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  33.01 
 
 
227 aa  59.3  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1406  repressor protein  27.49 
 
 
211 aa  58.5  0.00000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0402463  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1577  peptidase S24-like domain-containing protein  23.19 
 
 
216 aa  58.2  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555461  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0056  hypothetical protein  32.23 
 
 
168 aa  56.2  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.221897  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1039  hypothetical protein  32.23 
 
 
168 aa  56.6  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1004  hypothetical protein  32.23 
 
 
168 aa  56.6  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  24.38 
 
 
213 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0580  repressor protein C2  22.71 
 
 
238 aa  55.1  0.0000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0176  peptidase S24 and S26 domain protein  36.44 
 
 
153 aa  54.3  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0885  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  37.93 
 
 
243 aa  54.7  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1549  SOS mutagenesis protein UmuD  42.11 
 
 
186 aa  54.7  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.093809 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2081  SOS-response transcriptional repressor, LexA  31.2 
 
 
132 aa  54.3  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0527419 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0989  S24 family peptidase  32.59 
 
 
239 aa  53.1  0.000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1183  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  25.88 
 
 
217 aa  51.6  0.000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.186199 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1874  LexA repressor  33.07 
 
 
228 aa  51.2  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.879574  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1435  peptidase S24 and S26 domain protein  37.63 
 
 
150 aa  50.4  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2974  SOS mutagenesis protein UmuD  29.34 
 
 
208 aa  50.1  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.979623  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0100  protein MucA  36.56 
 
 
147 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.903241  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  28.39 
 
 
231 aa  49.7  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1135  LexA repressor  39.58 
 
 
241 aa  49.3  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.725643  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2490  SOS-response transcriptional repressor, LexA  30.3 
 
 
201 aa  48.9  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2539  peptidase S24/S26 domain-containing protein  30.99 
 
 
149 aa  48.9  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.692907 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0858  putative prophage repressor  34.91 
 
 
206 aa  48.9  0.00006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1758  transcriptional repressor, LexA family  30.3 
 
 
201 aa  48.5  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000113097  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  24.23 
 
 
212 aa  48.1  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3974  LexA repressor  31.15 
 
 
219 aa  47.8  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1669  hypothetical protein  32.63 
 
 
138 aa  47  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1663  hypothetical protein  32.63 
 
 
138 aa  47  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1291  putative SOS mutagenesis protein UmuD  38.46 
 
 
147 aa  47.4  0.0002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172985  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0938  helix-turn-helix domain-containing protein  32.18 
 
 
155 aa  46.6  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0704  putative prophage repressor  25.85 
 
 
163 aa  46.6  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1364  LexA repressor  30 
 
 
203 aa  46.2  0.0004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000105475  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5225  LexA repressor  31.78 
 
 
240 aa  45.8  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.630242  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1177  LexA repressor  30 
 
 
203 aa  45.8  0.0005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000269483  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7466  LexA repressor  30.6 
 
 
240 aa  45.8  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0525959  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1179  putative SOS mutagenesis protein UmuD  37.5 
 
 
143 aa  45.4  0.0006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.482422  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2746  peptidase S24/S26 domain-containing protein  31.45 
 
 
152 aa  45.4  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0020  SOS-response transcriptional repressor, LexA  39.33 
 
 
199 aa  45.1  0.0009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000309012  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2020  LexA repressor  32.46 
 
 
242 aa  44.7  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.775144 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0572  repressor LexA  35.48 
 
 
244 aa  44.7  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0263209 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3328  transcriptional repressor, LexA family  31.41 
 
 
239 aa  44.7  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14611  SOS function regulatory protein, LexA repressor  30.3 
 
 
205 aa  44.3  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.748093  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0773  SOS-response transcriptional repressor, LexA  33.33 
 
 
213 aa  44.3  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000913387  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5148  LexA repressor  31.01 
 
 
240 aa  44.3  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.160291  normal  0.0920185 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1142  SOS-response transcriptional repressor, LexA  30.16 
 
 
201 aa  44.7  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00201645  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4683  LexA repressor  31.01 
 
 
240 aa  44.3  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20121  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1791  LexA repressor  31.3 
 
 
239 aa  44.7  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.117655  hitchhiker  0.00108094 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1598  LexA repressor  31.3 
 
 
239 aa  44.7  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313402  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1739  LexA repressor  31.85 
 
 
202 aa  43.9  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2558  LexA repressor  35.14 
 
 
224 aa  43.5  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.031889  normal  0.0134465 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09441  putative SOS mutagenesis protein UmuD  32.56 
 
 
144 aa  43.5  0.002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.497301  normal  0.0831546 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6716  LexA repressor  31.78 
 
 
239 aa  43.9  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>