More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0858 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_0858  putative prophage repressor  100 
 
 
206 aa  416  1e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0885  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  46.85 
 
 
243 aa  184  9e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1549  SOS mutagenesis protein UmuD  48.72 
 
 
186 aa  177  1e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.093809 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2105  SOS mutagenesis protein UmuD  57.6 
 
 
238 aa  153  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.499933  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0176  peptidase S24 and S26 domain protein  58.87 
 
 
153 aa  150  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0056  hypothetical protein  42.93 
 
 
168 aa  148  5e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.221897  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1967  putative prophage repressor  47.1 
 
 
149 aa  147  2.0000000000000003e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.44891  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1039  hypothetical protein  42.42 
 
 
168 aa  144  8.000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1004  hypothetical protein  43.43 
 
 
168 aa  144  1e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10191  putative SOS mutagenesis protein UmuD  51.16 
 
 
143 aa  140  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0899  Peptidase S24, S26A and S26B, conserved region  48.98 
 
 
148 aa  140  9.999999999999999e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2081  SOS-response transcriptional repressor, LexA  54.4 
 
 
132 aa  140  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0527419 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1032  SOS mutagenesis protein UmuD  50 
 
 
150 aa  138  7e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2974  SOS mutagenesis protein UmuD  52.85 
 
 
208 aa  137  7.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.979623  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09241  putative SOS mutagenesis protein UmuD  51.2 
 
 
138 aa  137  1e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09221  putative SOS mutagenesis protein UmuD  51.2 
 
 
138 aa  136  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  decreased coverage  0.00588824  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1669  hypothetical protein  53.66 
 
 
138 aa  136  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1663  hypothetical protein  53.66 
 
 
138 aa  136  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0863  SOS mutagenesis protein UmuD  51.2 
 
 
138 aa  136  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0265877  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0458  putative prophage repressor  50 
 
 
202 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0671085  normal  0.466912 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1750  umuD protein  50.81 
 
 
164 aa  132  3.9999999999999996e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3076  SOS mutagenesis protein UmuD  48.39 
 
 
139 aa  131  6.999999999999999e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1291  putative SOS mutagenesis protein UmuD  50 
 
 
147 aa  130  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172985  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0919  peptidase S24 and S26 domain protein  48.03 
 
 
150 aa  129  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.391106  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0704  putative prophage repressor  46.62 
 
 
163 aa  129  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2201  peptidase S24 and S26 domain protein  48.39 
 
 
150 aa  129  4.0000000000000003e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1368  peptidase S24 and S26 domain protein  42.55 
 
 
150 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.734123  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1981  putative prophage repressor  50.39 
 
 
148 aa  128  5.0000000000000004e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2457  peptidase S24/S26 domain-containing protein  52.42 
 
 
139 aa  128  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2341  putative prophage repressor  52.42 
 
 
139 aa  128  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2352  putative prophage repressor  52.42 
 
 
139 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1435  peptidase S24 and S26 domain protein  47.66 
 
 
150 aa  128  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2006  peptidase S24 and S26 domain protein  52.42 
 
 
139 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000362452 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1201  SOS-response transcriptional repressors (RecA-mediated autopeptidase)-like  50 
 
 
212 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1907  putative prophage repressor  48.85 
 
 
144 aa  126  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3840  SOS mutagenesis protein UmuD  51.28 
 
 
143 aa  127  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07081  putative SOS mutagenesis protein UmuD  47.66 
 
 
153 aa  125  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0803785 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2216  DNA polymerase V subunit UmuD  50 
 
 
139 aa  125  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.113166  normal  0.676536 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2163  DNA polymerase V subunit UmuD  50 
 
 
139 aa  125  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.21769  normal  0.16696 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2159  DNA polymerase V subunit UmuD  50 
 
 
139 aa  125  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0649907  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_002950  PG1337  umuD protein  47.62 
 
 
141 aa  125  4.0000000000000003e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01158  DNA polymerase V, subunit D  47.79 
 
 
139 aa  124  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000619271  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2465  peptidase S24 and S26 domain protein  47.79 
 
 
139 aa  124  8.000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1340  DNA polymerase V subunit UmuD  47.79 
 
 
139 aa  124  8.000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000577771  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2442  DNA polymerase V subunit UmuD  47.79 
 
 
139 aa  124  8.000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000116875  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1286  DNA polymerase V subunit UmuD  47.79 
 
 
139 aa  124  8.000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000137402  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01168  hypothetical protein  47.79 
 
 
139 aa  124  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000352689  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1670  DNA polymerase V subunit UmuD  47.79 
 
 
139 aa  124  8.000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267382  normal  0.982493 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1328  DNA polymerase V subunit UmuD  47.79 
 
 
139 aa  124  8.000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000143224  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0221  peptidase S24 and S26 domain protein  52.99 
 
 
143 aa  124  1e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1966  DNA polymerase V subunit UmuD  47.06 
 
 
139 aa  124  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000484403  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1179  putative SOS mutagenesis protein UmuD  47.97 
 
 
143 aa  123  2e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.482422  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0275  SOS mutagenesis protein UmuD  48.31 
 
 
144 aa  122  3e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.121942  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09441  putative SOS mutagenesis protein UmuD  48.31 
 
 
144 aa  122  3e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.497301  normal  0.0831546 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4497  peptidase S24 and S26 domain protein  51.28 
 
 
143 aa  122  4e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3751  peptidase S24/S26 domain-containing protein  50 
 
 
149 aa  121  9e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16001  putative SOS mutagenesis protein UmuD  46.83 
 
 
158 aa  121  9e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.805764 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2213  DNA polymerase V subunit UmuD  48.09 
 
 
139 aa  121  9e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0542538 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4320  peptidase S24 and S26 domain protein  49.19 
 
 
143 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.381106 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1491  SOS mutagenesis protein UmuD  45.67 
 
 
142 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00671192  decreased coverage  0.0000906446 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2061  peptidase S24 and S26 domain protein  43.65 
 
 
151 aa  118  4.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0332748  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0100  protein MucA  46.4 
 
 
147 aa  118  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.903241  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1208  putative prophage repressor  46.4 
 
 
145 aa  116  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00934288  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0340  peptidase S24 and S26 domain protein  40.88 
 
 
154 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1370  SOS mutagenesis protein UmuD  48.72 
 
 
146 aa  115  6e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1278  putative prophage repressor  50 
 
 
142 aa  115  6e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.824294  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0048  DNA polymerase V  46.61 
 
 
137 aa  114  6.9999999999999995e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109264 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0314  peptidase S24 and S26 domain protein  44 
 
 
151 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.690064 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0052  mutagenesis and repair protein MucA  47.01 
 
 
139 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00205855  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4001  putative prophage repressor  47.15 
 
 
142 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4342  putative prophage repressor  49.59 
 
 
146 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0361  peptidase S24/S26 domain-containing protein  44 
 
 
151 aa  112  5e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.460438  normal 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0037  protein ImpA  45.45 
 
 
145 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0603297 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2605  peptidase S24/S26 domain-containing protein  44.62 
 
 
140 aa  110  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.741198 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1019  XRE family transcriptional regulator  46.09 
 
 
245 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0426259 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6256  peptidase S24/S26 domain-containing protein  43.48 
 
 
150 aa  106  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.836968 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2951  putative prophage repressor  42.28 
 
 
158 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1336  putative prophage repressor  37.39 
 
 
145 aa  101  7e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5031  putative prophage repressor  42.74 
 
 
142 aa  101  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.916136  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2746  peptidase S24/S26 domain-containing protein  42.28 
 
 
152 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4982  SOS mutagenesis protein UmuD  43.22 
 
 
146 aa  94.7  9e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.865075  unclonable  0.00000215009 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0001  protein SamA  39.68 
 
 
141 aa  94  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2762  peptidase S24, S26A and S26B  39.02 
 
 
143 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0232979 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0175  putative prophage repressor  37.1 
 
 
141 aa  93.2  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3941  peptidase S24 and S26 domain protein  36.09 
 
 
151 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0559  peptidase S24 and S26 domain protein  36.09 
 
 
171 aa  92  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3236  peptidase S24, S26A and S26B  36.29 
 
 
135 aa  92  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0735  peptidase S24, S26A and S26B  40.8 
 
 
144 aa  91.7  7e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1868  LexA repressor  42.66 
 
 
205 aa  91.3  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1543  transcriptional repressor, LexA family  42.66 
 
 
205 aa  91.3  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00734536 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1424  peptidase S24, S26A and S26B  41.6 
 
 
144 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1255  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 
242 aa  90.5  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0691404  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1963  putative prophage repressor  34.68 
 
 
137 aa  90.1  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2606  peptidase S24 and S26 domain protein  38.14 
 
 
142 aa  89.7  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.399777  normal  0.0172558 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0013  SOS mutagenesis protein RulA  36.29 
 
 
134 aa  89.4  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08270  DNA polymerase V subunit  37.1 
 
 
135 aa  88.2  7e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1833  putative prophage repressor  36 
 
 
274 aa  88.6  7e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.340175 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2683  umuD protein  35.48 
 
 
137 aa  87.8  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0640806  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6846  Peptidase S24, S26A and S26B, conserved region  41.07 
 
 
178 aa  87.4  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.391579  normal  0.145831 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4269  putative prophage repressor  34.68 
 
 
135 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>