More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4342 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4342  putative prophage repressor  100 
 
 		 146 aa  295  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0048  DNA polymerase V  59.02 
 
 		 137 aa  161  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109264 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4982  SOS mutagenesis protein UmuD  50.69 
 
 		 146 aa  159  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.865075  unclonable  0.00000215009 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2105  SOS mutagenesis protein UmuD  53.66 
 
 		 238 aa  133  9e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.499933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0100  protein MucA  52.03 
 
 		 147 aa  130  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.903241  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1291  putative SOS mutagenesis protein UmuD  47.97 
 
 		 147 aa  129  2.0000000000000002e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172985  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1549  SOS mutagenesis protein UmuD  50 
 
 		 186 aa  127  5.0000000000000004e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.093809 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0176  peptidase S24 and S26 domain protein  47.15 
 
 		 153 aa  126  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1669  hypothetical protein  49.19 
 
 		 138 aa  126  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1663  hypothetical protein  49.19 
 
 		 138 aa  126  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1907  putative prophage repressor  51.64 
 
 		 144 aa  126  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1435  peptidase S24 and S26 domain protein  48.78 
 
 		 150 aa  125  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1179  putative SOS mutagenesis protein UmuD  47.97 
 
 		 143 aa  124  4.0000000000000003e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.482422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0885  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  48.25 
 
 		 243 aa  124  5e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2341  putative prophage repressor  48.78 
 
 		 139 aa  124  5e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2457  peptidase S24/S26 domain-containing protein  48.78 
 
 		 139 aa  124  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0704  putative prophage repressor  44.72 
 
 		 163 aa  124  6e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2006  peptidase S24 and S26 domain protein  48.78 
 
 		 139 aa  124  6e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000362452 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2352  putative prophage repressor  48.78 
 
 		 139 aa  124  6e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2213  DNA polymerase V subunit UmuD  50.82 
 
 		 139 aa  123  9e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0542538 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0458  putative prophage repressor  45.93 
 
 		 202 aa  122  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0671085  normal  0.466912 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2605  peptidase S24/S26 domain-containing protein  54.03 
 
 		 140 aa  122  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.741198 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01158  DNA polymerase V, subunit D  49.59 
 
 		 139 aa  122  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000619271  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2465  peptidase S24 and S26 domain protein  49.59 
 
 		 139 aa  122  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1340  DNA polymerase V subunit UmuD  49.59 
 
 		 139 aa  122  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000577771  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2442  DNA polymerase V subunit UmuD  49.59 
 
 		 139 aa  122  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000116875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1328  DNA polymerase V subunit UmuD  49.59 
 
 		 139 aa  122  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000143224  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1286  DNA polymerase V subunit UmuD  49.59 
 
 		 139 aa  122  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000137402  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01168  hypothetical protein  49.59 
 
 		 139 aa  122  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000352689  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1670  DNA polymerase V subunit UmuD  49.59 
 
 		 139 aa  122  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267382  normal  0.982493 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1966  DNA polymerase V subunit UmuD  49.59 
 
 		 139 aa  121  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000484403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1208  putative prophage repressor  45.53 
 
 		 145 aa  120  7e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00934288  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10191  putative SOS mutagenesis protein UmuD  42.74 
 
 		 143 aa  120  7e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09241  putative SOS mutagenesis protein UmuD  43.55 
 
 		 138 aa  120  8e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1039  hypothetical protein  45.53 
 
 		 168 aa  120  8e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09221  putative SOS mutagenesis protein UmuD  42.74 
 
 		 138 aa  119  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  decreased coverage  0.00588824  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0275  SOS mutagenesis protein UmuD  46.61 
 
 		 144 aa  119  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.121942  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09441  putative SOS mutagenesis protein UmuD  46.61 
 
 		 144 aa  119  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.497301  normal  0.0831546 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1004  hypothetical protein  44.72 
 
 		 168 aa  118  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0863  SOS mutagenesis protein UmuD  42.74 
 
 		 138 aa  118  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0265877  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3076  SOS mutagenesis protein UmuD  44.26 
 
 		 139 aa  118  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0056  hypothetical protein  44.72 
 
 		 168 aa  118  3e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.221897  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2061  peptidase S24 and S26 domain protein  45.76 
 
 		 151 aa  118  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0332748  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16001  putative SOS mutagenesis protein UmuD  47.97 
 
 		 158 aa  117  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.805764 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1750  umuD protein  47.15 
 
 		 164 aa  117  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0899  Peptidase S24, S26A and S26B, conserved region  46.34 
 
 		 148 aa  117  6e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2974  SOS mutagenesis protein UmuD  43.9 
 
 		 208 aa  117  6e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.979623  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2163  DNA polymerase V subunit UmuD  52.59 
 
 		 139 aa  114  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.21769  normal  0.16696 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2216  DNA polymerase V subunit UmuD  52.59 
 
 		 139 aa  114  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.113166  normal  0.676536 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2159  DNA polymerase V subunit UmuD  52.59 
 
 		 139 aa  114  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0649907  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0052  mutagenesis and repair protein MucA  47.69 
 
 		 139 aa  114  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00205855  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2081  SOS-response transcriptional repressor, LexA  45.53 
 
 		 132 aa  114  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0527419 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1368  peptidase S24 and S26 domain protein  43.59 
 
 		 150 aa  114  5e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.734123  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0037  protein ImpA  47.69 
 
 		 145 aa  114  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0603297 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0919  peptidase S24 and S26 domain protein  42.62 
 
 		 150 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.391106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0858  putative prophage repressor  49.59 
 
 		 206 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1278  putative prophage repressor  48.78 
 
 		 142 aa  112  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.824294  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0001  protein SamA  44.7 
 
 		 141 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1981  putative prophage repressor  43.44 
 
 		 148 aa  112  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4320  peptidase S24 and S26 domain protein  46.61 
 
 		 143 aa  111  3e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.381106 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1201  SOS-response transcriptional repressors (RecA-mediated autopeptidase)-like  43.31 
 
 		 212 aa  110  5e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1032  SOS mutagenesis protein UmuD  42.74 
 
 		 150 aa  110  8.000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3751  peptidase S24/S26 domain-containing protein  46.55 
 
 		 149 aa  109  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07081  putative SOS mutagenesis protein UmuD  42.86 
 
 		 153 aa  108  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0803785 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0314  peptidase S24 and S26 domain protein  41.32 
 
 		 151 aa  105  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.690064 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2201  peptidase S24 and S26 domain protein  42.74 
 
 		 150 aa  106  1e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1337  umuD protein  42.24 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4001  putative prophage repressor  44.35 
 
 		 142 aa  103  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0340  peptidase S24 and S26 domain protein  40.52 
 
 		 154 aa  103  8e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5031  putative prophage repressor  39.16 
 
 		 142 aa  102  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.916136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0361  peptidase S24/S26 domain-containing protein  40.34 
 
 		 151 aa  102  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.460438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4497  peptidase S24 and S26 domain protein  47.71 
 
 		 143 aa  102  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0221  peptidase S24 and S26 domain protein  44.07 
 
 		 143 aa  101  4e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1491  SOS mutagenesis protein UmuD  40.15 
 
 		 142 aa  101  4e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00671192  decreased coverage  0.0000906446 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1967  putative prophage repressor  40.68 
 
 		 149 aa  101  4e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.44891  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1336  putative prophage repressor  40 
 
 		 145 aa  100  5e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3840  SOS mutagenesis protein UmuD  43.22 
 
 		 143 aa  100  5e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1370  SOS mutagenesis protein UmuD  42.74 
 
 		 146 aa  97.1  7e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2683  umuD protein  41.23 
 
 		 137 aa  90.9  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0640806  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6256  peptidase S24/S26 domain-containing protein  40.98 
 
 		 150 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.836968 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0559  peptidase S24 and S26 domain protein  35.54 
 
 		 171 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3941  peptidase S24 and S26 domain protein  34.43 
 
 		 151 aa  88.2  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2951  putative prophage repressor  36.89 
 
 		 158 aa  87  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2746  peptidase S24/S26 domain-containing protein  36.89 
 
 		 152 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4569  peptidase S24/S26 domain-containing protein  38.6 
 
 		 144 aa  84.7  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2762  peptidase S24, S26A and S26B  37.93 
 
 		 143 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0232979 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0755  SOS-response transcriptional repressor  38.14 
 
 		 128 aa  82.8  0.000000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08270  DNA polymerase V subunit  39.13 
 
 		 135 aa  83.2  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3236  peptidase S24, S26A and S26B  39.82 
 
 		 135 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2606  peptidase S24 and S26 domain protein  38.94 
 
 		 142 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.399777  normal  0.0172558 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2469  putative prophage repressor  40 
 
 		 150 aa  79.7  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.244846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0735  peptidase S24, S26A and S26B  34.96 
 
 		 144 aa  77.4  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2195  putative prophage repressor  36.61 
 
 		 274 aa  77.4  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.543722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1424  peptidase S24, S26A and S26B  35.77 
 
 		 144 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1739  LexA repressor  44.44 
 
 		 202 aa  77.4  0.00000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2465  peptidase S24/S26 domain-containing protein  38.05 
 
 		 142 aa  77  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0175  putative prophage repressor  37.17 
 
 		 141 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7045  peptidase S24 and S26 domain protein  35.54 
 
 		 151 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1782  putative prophage repressor  37.74 
 
 		 274 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1833  putative prophage repressor  36.11 
 
 		 274 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.340175 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>