More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1750 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_1750  umuD protein  100 
 
 
164 aa  333  5e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0885  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  54.79 
 
 
243 aa  156  1e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0056  hypothetical protein  54.62 
 
 
168 aa  149  1e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.221897  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1004  hypothetical protein  54.62 
 
 
168 aa  148  4e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1039  hypothetical protein  53.85 
 
 
168 aa  147  7e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2974  SOS mutagenesis protein UmuD  44.44 
 
 
208 aa  142  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.979623  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1549  SOS mutagenesis protein UmuD  54.47 
 
 
186 aa  139  1.9999999999999998e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.093809 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4320  peptidase S24 and S26 domain protein  57.63 
 
 
143 aa  138  3e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.381106 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1669  hypothetical protein  52 
 
 
138 aa  137  7.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1663  hypothetical protein  52 
 
 
138 aa  137  7.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0458  putative prophage repressor  50 
 
 
202 aa  132  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0671085  normal  0.466912 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0858  putative prophage repressor  50.81 
 
 
206 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0176  peptidase S24 and S26 domain protein  51.94 
 
 
153 aa  129  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3840  SOS mutagenesis protein UmuD  52.54 
 
 
143 aa  128  3e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0221  peptidase S24 and S26 domain protein  51.69 
 
 
143 aa  127  6e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4497  peptidase S24 and S26 domain protein  51.69 
 
 
143 aa  126  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0048  DNA polymerase V  50.41 
 
 
137 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109264 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2105  SOS mutagenesis protein UmuD  48.8 
 
 
238 aa  125  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.499933  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0704  putative prophage repressor  43.06 
 
 
163 aa  125  3e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1435  peptidase S24 and S26 domain protein  45.97 
 
 
150 aa  124  5e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2081  SOS-response transcriptional repressor, LexA  46.77 
 
 
132 aa  122  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0527419 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0100  protein MucA  48.44 
 
 
147 aa  122  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.903241  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1907  putative prophage repressor  53.28 
 
 
144 aa  120  6e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1291  putative SOS mutagenesis protein UmuD  44.2 
 
 
147 aa  120  9e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172985  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1179  putative SOS mutagenesis protein UmuD  49.19 
 
 
143 aa  119  1.9999999999999998e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.482422  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3751  peptidase S24/S26 domain-containing protein  47.58 
 
 
149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3076  SOS mutagenesis protein UmuD  44.35 
 
 
139 aa  118  3e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4342  putative prophage repressor  47.15 
 
 
146 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09241  putative SOS mutagenesis protein UmuD  41.79 
 
 
138 aa  117  9e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07081  putative SOS mutagenesis protein UmuD  44.8 
 
 
153 aa  116  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0803785 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0037  protein ImpA  48.8 
 
 
145 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0603297 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0899  Peptidase S24, S26A and S26B, conserved region  45.16 
 
 
148 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2341  putative prophage repressor  46.92 
 
 
139 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2457  peptidase S24/S26 domain-containing protein  46.92 
 
 
139 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2006  peptidase S24 and S26 domain protein  46.92 
 
 
139 aa  114  5e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000362452 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2352  putative prophage repressor  46.92 
 
 
139 aa  114  5e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1967  putative prophage repressor  42.86 
 
 
149 aa  114  5e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.44891  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09221  putative SOS mutagenesis protein UmuD  43.31 
 
 
138 aa  114  5e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  decreased coverage  0.00588824  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10191  putative SOS mutagenesis protein UmuD  43.9 
 
 
143 aa  114  6e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0275  SOS mutagenesis protein UmuD  42.52 
 
 
144 aa  114  7.999999999999999e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.121942  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0863  SOS mutagenesis protein UmuD  43.31 
 
 
138 aa  114  7.999999999999999e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0265877  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09441  putative SOS mutagenesis protein UmuD  42.52 
 
 
144 aa  114  7.999999999999999e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.497301  normal  0.0831546 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1368  peptidase S24 and S26 domain protein  45.16 
 
 
150 aa  113  8.999999999999998e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.734123  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0919  peptidase S24 and S26 domain protein  43.55 
 
 
150 aa  113  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.391106  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0314  peptidase S24 and S26 domain protein  45.76 
 
 
151 aa  110  6e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.690064 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2201  peptidase S24 and S26 domain protein  44.35 
 
 
150 aa  109  1.0000000000000001e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1278  putative prophage repressor  50 
 
 
142 aa  109  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.824294  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1337  umuD protein  40.8 
 
 
141 aa  107  6e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0340  peptidase S24 and S26 domain protein  44.07 
 
 
154 aa  106  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0001  protein SamA  43.2 
 
 
141 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01158  DNA polymerase V, subunit D  45.53 
 
 
139 aa  105  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000619271  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2465  peptidase S24 and S26 domain protein  45.53 
 
 
139 aa  105  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2442  DNA polymerase V subunit UmuD  45.53 
 
 
139 aa  105  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000116875  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1670  DNA polymerase V subunit UmuD  45.53 
 
 
139 aa  105  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267382  normal  0.982493 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1328  DNA polymerase V subunit UmuD  45.53 
 
 
139 aa  105  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000143224  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01168  hypothetical protein  45.53 
 
 
139 aa  105  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000352689  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1340  DNA polymerase V subunit UmuD  45.53 
 
 
139 aa  105  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000577771  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1286  DNA polymerase V subunit UmuD  45.53 
 
 
139 aa  105  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000137402  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0361  peptidase S24/S26 domain-containing protein  44.07 
 
 
151 aa  105  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.460438  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5031  putative prophage repressor  47.9 
 
 
142 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.916136  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1966  DNA polymerase V subunit UmuD  44.72 
 
 
139 aa  104  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000484403  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1032  SOS mutagenesis protein UmuD  38.71 
 
 
150 aa  104  7e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2061  peptidase S24 and S26 domain protein  43.7 
 
 
151 aa  103  8e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0332748  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1981  putative prophage repressor  44.35 
 
 
148 aa  103  8e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16001  putative SOS mutagenesis protein UmuD  44 
 
 
158 aa  103  9e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.805764 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3941  peptidase S24 and S26 domain protein  43.22 
 
 
151 aa  102  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0052  mutagenesis and repair protein MucA  46.61 
 
 
139 aa  102  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00205855  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0559  peptidase S24 and S26 domain protein  43.22 
 
 
171 aa  102  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1208  putative prophage repressor  39.84 
 
 
145 aa  101  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00934288  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4001  putative prophage repressor  42.06 
 
 
142 aa  100  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1201  SOS-response transcriptional repressors (RecA-mediated autopeptidase)-like  37.9 
 
 
212 aa  100  1e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1491  SOS mutagenesis protein UmuD  39.68 
 
 
142 aa  100  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00671192  decreased coverage  0.0000906446 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2213  DNA polymerase V subunit UmuD  43.55 
 
 
139 aa  100  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0542538 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2008  LexA repressor  44.54 
 
 
218 aa  95.5  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196928  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4912  LexA repressor  42.11 
 
 
224 aa  95.5  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199048  normal  0.440295 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2310  LexA repressor  44.07 
 
 
224 aa  94.7  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.389414  normal  0.217511 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1549  LexA repressor  44.07 
 
 
224 aa  94.7  5e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.583013  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3599  LexA repressor  46.34 
 
 
202 aa  94.7  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0155169  normal  0.533875 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2143  LexA repressor  46.34 
 
 
202 aa  94.4  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0821224 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1683  LexA repressor  46.34 
 
 
202 aa  94.4  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141699  normal  0.177644 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1981  LexA repressor  42.02 
 
 
218 aa  94.4  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0274768 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2216  DNA polymerase V subunit UmuD  41.6 
 
 
139 aa  93.6  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.113166  normal  0.676536 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2163  DNA polymerase V subunit UmuD  41.6 
 
 
139 aa  93.6  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.21769  normal  0.16696 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2605  peptidase S24/S26 domain-containing protein  42.86 
 
 
140 aa  94  9e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.741198 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2159  DNA polymerase V subunit UmuD  41.6 
 
 
139 aa  93.6  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0649907  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3872  LexA repressor  43.31 
 
 
202 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315226  normal  0.945039 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4982  SOS mutagenesis protein UmuD  41.07 
 
 
146 aa  92.4  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.865075  unclonable  0.00000215009 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1659  LexA repressor  44.72 
 
 
202 aa  92.4  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2558  LexA repressor  40.35 
 
 
224 aa  92.4  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.031889  normal  0.0134465 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1336  putative prophage repressor  38.66 
 
 
145 aa  92  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1370  SOS mutagenesis protein UmuD  44.74 
 
 
146 aa  92  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4997  peptidase S24 and S26 domain protein  41.18 
 
 
171 aa  92  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.10854  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2746  peptidase S24/S26 domain-containing protein  40.94 
 
 
152 aa  92  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6256  peptidase S24/S26 domain-containing protein  38.52 
 
 
150 aa  92  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.836968 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2954  LexA repressor  42.11 
 
 
234 aa  91.7  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.832817 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7045  peptidase S24 and S26 domain protein  43.22 
 
 
151 aa  90.9  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1587  LexA repressor  40.6 
 
 
204 aa  90.5  9e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.477026 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1304  LexA repressor  47.62 
 
 
216 aa  90.1  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2636  LexA repressor  41.23 
 
 
227 aa  89.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.270851  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1096  SOS-response transcriptional repressor, LexA  44.55 
 
 
208 aa  88.2  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0403674  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>